Параметры для МД расчётов для металлов Co Ni

[vladmp]

Доброго времени суток, уважаемые коллеги.
Помогите найти параметры для нековалентных взаимодействий, которые намерен использовать для докинга и мд, для металлов Co и Ni. Прогуглил чуть ли не весь инет, и ничего не нашёл.
Также может кто даст ссылку на сайт, где можно нарыть данные(двугранные углы и т.д.) для мд-расчётов для порфиринового кольца, пробовал gaff амберовский, предложенная им параметризация приводит к тому, что плоскость кольца сильно гнётся.
Заранее спасибо.

[endlesslake]

а у Co и Ni бывают нековалентные взаимодействия ?

[uchebnik fiziki]

Помогите найти параметры для нековалентных взаимодействий, которые намерен использовать для докинга и мд, для металлов Co и Ni. Прогуглил чуть ли не весь инет, и ничего не нашёл.

А их и нет, берите квантовохимический пакет и параметризуйте ручками по той же методике, что и в интересующих вас пакетах докинга и МД. Альтернатива -- взять имеющиеся параметры для какого-нибудь железа, меди или цинка и поправить формальный заряд и ван-дер-Ваальсов радиус.

Также может кто даст ссылку на сайт, где можно нарыть данные(двугранные углы и т.д.) для мд-расчётов для порфиринового кольца, пробовал gaff амберовский, предложенная им параметризация приводит к тому, что плоскость кольца сильно гнётся.

Насколько сильно? Вообще небольшой изгиб не страшен; у нас работали с гемсодержащими белками в стандартной параметризации, кольцо гнётся, на результаты это не влияет. Вы считаете, что оно должно быть всегда идеально плоским? Я вот сомневаюсь. По расчётам порфиринов полно статей, наверняка там что-то умное написано.

[vladmp]

Подправлять параметры других металлов, как - то железа и т.д., не пройдёт, во всяком случае в моём исследовании, меня интересует r и e, мысль - использовать квантово-механический пакет для расчёта указанных параметров - лежит на поверхности, а посему в голову приходила, но за совет всё равно спасибо.
Что касается гема, то изгиб получается достаточный, чтобы порфириновые производные, которые исследую, не лезли туда, куда им предсказывает затащиться эксперимент, это возможно, если отклонение от плоскости порфиринового кольца составит - 10 градусов. Что касается статей, то ни в одной, и я их прошерстил, дай Бог каждому, не приведены, даже в supplement данные для IMPROPER и DIHEDRAL углах, просто перенос параметров для гема с железом на порфириное кольцо без металлов ничего хорошего не даёт, проверял и не раз, так что, если есть возможность помочь, то буду рад.

[uchebnik fiziki]

Подправлять параметры других металлов, как - то железа и т.д., не пройдёт, во всяком случае в моём исследовании, меня интересует r и e, мысль - использовать квантово-механический пакет для расчёта указанных параметров - лежит на поверхности, а посему в голову приходила, но за совет всё равно спасибо.

Вы только помните, что не во всех программах параметры получены из квантовохимического расчёта. В общем случае нужно пользоваться той же методикой, что у авторов программ.

Что касается гема, то изгиб получается достаточный, чтобы порфириновые производные, которые исследую, не лезли туда, куда им предсказывает затащиться эксперимент, это возможно, если отклонение от плоскости порфиринового кольца составит - 10 градусов. Что касается статей, то ни в одной, и я их прошерстил, дай Бог каждому, не приведены, даже в supplement данные для IMPROPER и DIHEDRAL углах, просто перенос параметров для гема с железом на порфириное кольцо без металлов ничего хорошего не даёт, проверял и не раз, так что, если есть возможность помочь, то буду рад.

Ограничения поставьте на геометрию, это самое простое. Пусть у вас порфирин жёсткий будет. Проблем сразу меньше станет.

[vladmp]

Ограничить геометрию - разумная мысль, мне она тоже приходила, я пытался в амбере наложить ограничение на кольцо, результат неважный, в моём случае нужны только параметры. Ведь что удивительно, полно исследователей моделировало порфириновые производные, но не один к сожалению не привёл нужных мне параметров.
Спасибо за участие, это тоже не менее важно в работе, а может и самое важное.

[uchebnik fiziki]

Не знаю, как вы искали, но параметры для порфиринов приводились в мейллисте амбера ещё в 2001 году, а в 2002 вышел обзор со ссылками на параметры на 400 ссылок (http://144.206.159.178/FT/243/51642/905197.pdf). Неужели там по ссылкам ничего полезного нет? А за следующие 10 лет наверняка ещё больше появилось.

[vladmp]

Прежде чем обратиться на этот форум за помощью, я долго лопатил инет, и этот обзор я тоже видел, но я повторяю, что данных по углам - ни в обзоре, ни в ссылках нет, если сможете опровергнуть - буду рад, к тому же, как пишутся обзоры, я в курсе, сам привлекался к этой деятельности. Я просил о конкретной помощи - дать ссылку, где опубликованы параметры, причём для порфиринового кольца и без металлов в кольце, потому как меня именно это интересует, а интерпритацию моделирования я могу дать и сам, не хуже.

[uchebnik fiziki]

Тогда я не понимаю, чем вас не устраивают, к примеру, стандартные параметры MMFF. Для кольца как такового там вполне достаточно типов, разве нет?