Снижение симметрии.

[Гесс]

Имею несколько молекул, выглядищих весьма симметричными. Симметрия D3, D4, D5.
Расссчет проводился в гауссиане.
Инпуты создавались с помощью molecule, с забиванием групп симметрии.
При рассчете MP2/cc-pvdz точечные группы соответствуют тем которые запланированы.
При рассчете B3LYP/6-311+G* молекула с симметрией D4 остается в этой точечной группе, а две другие сваливаются в С2.
Поворот молекул так чтобы главная ось симметрии совпадала с осью х не помогает. (по умолчанию совпадало с z)
Использование аутпутовской геометрии MP2 рассчета в качестве стартовой для B3LYP не помогает.

Не могли бы вы посоветовать еще какие-либо методы лечения?
Если надо могу приложить инпут-аутпуты.

[surius]

Имею несколько молекул, выглядищих весьма симметричными. Симметрия D3, D4, D5.
Расссчет проводился в гауссиане.
Инпуты создавались с помощью molecule, с забиванием групп симметрии.
При рассчете MP2/cc-pvdz точечные группы соответствуют тем которые запланированы.
При рассчете B3LYP/6-311+G* молекула с симметрией D4 остается в этой точечной группе, а две другие сваливаются в С2.
Поворот молекул так чтобы главная ось симметрии совпадала с осью х не помогает. (по умолчанию совпадало с z)
Использование аутпутовской геометрии MP2 рассчета в качестве стартовой для B3LYP не помогает.

Не могли бы вы посоветовать еще какие-либо методы лечения?
Если надо могу приложить инпут-аутпуты.

Если системы не очень жирные то можно попробовать задать координаты черех z-матрицу, и там уже в явном виде прописать симметрию

[Гесс]

Ммм, я z-matrix делал и для бОльших, с этим проблем нет.
В явном виде - имеется в виду обозвать длины и углы, которые должны быть равными, однинаковыми буквами и тогда система будет жестко задана в этой точечной группе? Или я все неправильно понимаю?

[surius]

Ммм, я z-matrix делал и для бОльших, с этим проблем нет.
В явном виде - имеется в виду обозвать длины и углы, которые должны быть равными, однинаковыми буквами и тогда система будет жестко задана в этой точечной группе? Или я все неправильно понимаю?

ну да все верно, мне представляется такой подход самым прямым и надежным. А потом ради интереса можете сравнить энергии в более высокой и 
более низкой симметрии. Ну и все таки двуращипленный базисный набор будет по-беднее чем Попловский. 
Если позволяют ресурсы прогоните в МР2/6-311+G(d), заодно интересно будет посмотреть большая ли разница будет

[Yurii]

В этом "виноваты" диффузные функции. А с B3LYP давно пора "завязывать".

[surius]

А с B3LYP давно пора "завязывать".

а чуть поподробнее можно? это как вы пришли к такому заключению? особенно интересным мне видиться данный совет в рамках "не оглашенных" 
топикстартером структурок. Или вы знаете что-то чего мы (я) не знаем.  

[Yurii]

 Или вы знаете что-то чего .. (я) не зна..  

А Вы не расстраивайтесь: я знаю многое из того, чего никто в мире не знает. Примеры я приводил.

[surius]

 Или вы знаете что-то чего .. (я) не зна..  

А Вы не расстраивайтесь: я знаю многое из того, чего никто в мире не знает. Примеры я приводил.

как же вы любите срачи! ну и ладно, но тем не менее вы так и не ответили чем вам B3LYP не уголил.  

[Yurii]

 Или вы знаете что-то чего .. (я) не зна..  

А Вы не расстраивайтесь: я знаю многое из того, чего никто в мире не знает. Примеры я приводил.

как же вы любите срачи! ну и ладно, но тем не менее вы так и не ответили чем вам B3LYP не уголил.  

Я бы ответил, но Ваш грязный язык меня останавливает.

[Гесс]

"Извините что я говорю когда вы перебиваете"
Господа, не сорьтесь!
Энергия напряжения, посчитанная вышеуказанными 2 методами совпадает с точностью до 2 ккал/моль (при значениях самой энергии 60-100 ккал/моль).
При этом лично мне было неожиданно что B97D/6-31+G*, призванный просто подстраховать от нападок релятивистских критиков, внезапно и системно дал отклонение примерно по 15 ккал/моль на каждом обьекте. Причем даже на таких для которых известны экспериментальные данные. Это другая занятная вещь. Но ее я могу хотя бы игнорировать.
Surius: Если позволяют ресурсы - Да, позволяют, прогоню, результат будет сегодня ночью - завтра днем. Энергия напряжения - достаточно кошерный для сравнения методов параметр?

На тему структур - это каркасные углеводороды, никаких кратных связей, никаких гетероатомов, размер до 30 атомов С. Мне казалось что B3LYP затачивался именно под такое.

[surius]

При этом лично мне было неожиданно что B97D/6-31+G*, призванный просто подстраховать от нападок релятивистских критиков, внезапно и системно дал отклонение примерно по 15 ккал/моль на каждом обьекте. Причем даже на таких для которых известны экспериментальные данные. Это другая занятная вещь. Но ее я могу хотя бы игнорировать.

Я бы на вашем месте не связывался с Гриммовским функционалом. Не могу сказать что плохой он, но как показывает опыт он гораздо лучше работает на системах с 
не валентными взаимодействиями, очень недурственно с комплексами переходных металлов. Как он будет работать с вашими системами... на глаз, криминала быть 
не должно, но... Может тут вам кто из более опытных товарищей даст конекретный совет, может кто работал с ним плотно...

Surius: Если позволяют ресурсы - Да, позволяют, прогоню, результат будет сегодня ночью - завтра днем. Энергия напряжения - достаточно кошерный для сравнения методов параметр?

с пол-пинка не скажешь. Внутри метода никаких проблем. Вообще сам подход энергии напряжения кажется разумным. Другой вопрос насколько 
достоверно передают методы "составляющие" этого напряжения - особенно невалентные взаимодействия.?!

Мне казалось что B3LYP затачивался именно под такое.

И да! A пока уважаемый Yurii, хоть полсловом не намекнет что же там случилось с B3LYP за последнее время я буду верить Becke

[Гесс]

Я бы на вашем месте не связывался с Гриммовским функционалом. Не могу сказать что плохой он, но как показывает опыт он гораздо лучше работает на системах с 
не валентными взаимодействиями, очень недурственно с комплексами переходных металлов. Как он будет работать с вашими системами... на глаз, криминала быть 
не должно, но... Может тут вам кто из более опытных товарищей даст конекретный совет, может кто работал с ним плотно...

Это как раз более опытные товарищи меня и послали в B97D, дабы в случае ежели кто что скажет плохое про неучет всяких интересных взаимодействий, тут мы из широких штанин достаем B97D и показываем что ничего не поменялось. (такая была идея). А вот на практике как раз нифига не сложилось. Ну да ладно, мне до этого пока еще далеко, меня пока неустраивает то, что B3LYP не видит того, что вижу даже я. Для других моих тем и того чем занимаются старшие товарищи и люди с ими связанные вещи подобные B97D пользуют, причем боль-мень активно, и именно для демонстрации невалентных взаимодействий.
Ладно...
If it would be simple it wouldn't be research. © Timothy Clark

[Лечащий Врач]

B3LYP - не такой плохой функционал. Не настолько хороший, чтобы быть самым популярным, но тем не менее Стандартно - на малой системе, аналогичной вашим, сравнивайте с MP2, и если можете мириться с выводом B3LYP, идите дальше. В B3LYP (очевидно) плохо описываются слабые взаимодействия типа стекинга и H...H. Сильные водородные связи - уже ок. Но их и негибридный PBE природы нормально описывает

Про сохранение симметрии: боюсь спросить, пробовали ли вы команду symmetry=loose? Гауссиан после ее применения должен держать ту симметрию, которую найдет (а какую он нашел, можно посмотреть в выводе).

[Yurii]

Лечащий Врач,

первый абзац - это автоматический перевод?
symmetry=loose - это когда геометрия с недостаточной точностью задана.

[Лечащий Врач]

первый абзац - это автоматический перевод?

Трудно предположить, что заставило Вас сделать такой вывод.

symmetry=loose - это когда геометрия с недостаточной точностью задана.

Нет, Юрий, Symmetry - это "держать симметрию". Loose нужно, чтобы из-за расхождения в 4-м знаке у топикстартера Гауссиан не проигнорировал симметрию. Возможно (не проверял) в последнем Гауссиане для полного счастья надо написать что-то в духе symmetry=(follow,loose)

http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_symmetry.htm

[Yurii]

symmetry=loose - это когда геометрия с недостаточной точностью задана.

Нет, Юрий, Symmetry - это "держать симметрию". Loose нужно, чтобы из-за расхождения в 4-м знаке у топикстартера Гауссиан не проигнорировал симметрию.

Что значит: "держать симметрию"? "Держать" можно только то, что уже имеешь. При недостаточной точности задания начальной геометрии гауссиану приходится попотеть, чтобы в случае задания loose определить высшую симметрию и с этой задачей он не всегда справляется: на моих задачах с симметрией Ih (число атомов за 500) я часто получал "отлуп". При вставке в свою программу полуэмпирики симметрии (максимальное число атомов исчисляется не одним десятком тысяч) пришлось сильно попотеть, чтобы привести соответствующий алгоритм в норму.

[EvgeniX]

А что это за задачи, что приходится рассчитывать десятки тысяч атомов?

[Гесс]

Лечащий Врач нет, symmetry=loose дает для двух "плохих" молекул PG=C01 и С02
surius MP2/6-311+G* "по быстрому" неуспели закончиться а "по долгому" ждут своей очереди. Возможно будут ждать долго.
z-матрица оказалась тяжелее чем я думал. Молекулу с 15 атомами С я за пару часов такми задал 6 расстояниями, 7 углами и 7 диэдралками, но за 25атомник браться боюсь. Результата пока нет ибо налажал в начале, счас буду лечить.

[Yurii]

Гесс,

Лечащий Врач имел в виду, что у Вас задана начальная геометрия с невысокой точностью. Советую решать задачу в 2 этапа: сначала без "+"-ка провести оптимизацию, а потом уже сделать полный расчет. Все это можно оформить одним заданием, используя --Link1--.

[Yurii]

А что это за задачи, что приходится рассчитывать десятки тысяч атомов?

Я писал о возможностях программы, хотя расчет большой высокосимметричной системы для моей программы - не проблема, что и было проверено на периодической структуре из шариков C60.