AIMAll under Linux

[Olsha]

Здравствуйте!

Хочу запустить AIMAll под Линуксом из командной строки. Запуск проводился на кластере, доступ к которому удаленный с помощью Putty.
Положила архив aimall_11_04_03_linux_64bit.tar.gz в домашнюю директорию, распаковала - создалась папка AIMAll, и попробовала запустить тестовый пример.
Перешла в папку AIMAll/test/cyclopropanone, набрала команду run -n 1 -A singlecore /home/kremov/AIMAll/aimqb.ish -nogui cyclopropanone.wfn

Выдает ошибку типа"/home/kremov/AIMAll/aimqb.ish: line 17: 2276 Floating point exception"$thisDirName/bin/aimqb" $*" (вместо 2276 может быть другая цифра)
Пробовала менять права запуска у файлов (через chmod), выставила 755 (-rwxr-xr-x) (каждый пользователь имеет право читать и запускать на выполнение; владелец может редактировать) - не помогло. Без run -n 1 -A singlecore (то есть не через менеджер задач) тоже пробовала, ту же ошибку выдает.

Не подскажете, почему выдается такая ошибка и как ее убрать?
Версия Линукса SuSE Linux Enterprise Server 10, 64-bit.
Ставила и 64bit, и 32bitверсию AIMAll - одинаковая ошибка выдается.

[alxyppv]

С данной конкретной проблемой я вряд ли могу помочь, но на случай - вдруг найдете полезным - опишу как я работаю с AIMAll "под Линуксом" в похожей ситуации (посольку в силу криворукости не смог запустить их собственные скрипты). Точнее, начинаю-то я с Windows, там запускаю AIMALL обычным образоми жду пока он сделает все нужные входные файлы (*inp). Далее виндузовскую задачу можно остановить, а вот *inp фалы копирую на кластер и там запускаю такие вот задачки

./aimint.ex filename_atomXX.inp filename.wfn

Они идут без всяких проблем, и одновременно можно запусить сколько угодно штук, достигая таким образом "параллельности". После окончания всех задач, выдачу (файлы *int) надо собрать в одной директории (уже на виндузовской машине), добавить туда же filename.wfn, и запустить AIMSum. Через пару минут все будет готово

Ввообще загляните внутрь aimqb.sh - это ведь скрипт, может Вам просто какие-нибудь пути надо поменять

[amge]

И в самом деле, попробуйте отредактировать aimqb.ish, оставив только первую и две последние строки, и прописав пути в них в явном виде

Код: Выделить всё

#!/bin/sh

export LD_LIBRARY_PATH=/home/kremov/AIMAll/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/kremov/AIMAll/bin/aimqb.exe $*

Кстати, насколько мне известно, просто так визуализировать результаты AIMAll нельзя. Поэтому я написал скриптик, с помощью которого можно кое-какую информацию посмотреть molden'ом. Может, кому пригодится.

[Olsha]

Спасибо, буду пробовать.
Скажите, а скрипт Ваш как под Виндой использовать - чего-то у меня не получилось. Нужно Perl ставить? Или вообще нельзя?

А бесплатного визуализатора для AIMAll не существует?

[amge]

Скажите, а скрипт Ваш как под Виндой использовать - чего-то у меня не получилось. Нужно Perl ставить? Или вообще нельзя?

Безусловно, нужно поставить Perl. Но это легко. Рекомендую дистрибутив от ActiveState, причем, на всякий случай, версию 5.8. Скрипты тем и хороши, что кроссплатформенны. И мой должен работать без проблем. Под Windows скрипту лучше дать расширени .pl, чтобы он автоматически перлом запускался. Получившийся xyz-файл может показать практически любой визуализатор, но у меня он заточен под molden (в частности, заряды на атомах в нужном молдену месте). Молдену нужен Х-сервер, например, Xming. Раньше Xming был - бери да скачивай, теперь какой-то пароль требуют. Вот старая версия, но не ислючено, что она под win7 не будет работать.

А бесплатного визуализатора для AIMAll не существует?

Лично я такого не знаю (иначе зачем бы скрипт писал?). Если узнаете, не сочтите за труд, сообщите здесь.