Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодействия

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодействия

Сообщение alien308 » Ср дек 21, 2011 7:45 pm

Можно ли в приближении MP4, например в FireFly, считать водородные связи и межмолекулярное взаимодействие? Требуется хорошее воспроизведение как отталкивания, так и электростатического, индукционного и дисперсионного вклада.
В области непересечения электронных оболочек желательна точность не хуже 0.001эв (губозакатывальную машинку не предлагать).
Молекулы небольшие до 10 атомов первого, второго и третьего периода.
Позволяет ли метод получать распределение электронной плотности, мультипольные моменты или только энергию при заданной геометрии?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение amge » Чт дек 22, 2011 7:43 am

Кстати, вот свежий обзорчик по теме. Правда, там в основном обсуждаются не методы, а базисы.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение alien308 » Чт дек 22, 2011 10:08 pm

Спасибо, CCSD похоже то что надо. Базисы конечно мрачные нужны.

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение avelon » Пт дек 23, 2011 8:45 am

тогда установите программу psi3.4. у нее аналитический градиент для CCSD. и параллельная. если нужно считать гессиан то берите CFOUR там и первая и вторая производная аналитическая, но проблемы с параллельностью, которую мне так и не удалось победить.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение alien308 » Пт дек 23, 2011 6:58 pm

А psi живая? Её развивают?

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение avelon » Сб дек 24, 2011 7:59 am

да. на сайте разработчиков весит что должна скоро выйти 4 версия.статьи уже опубликовали

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение leonidas » Пн дек 26, 2011 8:13 pm

Для подобных целей советовал бы Вам SAPT(DFT), реализованный в Molpro и в SAPT от Delawere (бесплатный, но
трудный в использовании).
Если нужна более подробная информация, пишите.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение alien308 » Вт дек 27, 2011 3:34 pm

Сомнения про DFT, что он корректно воспроизведёт дисперсионные вклады во взаимодействие.

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение leonidas » Ср дек 28, 2011 8:57 pm

Не путайте DFT и SAPT(DFT), это разные вещи.
Одно дело считать энергию мономера, тут DFT действительно только в крайнем случае (большие системы),
другое дело энергию взаимодействия димера. То же относится когда энергия считается как
разница энергии димера и двух мономеров, на этом основаны супермолекулярные методы
для слабосвязанных комплексов, такие как MP2, MP2, CCSD(T) и т.д., SAPT использует
другой подход.
Коротко можно прочитать тут,
http://www.physics.udel.edu/~szalewic/S ... 18-6200015

Особенностью SAPT есть то, что можно отдельно найти поправки для дисперсионной составляющей.
Пробемы возникают только на малых расстояниях, SAPT(DFT) начинает врать, но для средних
и long-range он дает результаты сопоставимые с CCSD.
Более того, есть возможность найти полный набор long-range коэффициентов, они же Ван дер Ваальса,
включая анизотропные, которые считаются на основе посчитанных динамических и статических поляризованностей
и мультипольных моментов мономеров.

В любом случае, имеет смысл сравнить SAPT(DFT), который быстрее чем обычный SAPT, с MP4.

Напишите какие конкретно комплексы у Вас.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение alien308 » Чт дек 29, 2011 2:22 am

Да очень интересно, не знал про это. Системы простые: димеры и двухмолекулярные комплексы метана, этана, пропана, азота, окиси и двуокиси углерода и конечно вода. Димеры воды пока не рассматриваю, это отдельный вопрос.

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение leonidas » Чт дек 29, 2011 12:19 pm

Димер CH4 это уже серьезные вычисления, по-моему максимум что делали это QCISD, и то лишь частично, без полной поверхности.
Если считать полную ППЭ, то это будет 5ти-мерная поверхность.
Думаю, что SAPT(DFT) был бы не плохим решением, правда, это зависит от конкретной задачи.

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение leonidas » Чт дек 29, 2011 12:58 pm

Кстати, по димеру воды есть много результатов ( в том числе неопубликованных ;) ), включая потенциал с внутримолекулярными степенями свободы, те поверхность получается 12ти-мерная.

При вычислении энергии димера состоящего из одинаковых молекул, ситуацию облегчает симметрия, и следовательно, область определения сферических и азимутальных углов может быть меньше, например вместо [0,2\pi] будет [0,\pi/2].
Последний раз редактировалось leonidas Чт дек 29, 2011 7:41 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 553
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение alien308 » Чт дек 29, 2011 4:29 pm

Димер CH4 это уже серьезные вычисления, по-моему максимум что делали это QCISD, и то лишь частично, без полной поверхности.
Если нетрудно, дайте ссылки :)
Если считать полную ППЭ, то это будет 5ти-мерная поверхность.
Да конечно надо искать параметризации.
Думаю, что SAPT(DFT) был бы не плохим решением, правда, это зависит от конкретной задачи.
Решение отмаштабировать по результатам более точного метода, возможно и неплохо получится.

Аватара пользователя
leonidas
Сообщения: 240
Зарегистрирован: Чт дек 23, 2010 6:27 pm

Re: Пригодно ли MP4 для расчёта межмолекулярного взаимодейс

Сообщение leonidas » Чт дек 29, 2011 6:19 pm

Что касается ссылок, то я всего лишь спросил гугла :).

Отправил Вам сообщение в личку.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 106 гостей