Конденсация связей в 3D (ищу Soft)

[shvalbe]

Всем доброго времени дня. Буду краток: ищется софт, способный конденсировать (совмещать) связи в 3D. Пример: берется две молекулы адамантана (в 3D, иначе быстро начинается путаница - MarvinSketch это умеет, но он двумерный), подводится одна к другой - нужное число связей совместилось, получился маленький кластер - далее продолжаем операцию для создания кластера нужной формы и размера. Знаком и работал с опеределенным числом программ, но именно эту операцию делать ни в одной из них не умею. Альтернативные варианты по получению нужного кластера есть, но интересует ответ конкретно на этот вопрос.

[uchebnik fiziki]

Таких, чтобы это делалось в GUI, скорее всего нет, а в стандартных реализациях задолбаетесь связи размечать. Кстати, тот же MarvinSketch умеет делать подобные вещи, но не знаю насчёт того, работает ли это в трёхмерном режиме (утверждение, что он двумерный, ошибочно).

[shvalbe]

Он позволяет рисовать в 2D (двумерный в этом смысле), может перевести нарисованное в 3D, но не редактировать его там. Тот же Chem3D может и сконвертировать, и редактировать - но пририсывывать по связи, создавая кластер около 1000 атомов с соблюдением трехмерной структуры - тяжело, а совмещать в 3D он не умеет. Хотелось бы приготовить кластер накладыванием адамантанов, но похоже, не выйдет.

[uchebnik fiziki]

Можно написать скрипт, который будет делать трансляции фрагмента в нужных направлениях. Опенбабель и Пибель вам в руки.

[shvalbe]

Вопрос: "Здравствуйте, стою на автобусной остановке, хочу доехать до центра. Не подскажете, на каком автобусе ехать?"
Ответы на Хемпорте:
1. "По законам квантовой физики, существует вероятность, что стоя на остановке, вы стоите вне ее пределов. Поэтому с той же вероятностью вы никогда не доедете до центра"
2. "Берете два колеса, нанизываете на ось. Затем еще два. После этого собираете двигатель внутреннего сгорания, корпус, управление в минимальной комплектации. Делов на 15-20 минут и едете в центр на своей машине"
3. "Полностью согласен с многоуважаемым коллегой; замечу только, что можно обойтись двумя колесами, это экономит уйму времени. Ведь топикстартеру видимо годится и мотоцикл"
4. "Меня смущает сама постановка вопроса. А надо ли вам в центр? Если все-таки да, то не проще ли сдвинуть его в вашу сторону с помощью землетрясения? В японском "Mizunoby Havasaki" есть очень дельная статья"
5. "До центра автобусом? Милейший, да вы б еще фуллерены на IBM-84 в расширенном базисе считали..."
6. "Делал так. Бежал на заправку, покупал баллон с гелием, шар, вентиллятор. Надувал и летел в сторону центра, затем заблаговременно прокалывал шар. Тут, конечно, нужно правильно подобрать размер дырки и время прокалывания, но топикстартеру в первом приближении хватит"
7. "Зачем?"
8. "Лучше использовать подкоп, т.к. автобус загрязняет окружающую среду. По моим сведениям, в том районе должна быть заброшенная ветка метро, нужно только копнуть метров двадцать вглубь и настроить сообщение с центром"
9. "Топикстартер видимо совсем обленился, раз ему пешком дойти лень"
10. "Направление к центру вычисляется градиентным методом с граничным условием наибольшей городской застройки и людской плотностью. Соответствующей литературы в сети полно. Езжайте автостопом и не вздумайте использовать автобус"
11. "Присоединяясь ко всему вышесказанному добавлю, что задача сформулирована безграмотно. Может быть, имелось в виду: "Какой номер автобуса курсирует между моей остановкой и центром?" А вообще говоря, там собираются прокладывать троллейбусную линию..."
....
Автобусы приходили и уходили, а несчастный топикстартер все никак не мог выбрать наиболее подходящий метод...
P.S. Из года в год - одно и то же.
P.Р.S. Дело не в этом посте, как и писал, есть альтернатива - я именно про вообще.

[rhezusfactor]

Можно написать скрипт, который будет делать трансляции фрагмента в нужных направлениях. Опенбабель и Пибель вам в руки.

Стесняюсь спросить - что такое пибель (со ссылкой желательно).

Несчастному топикпастеру - если есть потребность регулярно строить кластеры именно таким методом, то скрипт - это лучшее решение. Один день повозиться, зато потом ничего не делать.

[uchebnik fiziki]

google pybel

[shvalbe]

Ну да, не имея вообще никакого опыта в программировании, подобные скрипты пишутся никак не длиннее, чем за день... Несчастный топикстартер пошел другим путем - он потратил два дня, но основательно разобрался с одной из рисовалок и построил пару кластеров небольшого размера, которые вполне подходят для дальнейшего расширения.