Расчет функций Фукуи и заселенностей

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Пн май 27, 2013 4:45 pm

Здравствуйте! Хочу рассчитать функции Фукуи (f) , исходя из предложенной Янгом и Мортьером процедуры для различных случаев:
Electrophilicity of atom A in molecule M (of N electrons)
fA+ = PA(N+1)-PA(N)
Nucleophilicity of atom A in molecule M (of N electrons)
fA- = PA(N)-PA(N-1)
Radical attack susceptibility of atom A in molecule M (of N electrons)
fA0 = 1/2[PA(N+1)-PA(N-1)]
, где P - Это заселенность атома A.
Мой случай 2, нуклеофильная атака. Молекула ацетилена HCCH, для неё я спокойно посчитал заселенности PA(N) в Gaussian по NBO и теперь встал вопрос как посчитать заселенность PA(N-1) то есть для (HCCH)- ? Сижу битый час и бьюсь над этим.... Скорее всего я уже ничего не соображаю, подскажите люди добрые :)

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение Tonnie Fox » Пн май 27, 2013 7:10 pm

у меня вот что получилось для ацетилена:

расчеты b3lyp/6-31G**
Atom f(-) f(+) f(0)
--------------------------------------------------------------------------------
1 C 0,5000 0,5000 0,5000
2 C 0,5000 0,5000 0,5000
3 H 0,0000 0,0000 0,0000
4 H 0,0000 0,0000 0,0000
--------------------------------------------------------------------------------
1,0000 1,0000 1,0000

расчеты hf/6-31G**
Atom f(-) f(+) f(0)
--------------------------------------------------------------------------------
1 C 0,4987 0,4946 0,4966
2 C 0,4987 0,4946 0,4966
3 H 0,0013 0,0054 0,0034
4 H 0,0013 0,0054 0,0034
--------------------------------------------------------------------------------
1,0000 1,0000 1,0000

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 3:05 am

Интересно... Спасибо! А можете уточнить в какой программе считали и что в инпут файле задавали, чтобы описать случай f(-) и f(+)? мне именно это не понятно...

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение Tonnie Fox » Вт май 28, 2013 3:18 am

Гауссиан, метод/базис те же, в которых проводили оптимизацию

# метод/базис scf=tight pop=full iop(3/33=1)

Затем аут файл считывается дополнительной программкой и результат выводится в том виде что я представил.

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение Tonnie Fox » Вт май 28, 2013 3:24 am

в архиве пример расчета, ну и также стоит отметить что расчет индексов надо делать в Гауссиане 98 или 03, с аутфайлами 2009го не дружит программка.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 3:27 am

а заряд и мультиплетность ставили какую?
0 и 1? Программка Ваша берет один расчет для нейтральной молекулы и выдает заселенности для всех трех случаев? а могу я где-нибудь её скачать, как она называется?

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 3:31 am

.

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 3:34 am

Большое спасибо! :D

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 3:50 am

попробовал запустить, при запуске выдает Can't load (or register) custom control: 'comdlg32.ocx'

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение Tonnie Fox » Вт май 28, 2013 3:52 am

Tonnie Fox писал(а): расчет индексов надо делать в Гауссиане 98 или 03, с аутфайлами 2009го не дружит программка.

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 4:01 am

Я Ваш файл пытаюсь подложить, прописываю в командной строке Windows "Fukui.exe coh2.out"

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение Tonnie Fox » Вт май 28, 2013 4:04 am

странно, а если просто запустить программу и открыть файл? Еще возможно антивирус блокирует

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 4:16 am

Тоже самое. Может проблема в операционке? у меня 7-ка 32 битная.

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение Tonnie Fox » Вт май 28, 2013 4:20 am

врядли, у меня на Win7 SP1 64 бит все нормально, попробуйте включить совместимость с win xp, может быть поможет.

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 4:39 am

Как я понял из инета и от моего друга системного администратора, проблема в регистрации ActiveX компонентов VisualBasic... сейчас буду искать как их зарегистрировать, где прописать, а Вам большое спасибо за участие, кроме того я в выдаче нашел несколько полезных ссылок и за это отдельное спасибо.

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 10:43 am

наконец удалось запустить программку, проверил на Вашем файле, всё работает, но вот беда, сделал расчет на своём примере, не проглатывает файл, ругается... что в нем не так? может Вы подскажете? специально считал в G98 (G03 нет, только G09). Файл в приложении, заранее спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

bobinbaba
Сообщения: 26
Зарегистрирован: Сб дек 22, 2007 9:59 am

Re: Расчет функций Фукуи и заселенностей

Сообщение bobinbaba » Вт май 28, 2013 11:20 am

Всё, разобрался, надо было перекодить из unix в dos :D

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей