Вопрос по HyperChem

[chronos377]

Здравствуйте Уважаемые форумчане. Подскажите пожалуйста. Можно ли где-нибудь найти готовые модели фосфолипидной мембраны для hyperchem??? Я сам ни где не могу их найти. Заранее благодарен. PDB формат он почему-то не принимает. Или может подскажете: насколько реально эту модель самому сделать? Мое образование 4 курса медицинского института, по этому за определенную степень неграмотности прошу заранее простить.

[asp99]

Думаю, лучше будет сохранить pdbфайл в другом формате - например mol. Это можно сделать в chem3d или бесплатных вариантах типа marvin 3d

[ Post made via iPad ]

[chronos377]

Спасибо большое за совет. Chem3d открывает PDB файл, но вместо молекул выдает отдельные атомы без связей. Координаты в пространстве сохранены, но все по отдельности. Не могли бы Вы подсказать в чем проблема?

[chronos377]

Пересохранил файл в Tripos Benchware в MOL формат. Не помогло. HyperChem пишет No atoms is file. Import of file faled.

[sanya1024]

А если переименовать *.pdb в *.ent? неужели тоже Hyperchem не поймет?

[chronos377]

А если переименовать *.pdb в *.ent? неужели тоже Hyperchem не поймет?

Переименовал, но вместо атомов теперь выдает просто точки.

[sanya1024]

В смысле? программа не идентифицирует атомы, рисует их какими-то "обобщенными"? попробуйте перед символом атома в *.ent файле удалить 1 пробел. Или в исходном файле не были прописаны connectivity? тогда с этим ничего сделать нельзя, только рисовать связи вручную и сохранять новый файл. А вообще лучше покажите файл.

[amge]

Пересохранил файл в Tripos Benchware в MOL формат. Не помогло. HyperChem пишет No atoms is file. Import of file faled.

Поставьте программу Open Babel. Это лучший конвертор химических форматов. PDB в MOL он точно умеет правильно, и даже сразу в формат HyperChem может (но я не проверял).

[chronos377]

Спасибо бошльшое за совет. Попробовал. Только Open Babel у меня ничего не хочет переделывать)) Виснет и все. Не могли бы вы подсказать. Какие ещё есть программы для расчета термодинамических параметров. Мне нужно рассчитать энтропию и свободную энергию пептида на границе вода - фосфолипидная мембрана.

[chronos377]

В смысле? программа не идентифицирует атомы, рисует их какими-то "обобщенными"? попробуйте перед символом атома в *.ent файле удалить 1 пробел. Или в исходном файле не были прописаны connectivity? тогда с этим ничего сделать нельзя, только рисовать связи вручную и сохранять новый файл. А вообще лучше покажите файл.

В этом файле не прорисовываются только ионы.

[sanya1024]

Не, в HyperChem Вы такого монстра не посчитаете, даже не надейтесь. Может, что-нибудь типа NAMD или GROMACS подойдет (обе бесплатные)? любая мол. динамика сгодится. Кстати, к NAMD еще визуализатор VMD, тоже бесплатный. У него, по-моему, вообще нет проблем с *.pdb файлами, особенно взятыми из баз данных.

[sanya1024]

Да, в этом файле connectivity не прописаны совсем, и взяться им неоткуда. Я открыла Ваш файл программой Bio-Rad SymApps -- он прописывает связности, но добавляет перед названием атома лишний пробел. В общем, отредактировала руками, но кое-какие проблемы остались.
У HyperChem, как я поняла, проблема с восприятием названий атомов. Например, неправильно воспринимает связности у атомов, чье название начинается с цифры.

[chronos377]

Спасибо Вам огромное за совет

[amge]

Open Babel у меня ничего не хочет переделывать)) Виснет и все.

А у меня нормально работает . Правда, ругется, что в позициях 77-78 нет символов элементов, которые должны там быть в соотвествии со спецификацией pbd. Но mol-файл генерит вроде бы правильный, даже кратные связи проставляет там где они уместны. Прилагаю.

Насчет того, что Open Babel виснет. Судя по расширению архива и концам строк в файле, у Вас linux. Если действительно так и если Вы взяли бинарник не в точности для своего диструбутива, то ничего удивительного, что программа не работает. Большинство расчетного софта для linux приходится собирать из исходников.

[Cherep]

OpenBabel точно есть в дистрибутивах Debian и в OpenSUSE был, ничего не надо компилировать из исходников...

[chronos377]

Попробовал NAMD. Если честно совсем не смог рабобраться. Он требует какой-то FEP файл. Не подскажете: где его взять? Как это работает?

[chronos377]

Попробовал VMD. Если честно совсем не смог рабобраться. Он требует какой-то FEP файл. Не подскажете: где его взять? Как это работает?

[sanya1024]

Очень странно. У меня без лишних слов все ставилось на разных машинах...

[chronos377]

Люди!! Пожалуйста! Подскажите как минимизацию сделать в VMD???

[sanya1024]

VMD -- это только визуализатор. Для минимизации нужно еще NAMD поставить.