Нужна помощь. Докинг

[Asb]

Доброго времени суток коллеги! Жду ответа от человека который занимается молекулярным докингом. Я начищающий и у меня такой вопрос. Есть структура протеазы с лигандом. Необходимо в сайт связывания вставить другую структуру сильно отличающую от начального лиганда, для исследования. Кто бы мог подсказать конкретную методику, как это сделать?
Заранее блогадарю всех откликнувшихся!
Я работаю в AutoDock

[ Post made via iPad ]

[uchebnik fiziki]

У автодока есть достаточно подробные тьюториалы и мануал. Там всё написано. Задавайте конкретные вопросы.

[Asb]

На мой взгляд вопрос был вполне корректный.

[petrovps]

Asb, попробуйте программу Dock 6 (http://dock.compbio.ucsf.edu/). У нее гораздо больше возможностей и очень подробный мануал.

[uchebnik fiziki]

На мой взгляд вопрос был вполне корректный.

Никто и не упрекал вас в некорректности вопроса. Это не отменяет необходимости читать мануалы, в которых дан ответ на ваш вопрос.

попробуйте программу Dock 6 (http://dock.compbio.ucsf.edu/). У нее гораздо больше возможностей

DOCK и автодок предназначены для разных целей и основаны на принципиально разных алгоритмах. Сравнивать их или рекомендовать без конкретизации задач не очень корректно; ТС, конечно, не говорит ничего, но в режиме телепата я рекомендовал бы автодок.

[den2042]

В общем, в целом, в грубом приближении.
Прошу не судить строго, есть оценочные суждения
Краш-курс по Автодоку через Pymol
1. Перед работой важно убедится, что у Вас установлен плагин автодок-вина в паймоле и что он работает.
Вот инструкция для Windows
http://eipl.cnrs-mrs.fr/bioinformatic.php
Для линукса неообходимо в домашней папке создать папку .ADplugin, а в ней файл pymol_autodock_plugin.conf примерно следующего содержания
autodock_tools_path = /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/Utilities24/
vina_exe = /usr/bin/vina

Предупреждение: с удаленного терминала вся эта хрень не работает

2. Общая процедура докинга
-общая подготовка рецептора
-обозначение binding pocket
-докинг
-анализ результатов (самая мистическая часть)

3. Разделение комплекса белок-лиганд удобно делать в VMD
[atomselect top "protein"] writepdb название.pdb
[atomselect top "resname название_лиганда"] writepdb название_лиганда.pdb

4.
В паймоле Plugin | Autodock/Vina
Для Grid Settings удобно построить сетку вокруг центра родного лиганда (Calculate Grid Center by Selection)

5. Докинг запустить просто. Идите по кнопкам (точнее, по табам) слева направо Receptor | Generate receptor, Ligand | Generate ligand