Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Olsha
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пн сен 27, 2010 12:20 am

Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Olsha » Чт май 30, 2013 4:33 pm

Здравствуйте, уважаемые форумчане!

У меня есть несколько структур, для которых известны экспериментальные данные о параметрах ячейки. Для них нужно сделать aim-анализ, индексы делокализации и т.п., для чего я собираюсь использовать elk+dgrid. Но перед началом мне хочется обосновать выбор DFT-функционала, и самый вроде бы очевидный способ - сделать оптимизацию геометрии с разными функционалами и посмотреть, какая структура лучше воспроизведет эксперимент.

В связи с этим хочу поставить программу, в которой есть возможность полной оптимизации структуры, включая параметры ячейки. Мне бы хотелось, чтобы прога также умела искать переходные состояния при фазовых переходах (nudged elastic band метод), считала по возможности быстро (желательно хорошо параллелилась) и была не очень сложной в освоении, по возможности с разумными параметрами по умолчанию, потому что времени у меня не очень много, а задача эта не основная.

Пока выбираю из Abinit, Quantum Espresso и VASP, как-то они чаще всего попадаются на глаза :wink:
Если кто-то может сказать что-то хорошее или плохое про них, или посоветовать какую-то другую прогу, буду очень благодарна.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Shorku » Чт май 30, 2013 4:46 pm

VASP шибко платный, или я ошибаюсь?
Make quantum chemistry, not war

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение o-oxhem » Чт май 30, 2013 4:57 pm

Не являюсь специалистом в этом типе расчетов. Но чтобы была возможность оптимизации параметров ячейки, то из перечисленным, если правильно помню, только VASP. Мощная программа. К Вашему списку нужно добавить GULP, но и у него такой возможности нет.

tfn2
Сообщения: 12
Зарегистрирован: Чт фев 07, 2013 2:03 pm

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение tfn2 » Чт май 30, 2013 5:54 pm

Всё что Вы просите есть в VASPе цена около 4.000 евро. Считается одной из самых лучших программ в своём классе. Иногда на некоторых кластерах есть возможность получить доступ к этой программе. По-моему она была установлена на кластере МГУ. Попытайтесь обратится к системным администраторам что бы решить вопрос.

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Лечащий Врач » Чт май 30, 2013 7:52 pm

Ха. Все три приведенные программы по-разному описывают электронную плотность в ячейке (именно пользуются разной математикой, не только базисы разные). И проблема оптимизации параметров ячейки для молекулярных кристаллов пока не решена. Какой класс соединений планируете считать? Насколько критичен именно Бейдеровский анализ?

[ Post made via iPhone ] Изображение

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение o-oxhem » Чт май 30, 2013 8:48 pm

Olsha писал(а):Здравствуйте, уважаемые форумчане!
В связи с этим хочу поставить программу, в которой есть возможность полной оптимизации структуры, включая параметры ячейки. Мне бы хотелось, чтобы прога также умела искать переходные состояния при фазовых переходах (nudged elastic band метод), считала по возможности быстро (желательно хорошо параллелилась) и была не очень сложной в освоении, по возможности с разумными параметрами по умолчанию, потому что времени у меня не очень много, а задача эта не основная.
Хотя вот это все, похоже, несовместимые требования. :wink:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение sanya1024 » Пт май 31, 2013 2:07 am

Мне показалось, что NWChem тоже умеет?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Olsha
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пн сен 27, 2010 12:20 am

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Olsha » Пт май 31, 2013 11:29 am

Спасибо большое за ответы всем!
Shorku писал(а):VASP шибко платный, или я ошибаюсь?
На сайте VASP я так и не нашла информацию, сколько же он стоит. Но thn2 говорит, что да, многовато:) В нашем институте вроде как кто-то пользуется или пользовался этой прогой, попробую найти. Я потому и смотрела на Abinit и QE, что они бесплатные. Плюс Abinit стоит на nanoHUB, с граф. интерфейсом причем, что для начала неплохо - можно попытаться что-то посчитать, не заморачиваясь с установкой программы.
Лечащий Врач писал(а):Ха. Все три приведенные программы по-разному описывают электронную плотность в ячейке (именно пользуются разной математикой, не только базисы разные). И проблема оптимизации параметров ячейки для молекулярных кристаллов пока не решена. Какой класс соединений планируете считать? Насколько критичен именно Бейдеровский анализ?
У меня не молекулярный кристалл, пока что просто германий в разных модификациях. А Бейдеровский анализ не обязателен, планирую делать его в dgrid, беря результаты из elk. То есть оптимизация - просто чтобы как-то объяснить выбор функционала.
o-oxhem писал(а):Хотя вот это все, похоже, несовместимые требования. :wink:
Не, ну почему же? Все три эти проги умеют по крайней мере делать полную оптимизацию и искать переходные состояния, про скорость и простоту вот ничего не знаю, потому и спрашиваю..
sanya1024 писал(а):Мне показалось, что NWChem тоже умеет?
Ага, похоже умеет. Ну значит еще один кандидат на рассмотрение :wink:

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Лечащий Врач » Сб июн 01, 2013 1:46 am

VASP - очень быстрая и с самой хорошей реализацией псевдопотенциалов из доступных программ. Там реализованы мягкие псевдопотенциалы, что позволяет прекрасно считать с cutoff=400 Ev. Но она, на мой вкус, не проста в освоении.

Советую, тем не менее, почитать кусок из их мануала про оптимизацию параметров ячейки. Сразу становится понятно, почему это реализовано не во всех кодах.

http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/V ... tress.html

Обратите внимание: для кубических фаз они в принципе советуют просто посчитать ряд точек с разными значениями длины ребра.

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Himera » Сб июн 01, 2013 5:20 am

Да нет, процедура оптимизации ячейки в VASPе вполне прямолинейна: просто нужно помнить об изменении базиса, прочитать мануал и несколько раз перезапускать расчёт. Если же вернуться к первоначальному вопросу, то и VASP, и Quantum Espresso, и ABINIT всё это умеют. Вопрос в другом: зачем вам оптимизировать ячейку и обосновывать выбор функционала? У Вас такие особенности электронной плотности, которые могут от функционала зависеть? Думаю, что Вы лишь увидите одну и ту же систематическую ошибку (LDA занижает объём, PBE завышает и т.д. ), поэтому главное -- считать всё с одним и тем же функционалом, неважно с каким именно. Более того, систематические ошибки давно протестированы. Известно, что и в ионных, и в ковалентных соединениях, и в металлах исправленные PBE функционалы (AM05, PBEsol) дают самые приличные результаты. Или у Вас экзотика?

А ещё Лечащий Врач совершенно прав, говоря, что VASP (как и все остальные псевдопотенциальные-PAW коды) имеет не самый удобный интерфейс, поэтому Вам придётся потратить время на его освоение.

Olsha
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Пн сен 27, 2010 12:20 am

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение Olsha » Пн июн 03, 2013 11:37 am

Himera, спасибо, я наверно действительно перемудрила с оптимизацией, достаточно просто для проверки посчитать в паре-тройке функционалов и показать, что топология электронной плотности существенно не меняется. Ну а если вдруг поменяется - думать дальше :)

У меня вроде как не экзотика, но видимо в силу моей неопытности постоянно какие-то проблемы - то расчеты не сходятся, но скачки в ЭП на границе muffin-tin сферы, то еще что...

Спасибо огромное всем!

kbob
Сообщения: 2008
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Выбор программы для оптимизации параметров ячейки

Сообщение kbob » Пт июн 14, 2013 4:21 am

sanya1024 писал(а):Мне показалось, что NWChem тоже умеет?
В документации пишут, что умеет.
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Rele ... occupation
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей