Судя, по всему возникает проблема с “обкаткой” реагента молекулами растворителя. В блоге Баррозо http://webcache.googleusercontent.com попалось упоминание параметров OFac (параметр перекрывания сфер) и RMin (минимальный радиус сфер):Solvent : Acetonitrile, Eps= 35.688000 Eps(inf)= 1.806874
------------------------------------------------------------------------------
Separa: There are 3 disjoint cavities,
------------------------------------------------------------------------------
Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.
------------------------------------------------------------------------------
Consistency failure #1 in Separa.
Error termination via Lnk1e in /usr/site/hpc/x86_64/glibc-2.5/harpertown/gaussian/09-a.02/g09/l301.exe
их варьирование никак не помогло.In order to get a better definition of a cavity it has been recommended to use the option SCRF=(READ,model,SOLVENT=solvent) with the following parameters to be read at the end of the input file:
OFac=0.8
RMin=0.5
Расчет представляет собой оптимизацию противоионов и фиксированной конформации двух реагентов, разнесенных на 2-4 Å. Вероятно, именно такая отдаленность реагентов и портит всю картину в моделях SMD, создавая сложные конфигурации областей для упаковки сфер растворителя. При полной свободе всех атомов система оптимизируется без ошибки, регенты при этом сближаются до 1-2 Å.
Подскажите, пожалуйста, как можно выкрутиться из подобной ситуации? Или возможно кто-то сталкивался с подобными проблемами в других софтах?
