Н-связи

[RAS]

Есть сразу два связанных вопроса.
1. Есть ли бесплатные проги для бэйдеровского анализа под Линукс?
2. Есть оптимизированная структура, в которой несвязанные атомы Н и О расположены на расстоянии около 2 ангстрем да и еще не совсем на одной прямой с третьим партнером. Это может быть Н-связь, но может быть и просто электростатическое взаимодействие. Поделитесь, плиз, как это распознается и подскажите, где об этом грамотно написано (подкиньте если у кого есть).

[starless]

Это может быть Н-связь, но может быть и просто электростатическое взаимодействие.

А в чём разница? Всё зависит от используемого вами определения водородной связи.

[amge]

1. Есть ли бесплатные проги для бэйдеровского анализа под Линукс?

AIMAll, но бесплатно - без графики.

[sanya1024]

2. Есть оптимизированная структура, в которой несвязанные атомы Н и О расположены на расстоянии около 2 ангстрем да и еще не совсем на одной прямой с третьим партнером. Это может быть Н-связь, но может быть и просто электростатическое взаимодействие. Поделитесь, плиз, как это распознается и подскажите, где об этом грамотно написано (подкиньте если у кого есть).

Кристаллографы такое называют X-H...O контактами и не парятся. "Просто" электростатическое взаимодействие -- тоже связь.

[Лечащий Врач]

@ RAS

Ну так приведите параметры связи, зачем такая скрытность? Кристаллографы смотрят на расстояние X...O и на угол X-H...O, помимо H...O. И что за элемент скрывается под названием "Х"?

[RAS]

Ну так приведите параметры связи, зачем такая скрытность? Кристаллографы смотрят на расстояние X...O и на угол X-H...O, помимо H...O. И что за элемент скрывается под названием "Х"?

Да не скрытность, а структур десятка полтора, вот и хотелось бы, чтобы кто подсказал, где почитать о том, как "смотрят криталлографы", а может и не только они, потому как расчеты то дают структуры в ГФ. Ну а для примера
N-H...O 1.02, 1.83, 130^о, а в другом варианте 1.02, 2.26, 118^о

[Лечащий Врач]

Первое — скорее водородная связь, второе — скорее нет. При этом КТ(3,-1) вы между H и O вы увидите в обоих случаях

Какие метод и базис использовали для расчета? Внутримолекулярная водородная связь или межмолекулярная? Если межмол, то от выбора метода и базиса геометрия слабых водородных связей будет зависеть очень сильно.

Дальше в зависимости от того, что вы хотите получить, могу отправить вас к своему обзору в Успехах химии (там есть кусок про изучение водородных связей методами теории "Атомы в молекулах", но это довольно глубоко понадобится копать) могу к рекомендациям ИЮПАК (по которым все ваши связи окажутся водородными — эти критерии скорее направлены на то, чтобы люди перестали называть "водородными связями" взаимодействия CH4...Kr). Могу к обзорам Дезираджу, если нтересует чистая геометрия. Если вам нужно просто охарактеризовать наблюдаемые данные, сделайте большую табличку "Характеристики контактов N-H...O" с геометрическими параметрами и основными данными из теории "атомы в молекулах", это будет исчерпывающая информация. Можно даже в рамках корреляции Эспинозы-Лекомта прикинуть энергию этих взаимодействий.

[RAS]

Какие метод и базис использовали для расчета? Внутримолекулярная водородная связь или межмолекулярная?

Дальше в зависимости от того, что вы хотите получить, могу отправить вас к своему обзору в Успехах химии

Спасибо!

Считал DFT B3LYP def2-TZVPP. Взаимодействия внутримолекулярные. Нужно действительно описать взаимодействия, но не только. Результаты обсуждаются с органиками, которые строят модели не всегда реальные, а аргументировать надо обосновано, посему был бы очень благодарен за ссылочку на обзор (конечно е-копия было бы еще лучше ).

[Лечащий Врач]

Обзор прикреплен к постингу. Про водородные связи написано в разделе IV.3. Я советую для начала ограничиться топологическими критериями, без вовлечения интегральных свойств атомов.

Для внутримолекулярных водородных связей B3LYP сойдет, но для очистки совести я бы посоветовал посчитать одну-две системы в PBE0, проверить, не произойдет ли сокращения водородных связей.

[sanya1024]

Кстати, интересный обзор, спасибо

[iskariot]

Да, поддержу! Премного благодарен за обзор! (Таки читать русский язык проще, чем вкуривать монументальный обзор самого Бейдера)

[RAS]

И я благодарю!!! И за обзор, и за советы!

[Polychemist]

Кванты рядом.

[RAS]

Кванты рядом.

Не понял

Понял, больше не буду