Заряды по "Бейдеру"(программы кроме AIMStudio?) снова вопрос

[LKalvin]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Как-то в одном из сообщений наткнулся на следующее : при оптимизации геометрии молекулы с помощью FireFly непосредственно из out-файла распределения зарядов в молекуле по "Бейдеру" не получить однако если из PUNCH файла вырезать какой-то кусок и скормить его AIMAll то в выдаче можно получить желаемое. Так вот соб-но вопрос к знатокам : не могли бы Вы описать как можно по подробнее данную процедуру а именно какой кусок нуно вырезать из PUNCHа и т.д...

Заранее Вам очень признателен и благодарен!

[Лечащий Врач]

Firefly умеет выдавать wfn-файл внутри PUNCH. Что такое wfn-файл, можно посмотреть в AIMAll-овских примерах.

Про GAMESS-US нашел непосредственно инструкцию:

For GAMESS, include in the $CTRL section of the input file, AIMPAC = .TRUE. (this generates the desired wavefunction file) and in the $MP2 section, MP2PRP=.TRUE. (this ensures that an MP2 wavefunction is generated).

По идее, для Firefly должно быть аналогично.

[LKalvin]

Спасибо за ответ, однако, Вы уж простите а как внутри PUNCHа обозначен этот самый wfn-файл (тобишь начало его и конец ну или типа этого ... )

[alxyppv]

Да, для Firefly все аналогично. wfn обычно сидит в самом конце PUNCH, первая строчка
----- TOP OF INPUT FILE FOR BADER'S AIMPAC PROGRAM -----
последняя:
----- END OF INPUT FILE FOR BADER'S AIMPAC PROGRAM -----
Вам нужно все, что находится между этими строками

[LKalvin]

Спасибо Вам большое будем пробовать!

[LKalvin]

Уважаемые форумчане подскажите а есть ли кроме AIMStudio программы позволяющие рассчитать заряды по "бейдеру" (пусть и очень геморные и без визуализатора но бесплатные) ?

[Лечащий Врач]

Уважаемые форумчане подскажите а есть ли кроме AIMStudio программы позволяющие рассчитать заряды по "бейдеру" (пусть и очень геморные и без визуализатора но бесплатные) ?

Собственно AIMAll. Вам только нужно запускать не Aimstudio, a Aimqb. Читайте хелп и выходные файлы. Настоятельно советую новые вопросы класть в новую тему.

[ Post made via iPhone ]

[LKalvin]

Да всё же дело в том что вопросы именно по теме. Помогите форумчане запустил 1.wfn в указанной Вами программе : aimqb получил выходные файлы (привожу в архиве) однако в файле 1.sum (открыл з помощью Блокнота) зарядов нет, курьез ситуации в том что если запускать тестовые примеры как то пропеллан, адамантан и т.д. заряды выводятся , проверял даже так рассчитал геометрию метана в FF нашёл нужный кусок в PUNCHе вырезал, сделал wfn-файл, посчитал и получил на выходе заряды так что же в моём случае не так?

P.S. помогите, очень нужно да и простите за навязчивость.

[alxyppv]

Как уже сказал Лечащий Врач, Вам подходит собственно AIMAll (платная только профессиональная версия с визуализатором, а так он бесплатный) - на мой взгляд, лучшая программа для Бэйдеровского анализа. Но в принципе можно попробовать DGrid, TopMod, MultiWfn (эти программы позволяют еще поиграть с функцией локализации электронов - ELF). На крайний случай, есть еще программа Bader, которая считает заряды по cube-файлу с плотностью, но для приемлимой точности нужна очень хорошая сетка, и это не очень удобно (но зато гораздо быстрее).

[alxyppv]

Да всё же дело в том что вопросы именно по теме. Помогите форумчане запустил 1.wfn в указанной Вами программе : aimqb получил выходные файлы (привожу в архиве) однако в файле 1.sum (открыл з помощью Блокнота) зарядов нет, курьез ситуации в том что если запускать тестовые примеры как то пропеллан, адамантан и т.д. заряды выводятся , проверял даже так рассчитал геометрию метана в FF нашёл нужный кусок в PUNCHе вырезал, сделал wfn-файл, посчитал и получил на выходе заряды так что же в моём случае не так?

P.S. помогите, очень нужно да и простите за навязчивость.

Он наверное как-то ругнулся при этом, нет? Потому что все входные файлы для интегрирования созданы, но что-то Вы не так наверное задали, и собственно интегрировать код и не начал.

[LKalvin]

Да вот в том то и дело что всё шло как и на примере адамантана из тестового файла, ну вот если к примеру взять расчёты в FF там если что-то идёт не так то расчёт обрывается аварийно и всё а здесь всё вроде бы как надо чтобы это могло быть? Коллеги помогите пожалуйста очень нужно сам я не квантовик а органик разобраться сам боюсь не смогу

[alxyppv]

Я пустил Вашу задачу, посмотрим. Но, кстати, у Вас же там в директории есть файл с расширением bat - просто запустите его и посмотрите что происходит.

[LKalvin]

Запускал batник в нем выскакивает чёто типа input file cannot be opened но это же явная чушь т.к. я же писал постом выше что делал также расчёт для молекулы метана и там всё ок если надо то его input и результаты могу выложить

[alxyppv]

Вот и вопрос, почему он не может открыть файлы - с ним и разбирайтесь. Пути как-то неправильно указаны? ну и т.п. У меня все запустилось без проблем, интегрирование идет.

[alxyppv]

Посчитались заряды

[LKalvin]

Да, у меня тоже рассчёт получился дело бело действительно в пути к файлу. Спасибо Вам огромное!