Сравнительный анализ квантохимического софта

[limarodessa]

Какие проги кроме гауссиана и HyperChem считаются наиболее распространенными у квантохимиков (гамесс не в счет) ?

Спасибо

[EvgeniX]

Зачем вам это?

[limarodessa]

Зачем вам это?

Хочу выяснить чем мне лучше считать.

У меня такого плана проблема

http://www.mathnet.ru/php/archive.phtml ... n_lang=rus

Там пишут что гауссианом но хотел бы знать какие альтернативы

[sanya1024]

Конечно, альтернативы: GAMESS, FireFly, Orca, Природа. Бесплатные, считают намного быстрее Гэ и Хэ. Правда, требуют определенных умений...

[Yurii]

... Бесплатные, считают намного быстрее Гэ и Хэ....

Бесплатные, поэтому и считают намного быстрей. Как говорят, дареному коню в зубы не смотрят. Хотя хотел бы я посмотреть, например, какая программа посчитает высокосимметричную систему с 600 тяжелыми атомами на 1-м четырехядерном компе (dft/6-311g* opt int=ultrafine ...,гауссиан считает, используя всего ~ 80 гигов внешней памяти и не бьет диск) примерно за пару суток

[sanya1024]

Природа под линухом. Это оптимизация или single-point? насколько тяжелые атомы?

Да, я не собираюсь вступать в холивар "природа против гауссиана".

[VTur]

Бесплатные, поэтому и считают намного быстрей.

Юрий, все понимают, что быстрые программы не считаю интегралы в лоб. Они их оценивают. Но часто важно качественные зависимости. Да, цифрам из Природы верить не надо, тенденции оценивают верно.

[amge]

Да, цифрам из Природы верить не надо.

Почему? Результат зависит не от программы, а исключительно от метода/базиса. По крайней мере, так должно быть, и есть факты, говорящие, что в случае Природы так оно и есть. Специально проведенная проверка показала, что если у Природы и у GAMESS (никто, думаю, не сомневается в правильности гамесса) метод/базис в точности одинаковы, то и результаты тоже одинаковы, причем как по абсолютной энергии, так и по оптимизированной геометрии.

[amge]

все понимают, что быстрые программы не считаю интегралы в лоб. Они их оценивают.

Я не понимаю! Действительно, DFT-программы (Природа, Orca, DeMon) в некоторых случаях считают в десятки-сотни, в то и тысячи раз быстрее, чем не-DFT-программы (GAMESS, например). Но я всегда полагал, что ускорение достигается просто благодаря другому принципу расчета, реализованному в DFT-программах, и только с pure DFT-функционалами, такими как PBE, BLYP. etc. А стоит отойти от pure DFT (PBE0, B3LYP, HF, MP2), и преимущество по скорости пропадает. Программы перестают быть быстрыми и, значит, начинают считать честно (в лоб)? Не вижу логики: если DFT-программы что-то там оценивают в случае pure DFT, то что им мешает продолжать делать это в остальных случаях и оставаться столь же быстрыми?

Кстати, еще одна специальная проверка: результаты DFT-программ и GAMESS, несмотря на значительное различие скорости счета, (практически) совпадают (DeMon выбивается, но им я, к счастью, не пользуюсь).

[Yurii]

проверка показала, что если у Природы и у GAMESS (никто, думаю, не сомневается в правильности гамесса) метод/базис в точности одинаковы, то и результаты тоже одинаковы, причем как по абсолютной энергии, так и по оптимизированной геометрии.

Угу, одинаково врут: где в спектре должна быть вещественная частота, они одинаково на ура дают мнимую. И, например, с ЯМР иногда такую лажу выдают, что диву даешься.

[АлександрI]

в спектре должна быть вещественная частота

А как заранее узнать, что частота "должна быть вещественная" без рачёта гессиана?

[Yurii]

в спектре должна быть вещественная частота

А как заранее узнать, что частота "должна быть вещественная" без рачёта гессиана?

GAUSSIAN + stable

[АлександрI]

GAUSSIAN + stable

А если у меня FireFly?

[Yurii]

GAUSSIAN + stable

А если у меня FireFly?

Я PC GAMESS не пользую: пользовал в свое время буржуинский GAMESS со вставленной линейной алгеброй, которая реализована мною. И считал по ней намного быстрей чем PC GAMESS, т.к. быстрей моей линейной алгебры в мире еще не придумали (в смысле: алгоритмов - я здесь выкладывал свои работы, где приводилось сравнение с PC GAMESS). Но это была полуэмпирика для больших систем. Сейчас я от этого отошел.

[АлександрI]

GAUSSIAN + stable

Никак не могу припомнить, где у меня припрятаны тысячи $ для покупки G, однако я тоже люблю линейную алгебру в смысле практических операций с матрицами и в своё время писал фортран-программы по т.н. факторному анализу... Может быть, интересующий меня вопрос я смогу разрешить поэтапно матричными операциями?

[Yurii]

GAUSSIAN + stable

Никак не могу припомнить, где у меня припрятаны тысячи $ для покупки G, однако я тоже люблю линейную алгебру в смысле практических операций с матрицами и в своё время писал фортран-программы по т.н. факторному анализу... Может быть, интересующий меня вопрос я смогу разрешить поэтапно матричными операциями?

Тогда для начала: http://software.intel.com/en-us/forums/ ... hp?t=77331

[amge]

Угу, одинаково врут: где в спектре должна быть вещественная частота, они одинаково на ура дают мнимую.

Неудобно даже такое писать, но, может быть, стоило геометрию прооптимизировать прежде чем частоты считать? Или Вы утверждаете, что GAMESS и Природа выдают мнимые частоты на корректно оптимизированной геометрии? Если да, то примеры, пожалуйста.

И, например, с ЯМР иногда такую лажу выдают, что диву даешься.

Тут я совсем в недоумении. Из контекста очевидно, что, по Вашему мнению, GAMESS и Природа при расчете ЯМР иногда выдают лажу. Это в принципе, нормально, такое иногда бывает с любой программой, если ее неправильно использовать, но из того же контекста следует, что существует некая третья программа, которая в аналогичных случаях лажу не выдает. Что за программа и что за объекты? И как Вы умудрились посчитать ЯМР гамессом? Он же этого не умеет (т.е. номинально может, но практически - нет, стоит хоть раз попробовать, и сразу станет ясно). По поводу Природы: есть две статьи, одна недавно опубликована в J. Comp. Chem., другая вот-вот будет (или уже); из этих статей вполне очевидно, что Природа считает сдвиги ЯМР 1Н и 13С ничем не хуже (правда, и не лучше), чем другие программы тем же методом (DFT, GIAO). В первой статье этот вывод явно не сформулирован, но легко найти статьи на аналогичную тематику и сравнить самому. Во второй статье присутствует прямое сравнение с гауссианом (авторы, видимо, рисковые парни, как бы гауссиан их не забанил). Yurii, если Вы имеете данные, опровергающие результаты упомянутых статей, то опубликуйте их, пожалуста (хотя бы на форуме), а то разговор беспредметный.

[VTur]

GAUSSIAN + stable

А если у меня FireFly?

В ГАМЕССе в STATPT была опция STPT и STSTEP. Немного подергать ядра в разные стороны на предмет уменьшения энергии.

[Yurii]

1. Естественно прооптимизирована. Здесь уже об этом писали (не я). Но у меня это тоже наблюдалось при расчете полуэмпирики больших систем.
2. Считал давно химсдвиги и получал часто лажу. Гауссиан 98 давал приемлемый результат.

[Cherep]

2. Считал давно химсдвиги и получал часто лажу. Гауссиан 98 давал приемлемый результат.

вобщем, одни слова, штоле