z-матрица. как ее построить?

[Wishmaster*]

Здравствуйте. В расчетах я всегда пользуюсь декартовыми координатами потому, что не умею строить z-матрицу (стыдно-то как ) В интернете где-то видел, что существует программа при помощи которой можно автоматически из декартовых координат перейти к внутренним, но увы, я там не разобрался (и снова стыдно) Пожалуйста, объясните как можно более подробно как строить сего зверя? Я работаю в chemcraft. Заранее спасибо.

[amge]

Умение строить z-матрицы вручную полезно, но времена, когда это умение было обязательным, прошли. Сейчас многие квантовохимические вьюверы могут сохранить декартовы координаты в том или ином формате z-матрицы. Кроме того, есть специальная программа для конверсии разнообразных химических форматов друг в друга: Open Babel. В ней форматы z-матриц - mopin, gzmat, fh.

[Lantano]

Если не занимаетесь конформационным анализом, то сиё умение редко может понадобиться. В книге Т. Кларк "Компьютерная химия" М. Мир, 1990 подробно описана не только сама идея, но и некоторые мудрые советы даны, как избежать типичных ошибок.
По поводу автоматически генерируемых z-матриц. Никогда ими не пользовался. Основная причина - они часто получаются не те, которые надо в данном конкретном случае. Например, хочется заморозить двугранный угол, а его в матрице нет, вместо него другой. Но дело их написания простое (хотя мне легко говорить - вручную "в детстве" писал z-матрицы для порфиринов )

[Rusia]

Если молекула не шибко большая, то можно и кемкрафтом.

Но для гауссиана, если надо что-то замораживать не обязательно строить матрицу.

[Lantano]

>>> Rusia
И для Firefly тоже.