Вопрос по расчетам

[thiochrom2012]

Здравствуйте!
У меня такой вопрос. В статье:

DOI:

http://dx.doi.org/10.3923/ajb.2006.276.286

встречаются данные, для кофеина: E(HOMO)= -8,80 эВ, E(LUMO)= -0,49 эВ, LUMO-HOMO=8,49 эВ. Написано, что данные получались с использование PM3 в программе HYPERCHEM. Я тоже самое просчитал у себя, но результаты такие не получаются. Те результаты, которые у меня получились находятся в прикрепленном log-файле. Может я где-то ошибаяюсь? Также указано, что посчитаны с помощью PM3 изменение энергии Гиббса, энтропия. Но сколько я статей не прочитал про HYPERCHEM, нигде не указано, как это делать. Может Вы подскажите? Особенно интересен вопрос с энергиями HOMO и LUMO.
Заранее благодарен за помощь.

[sanya1024]

Ну, я тоже соптимизировала геометрию в HyperChem и получила E(HOMO)= -8.89 эВ, E(LUMO)= -0,49 эВ для плоской структуры (абс. энергия -2508 ккал/моль) и E(HOMO)= -9.00 эВ, E(LUMO)= -0,54 эВ для неплоской структуры (абс. энергия -2509 ккал/моль). В Вашей выдаче орбитальные энергии -- в атомных единицах. И при переводе в эВ получается некий третий результат. То ли HyperChem -- такая "замечательная" программа (никогда не пользуйтесь ею для расчетов, предназначенных к публикации!), то ли были какие-то неконтролируемые параметры. А возможно, Вы неправильно нарисовали молекулу (у Вас абсолютная энергия совсем другая получилась).
У HC есть замечательный мануал, всем его рекомендую как учебник вычислительной химии начального уровня. Но пользоваться программой в неучебных целях -- нееееееет!

[Tonnie Fox]

а я поначалу в хайпере рисовал молекулы и делал предварительную оптимизацию (далеко не всегда удачную), чтобы в Гауссиане потом меньше машинного времени тратить. Думал ХЧ для баловства, а оказывается публикации по его расчетам есть)

[sanya1024]

Ну есть... выдают с головой квалификацию авторов как теоретиков.
ОФФ. Мы в Центре Фотохимии даже 3 лицензионных копии купили. Одну -- член-корру, экспериментатору на побаловаться, одну мне -- студентов учить, и еще одну тоже куда-то в студенческий прак. /ОФФ
Собс-но, те, кто публикует такие расчеты -- это экспериментаторы, к-рым надо по-быстрому что-то посчитать. Причем "по-быстрому" не в смысле скорости счета, а в смысле скорости освоения интерфейса. Считает HC медленнее, а памяти жрет несообразно больше АргусЛаба или Мопака. А для рисования молекул и предварительной оптимизации HC вполне годится.

[thiochrom2012]

Спасибо за помощь и ответы! Нашел у себя ошибку и пересчитал. Уже близко к Вашим результатам выходит. Правда LUMO ниже -0,51 не становится никак. Вопрос другой возник. Они (авторы статьи) считают разницу HOMO-LUMO и говорят о кинетической стабильности. Я просто первую статью такую увидел, везде считают LUMO-HOMO. Вроде как энергетической щелью называется данная величина. Но говорит ли она об кинетической стабильности. Если да, то почему они наоборот считают?

[sanya1024]

Ну, с каким знаком брать энерг. щель -- без разницы, все мы знаем, что LUMO лежит выше HOMO. Но связывать абс. величину щели с кинетической стабильностью -- нужно иметь веские основания и соответствующую модель. Возможно, такая модель у них и построена, но что-то я сомневаюсь. Люди, умеющие строить серьезные модели, не считают в HyperChem. А журнальчик-то фиговый -- вот и приняли такую статью. Хотела найти их импакт-фактор (похоже, что его просто нет) -- и обнаружила, что у них и главного редактора нет -- позиция вакантна. Никому не хочется редактировать такое.

[thiochrom2012]

Ясно.