Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Oleg13
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Чт авг 04, 2011 3:14 pm

Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение Oleg13 » Чт авг 04, 2011 3:43 pm

Читал на форуме, про того как переделывать базисы из Gaussian под Gamess, но честно сказать ничего не понял. Неужели в Gamess нет своих базисов для лантанидов??? Допустим, я хочу использовать базис TZVPP для расчета лантинадов?Как быть?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение o-oxhem » Чт авг 04, 2011 3:50 pm

Смотреть нужно тут https://bse.pnl.gov/bse/portal

Oleg13
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Чт авг 04, 2011 3:14 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение Oleg13 » Вс авг 07, 2011 11:00 am

Спасибо за ответ. Но у меня есть еще вопросы. Допустим, моя молекула состоит из Lu+H(восемь водородов). Как мне составить инпут файл? По данной ссылке я сформировал базисный набор: Ниже его привожу.
----------------------------------------------------------
$DATA
HYDROGEN
S 1
1 13.3600000 1.0000000
S 1
1 2.0130000 1.0000000
S 1
1 0.4538000 1.0000000
S 1
1 0.1233000 1.0000000

LUTETIUM
S 1
1 5.4060000 1.0000000
S 1
1 0.5869000 1.0000000
S 1
1 0.4803000 1.0000000
S 1
1 0.0870100 1.0000000
S 1
1 0.0418900 1.0000000
S 1
1 0.0192600 1.0000000
P 1
1 1.1320000 1.0000000
P 1
1 0.6640000 1.0000000
P 1
1 0.3620000 1.0000000
P 1
1 0.1092000 1.0000000
P 1
1 0.0482600 1.0000000
P 1
1 0.0206200 1.0000000
D 1
1 9.1770000 1.0000000
D 1
1 0.8922000 1.0000000
D 1
1 0.3919000 1.0000000
D 1
1 0.1863000 1.0000000
D 1
1 0.0827100 1.0000000
D 1
1 0.0341600 1.0000000
F 1
1 120.7000000 1.0000000
F 1
1 40.2300000 1.0000000
F 1
1 15.3400000 1.0000000
F 1
1 6.1610000 1.0000000
F 1
1 2.3570000 1.0000000
F 1
1 0.7718000 1.0000000
$END
! ELEMENTS REFERENCES
! --------- ----------
!


$ECP
LU-ECP GEN 54 3
6 ----- F POTENTIAL -----
-0.31990600 2 0.25189999
-3.15664697 2 0.93210000
-16.28186800 2 2.93959999
-69.33083340 2 10.88259980
-226.54129000 2 46.68960190
-38.74679190 1 154.12980700
8 ----- S-F POTENTIAL -----
0.05339400 2 0.17810001
117.31488000 2 0.99000001
-227.90637200 2 1.18410003
207.11132800 2 1.55540001
-99.07708740 2 2.13179994
-36.54268270 2 4.83319998
54.19141770 1 3.05800009
3.64155197 0 17.84269910
8 ----- P-F POTENTIAL -----
32.67243960 2 0.60970002
-78.01814270 2 0.85030001
100.01547200 2 1.20529997
-69.97026820 2 1.77429998
12.09111500 2 2.33669996
54.91968160 2 2.90009999
41.97269820 1 7.69759989
5.71504688 0 21.86129950
8 ----- D-F POTENTIAL -----
0.08798900 2 0.22400001
-31.79989050 2 0.92799997
46.60775380 2 0.99860001
-41.07834250 2 1.46200001
150.61451700 2 2.50060010
-159.04402200 2 3.25530005
54.65802380 1 4.62179995
6.87314081 0 24.98469930
$END
-------------------------------------------
Я же обычно использую ключ $Basis и т.д. Как же здесь быть? Куда вставлять координаты ядер H и Lu.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение o-oxhem » Вс авг 07, 2011 11:18 am

Приложены примеры - они работают.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Oleg13
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Чт авг 04, 2011 3:14 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение Oleg13 » Вс авг 07, 2011 1:06 pm

Спасибо, поставил в очередь задачу. Надеюсь будет работать!

Oleg13
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Чт авг 04, 2011 3:14 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение Oleg13 » Вс авг 07, 2011 8:23 pm

Использовал метод TDDFT, для расчета возбужденных состояний (вертикальных) молекулы с лантанидом. В итоге вышла следующая ошибка.
ELECTROSTATIC MOMENTS
---------------------

POINT 1 X Y Z (BOHR) CHARGE
4.341306 2.257712 0.131927 0.00 (A.U.)
DX DY DZ /D/ (DEBYE)
-6452.013889-7437.230164 -108.423655 9846.452733
...... END OF PROPERTY EVALUATION ......
CPU 0: STEP CPU TIME= 10.33 TOTAL CPU TIME= 6973.2 ( 116.2 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 6984.5 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 99.84%

SCF DID NOT CONVERGE...NO TDDFT=EXCITE CALCULATION
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Sun Aug 7 21:10:02 2011
20237040 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU 0: STEP CPU TIME= 0.01 TOTAL CPU TIME= 6973.2 ( 116.2 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 6984.5 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 99.84%
------------------------------------------------------------------
Как решить проблему?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение o-oxhem » Вс авг 07, 2011 8:54 pm

Наверное, Вам имеет смысл выложить входной файл, чтобы можно было проверить его на ошибки.
А так, нужно увеличить MAXIT до 199 в CONTRL. Надеюсь, что в SCF у Вас DIRSCF .

Oleg13
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Чт авг 04, 2011 3:14 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение Oleg13 » Вс авг 07, 2011 9:10 pm

$CONTRL SCFTYP=RHF MAXIT=200 RUNTYP=ENERGY DFTTYP=B3LYP TDDFT=EXCITE
UNITS=ANGS COORD=UNIQUE MULT=1 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.FALSE. DIIS=.T. SOSCF=.F. $END
$SYSTEM MEMORY=95505000 $END
$TDDFT NSTATE=10 MULT=1 $END
$CUBE CUBE=.T. MESH=fine $END
Эта шапка моего входного файла. Здесь только сейчас увеличил число итераций, как вы сказали. запустил заново. Если здесь есть ошибки, сделайте замечания. Буду очень благодарен!

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение o-oxhem » Вс авг 07, 2011 9:46 pm

Имеет смысл добавить в $SYSTEM TIMLIM=99999999 (прочее на мой взгляд нормально). Если не будет сходиться, то придется перебирать опции в $SCF . Считаете на паралл. компьютере? Видимо, нет. Кстати, Вы структуру оптимизировали перед TDDFT?

Oleg13
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Чт авг 04, 2011 3:14 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение Oleg13 » Вс авг 07, 2011 9:55 pm

конечно, структура оптимизирована)(равновесная геометрия найдена). Считаю, на кластере( на 32 узлах). Пока задача не свалилась. Завтра гляну. Надеюсь, что все пройдет. Огромное вам спасибо!!!

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение o-oxhem » Вс авг 07, 2011 10:12 pm

может, конфигурация какая-то специальная, но MEMDDI=число PARALL=.TRUE. обычно нужно в $SYSTEM

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базисы для Лантанидов в Gamess Us.

Сообщение sanya1024 » Пн авг 08, 2011 1:51 am

Обычно плохая сходимость ССП означает, что в самой постановке задачи что-то не так. Что у Вас за задача? В заряде и мультиплетности уверены? в структуре явных ошибок нет? Если ион Lu3+, то на уровне ССП проблем быть не должно. Если нет -- давайте инпут сюда, будем смотреть.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя