Рассчет объема молекулы

[David Beckham]

Подскажите пожалуйста, как и с помощью чего рассчитать объем молекулы, если имеется *.out файл (PC GAMESS) с оптимизированной геометрией этой молекулы?

[VTur]

Если в газе, то по *.out файлу объем не получить. Потребуются другие файлы Гауссиана или Гамесса См.
из cube файла
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/bader/
из *.chk *.wfn файлов
http://aim.tkgristmill.com/
http://www.aim2000.de/
Для жидкости не помню.

[PWRD]

а можно поподробней
как с помощью cube файлов из гауссиана объем молекулы посчитать

[ИСН]

У молекулы нет объёма. Или, если угодно, много "объёмов". Вам какой?

[Maryna]

А можно я вклинюсь с вопросом по этой же теме?
Мне ван-дер-ваальсовский объем в сферическом приближении бы рассчитать для нескольких анионов

[EvgeniX]

А если взять наибольшее расстояние между атомами и прибавить ваандервальсовые радиусы?

[Maryna]

Хм... А наибольшее расстояние можно просто в КемКрафте посмотреть... Интересная идея. Ну а научное сообщество как отнесется к такому способу оценки объема иона? Что-то мне кажется, эта величина хороша для внутреннего пользования, но в статье такой способ оценки не приведешь.

[VTur]

Обычно берут так
viewtopic.php?f=11&t=19619&p=153058&hilit=0.001#p153058

MPS тоже посмотрите эту тему

[Maryna]

Спасибо, VTur!

[amge]

На всякий случай, если тема еще кому-то интересна:
в последней версии Marvin появилась возможность получить число, называемое авторами "ван-дер-Ваальсов объем молекулы".

[MEG]

Рассчитать объем молекулы, конечно, хорошо. Но не подскажете ли, как рассчитать площадь ван-дер-ваальсовской проекции молекулы?

[Marxist]

проекции куда?

[amge]

Рассчитать объем молекулы, конечно, хорошо. Но не подскажете ли, как рассчитать площадь ван-дер-ваальсовской проекции молекулы?

В том же Marvin'е (Меню Tools-Geometry) вместе с объемом предлагают посчитать и какие-то проекции.

proection.png

[MEG]

Проекции на плоскость)
Marvin, судя по всему, как раз то, что нужно. Спасибо большое.

[aleks622]

Добрый день, из выше сказанного я понял что удобнее всего скачать программу Marvin. Может дадите ссылку, а то в поисковике много битых ссылок. Спасибо.

[Marxist]

chemaxon.com

[aleks622]

chemaxon.com

Спасибо. А случайно нет инструкции на русском языке? Она у меня License фаил спрашивает... Как с этим бороться? Все на англ, сложно немного)

[Marxist]

Как получить лицензию, написано на сайте

[Rusia]

А чем ещё можно померить? VMD годиться? Если уже есть оптимизированная геометрия.

[Ferom]

Может изврат, но почему бы не попробовать?

Если есть оптимизированная геометрия, то в GAMESS можно запустить расчет PCM, там, в выдаче результатов, для сольватируемой молекулы будет рассчитан CAVITY VOLUME в ангстремах кубических.