Вопрос о разрывах связей в ChemBio3D после сохранения

[Alma]

Здравствуйте! Я новичок в квантово-химических расчетах. Помогите, пожалуйста, если кто-нибудь встречался с проблемой данного вида. Я оптимизирую геометрию звена динитрата целлюлозы, рисую в ChemBio3D, вроде все получается, потом нажимаю Rectify, Clean Up, потом еще ММ2 (Minimize energy), (такая вроде аккуратная молекула получается) сохраняю документ (для Гауссиан .gif). Потом открываю (чтобы посмотреть до запуска расчета), а молекула разорвана, нитратные группы неизвестно, где болтаются, вплоть до того что меняется валентность. Подскажите пожалуйста, что происходит. Может что-то в настройках программы необходимо исправить? Раньше рисовала в GaussView, проблем не было с разрывами, но там нет функции ММ2, чтобы хоть как-то минимизировать энергию перед расчетом. Пожалуйста, помогите.

[amge]

Скорее всего, ChemBio3D не вполне адекватно строит молекулу из xyz-координат атомов (в gjf-файле нет информации о связях и валентностях, только координаты атомов). Сравните исходную структуру и зачитанную из gjf-файла, не обращая внимания на связи и валентности, только на пространственное расположение атомов. Если атомы на тех же местах, то все нормально, можно запускать на счет. Для квантовой химии совершенно безразлично, сколько и каких черточек нарисовано между атомами, важно только взаимное пространственное расположение атомов.

[Alma]

Спасибо большое за ответ!! Сейчас сверю

[Alma]

Нет, там разные координаты, и расстояния меняются между атомами в местах разрыва ,если исходные были около 1,5 А, то после сохранения уже 13-15А(((

[amge]

Есть подозрение, что услужливый медведь ChemBio3D автоматически напускает на зачитываемую структуру всякие Rectify и Clean Up. Попробуйте отключить. Думаю, что gjf-файл все же нормальный. Есть возможность проверить его другим вьювером? GaussView, например. Если такой возможности нет, выкладывайте Ваш gjf-файл сюда, проверим.

[Гесс]

Я тоже регулярно рисую в ChemBio3D и такого раньше не встречал. Дайте c3xml или в чем вы его сохраняете для кемофиса и gif.
Я в ChemBio3D столкнулся с тем что информация из "трехмерного" и "двухмерного (рисовального)" окон не синхронизируется. Не то чтоб сильно жить мешало, но неприятно, приходится рисовать сразу в 3D.

[Alma]

gif запрещен администратором, прикрепила координаты в блокноте (там три звена нитрата целлюлозы). Посмотрите пожалуйста, может у Вас откроется в каком-нибудь визуализаторе. У меня здесь GaussViev c ChemBio3D не дружит.

[Гесс]

Поменяйте расширение файла с гиф на тхт или добавьте тхт в конец, или архивируйте.

[Гесс]

Координаты из блокнота разумны. Они дают нормальную молекулу.

Учтите что у вас заданы "Lp", которых гауссиан и многие другие программы не понимают.

[Alma]

В тхт я в предыдущем письме прикрепила, и сейчас в rar прикрепила. Что-то я пересматриваю, свою молекулу и как-будто все на месте только связи нет, и валентности другие...

[Alma]

координаты "Lp" из входного файла нужно просто удалить?

[Гесс]

Обычно да.
В чем просматриваете?

[Alma]

в блокноте. Спасибо Вам огромное за уделенное время и помощь!

[Гесс]

Я просматривал вот в этом: viewtopic.php?f=71&t=94768&hilit=+Molecule
Кроме того из визуализаторов которыми я пользовался могу рекомендовать Chemcraft (его я думаю все могут рекомендовать, но для людей чтущих лицензии оно небесплатное) и Gabedit.

[jura1990]

я працюю в ChemBio3D, і мені потрібно вирахувати раман спектроскопію кристалу солей туттона,я його змоделював,але є деякі нюанси. не підкажете як задати тип атома??