Параметризация для молекулярной динамики

[Rusia]

Хоть раз кто-нибудь этим занимался? Надо параметризовать шармм27 для одной молекулы, вот только сильно сомневаюсь, что у меня получится...

[Marxist]

А если пойти по пути наименьшего сопротивления и поискать силовое поле, в котором есть соответствующие параметры, потом взять по аналогии?

[VTur]

Параметры должны быть согласованы со всеми остальными. Это самое трудное.
Подобрать параметры для одной молекулы легко. Но как и все обратные задачи, здесь получается много возможных решений. Нужна процедура самосогласования всего поля.
Попробуйте.

[Rusia]

Ну я нашёл у японцев параметризацию для DPPC, так как все другие имели только патчи для него, но я так и не смог воспользоваться патчами...

А для дигидропиридинов есть всякие платные амберы, а покупать - не вариант.

[Marxist]

Силовое поле амбер и пользовательские параметры к нему распространяется свободно. Поройтесь на сайте, там все параметры полей лежат. Небесплатен там только код.

[Rusia]

Да при помощи гауссиана относительно просто сделать параметризацию.