Вопрос по MOPAC

[joyer]

Подскажите пожалуйста, почему при указании слова THERMO mopac постоянно вылетает с ошибкой "GRADIENT IS TOO LARGE TO ALLOW FORCE MATRIX TO BE CALCULATED".

[VTur]

Это после оптимизации? Из ошибки следует, что строение плохое. Далеко от равновесного.

[amge]

Попробуйте оптимизировать геометрию со словом PRECISE

[joyer]

Попробуйте оптимизировать геометрию со словом PRECISE

Результат тот же. Я пробовал рассчитать THERMO даже для простейших молекул, типа этанол, пропан, но все равно возникает ошибка. MOPAC вроде установлен правильно.
Приведите пример, если можно, какого-нибудь простого mop-файла с THERMO, который считается у вас без ошибок, а я попробую посчитать его на своей машине.

[amge]

Вот успешно считающийся MOPAC2012 mop-файл для этанола:

Код: Выделить всё

PM6 xyz precise


C     0.620500    -0.155800    -0.534000
C    -0.662382    -0.663955    -0.979526
H     0.505226     0.316793     0.440315
H     1.329831    -0.978481    -0.456763
H     0.989087     0.575792    -1.251522
H    -0.547108    -1.136547    -1.953841
H    -1.031813    -1.395685    -0.262580
O    -1.574286     0.393670    -1.078821
H    -2.412140     0.061793    -1.369796

oldgeo PM6 force thermo

Этот файл задает два расчета: сначала оптимизация геометрии, затем термодинамика получившейся (слово oldgeo) структуры.

ЗЫ Для MOPAC7 этот инпут, боюсь не подойдет.

[joyer]

amge, спасибо. Ваш файл заработал. Наверное я неправильно писал задачу мопаку2012.

Подскажите тогде еще, с помощью какой программы вы задаете координаты молекул, и есть ли нормальное руководство по мопаку, потому что я нашел десятки руководств в нете, но ни одно толком не объясняет как надо писать командные файлы для мопака, правильную последовательность команд.

Я создавал моп-файлы в chemoffice и avogadro, но результат всегда заканчивался ошибкой.

[amge]

Подскажите тогде еще, с помощью какой программы вы задаете координаты молекул, и есть ли нормальное руководство по мопаку, потому что я нашел десятки руководств в нете, но ни одно толком не объясняет как надо писать командные файлы для мопака, правильную последовательность команд.

Для задания координат я обычно использую MarvinSketch (IMHO, удобнее всех), хотя молекула этанола для вышеприведенного расчета была нарисована в molden'е. ChemOffice и Avogadro тоже подойдут, хотя Chem3d, как ни странно, не умеет сохранять в простейшем xyz-формате, наиболее подходящем для превращения его в mop-файл. Обычно для MOPAC2012 нет необходимости генерировать z-матрицы, подойдут декартовы координаты. Я всегда использую оптимизацию геометрии в декартовых координатах (слово xyz) - это дольше, но зато надежнее. Так, если из вышеприведенного примера убрать xyz (тогда вместо него будет умолчаемое EF), то в оптимизированной геометрии будет мнимая частота.
В качестве руководства использую официальные мануалы. Там есть много примеров.
Последовательность команд в пределах одной строки не играет роли. Важны пустые строки в нужном месте в нужном количестве.

[joyer]

amge, спасибо за информацию. Буду пробовать