Поиск переходного состояния.Интермедиат.

[АрганниК?!]

Здравствуйте. Мне нужно найти седловую точку (переходное состояние) на пути реакции замещения. Работаю в Firefly. Ума не приложу, как во входном файле указать координаты ядер 2-х молекул, участвующих в реакции. Просто выделить координаты каждой отдельной оптимизированной молекулы и вставить их новый входной файл а после указать runtype=sadpoint? Просто тогда их координаты сливаются в 1 целую неправильную уродливую молекулу.....Или здесь необходимо пользуясь химической интуицией самому прикинуть переходное состояние, изобразить его, а потом работать с теми координатами? Посоветуйте, как правильно указать координаты в моем случае.

И еще вопрос: как в программах обстоит дело с интермедиатом? Есть какая -то возможность найти его в результате расчета или нет? И если я точно знаю какой интермедиат образуется у меня в реакции можно не искать его расчетом, а просто изобразить, оптимизировать геометрию и работать с ним дальше?

Заранее спасибо.

[АрганниК?!]

так....кажется про переходное состояние ответ найден.....А как быть с интермедиатом?

[sanya1024]

Или здесь необходимо пользуясь химической интуицией самому прикинуть переходное состояние, изобразить его, а потом работать с теми координатами?

Ну... типа того.

И если я точно знаю какой интермедиат образуется у меня в реакции можно не искать его расчетом, а просто изобразить, оптимизировать геометрию и работать с ним дальше?

Тоже примерно так.

Короче, никакая умная программа не заменит головы химика. И не надейтесь.

[АрганниК?!]

sanya1024 спасибо) вы так всегда выручаете)