квантово-химические расчеты сложных молекул

[Победа]

Уважаемые коллеги!
Нужна помощь в квантово-химических расчетах (полуэмпирика) молекул полифенолов и их соединений с алюминием и аминокислотами с использованием компьютерной системы МОРАС, приближение РМ 3. Согласна заплатить разумные деньги без претензий на авторство.
Заранее спасибо.

[amge]

Ваша задача не требует особых навыков. Можете и сами попробовать.

Скачайте MOPAC2009, получите на него лицензию (академическая - бесплатная).
Преимущество MOPAC2009 перед обычным МОРАС - это, во-первых, то, что в нем есть параметризация PM6 (более продвинутая и современная реинкарнация PM3), во-вторых, MOPAC2009 должен без проблем прилаживаться к ChemOffice (надеюсь, последний у Вас уже есть). Дальше все просто. Рисуете структуру в ChemDraw, перетаскиваете ее в Chem3D, запускаете на оптимизацию МОРАС'ом. Результат будет на том же экране.

Другое дело, что результатам расчета подобных систем полуэмпирикой я бы не слишком доверял. Но "пощупать" систему и получить заготовки для более серьезных расчетов можно.

[Yurii]

... молекул полифенолов и их соединений с алюминием и аминокислотами...

А сколько атомов ваши системы содержат?

[Победа]

Мои системы содержат от 60 до порядка 120 атомов. Некоторая часть систем уже обсчитана, но информация не полная. Например, известны заряды на атомах и геометрия, но нет величин порядков связей или силовых констант.

[EvgeniX]

Сомнительно, что PM3 нормальные геометрические параметры для алюминийорганики даст.

[Победа]

Сомнительно, что PM3 нормальные геометрические параметры для алюминийорганики даст.

Что имеется в виду под словом "нормальные"?

[VTur]

... нет величин порядков связей или силовых констант.

Это Вы, конечно, хватанули! От полуэмпирики силовые постоянные? Уж лучше из валентно-силового поля. А порядки связей сами нарисуйте из общих соображений.

[Lantano]

Если бы Вы сказали, зачем Вам это нужно, то может быть и ответы были бы более "по делу". Не думаю, что Вам нужен расчет ради расчета.

[EvgeniX]

Что имеется в виду под словом "нормальные"?

Похожие на правду.

[amge]

Сомнительно, что PM3 нормальные геометрические параметры для алюминийорганики даст.

Это да. Особенно если есть гипервалентные и несвязевые взаимодействия Al-C. Но если там только феноляты алюминия, то, может, и ничего...

Кстати, Победа, замечал, что PM6 (а значит, и PM3, наверное, тоже) любит выдавать всякие очень любопытные структуры, в действительности не существующие. Так что осторожнее...
RM1/AM1 в этом отношении адекватнее, но в RM1 алюминия нет.

[Yurii]

Мои системы содержат от 60 до порядка 120 атомов.

Это считается неэмпирикой на одном многоядерном компе под x64 за разумное время гауссианом.

[Победа]

Уважаемые коллеги!
Все это конечно хорошо и правильно, но я не имею достаточных навыков и знаний для того чтобы справиться самостоятельно с расчетами. Может быть кто-то возмется помочь? Я могла бы по электронке отправить файл (pdf или с другим расширением) с изображением предполагаемой структуры.
Заранее спасибо.

[marsel]

Победа, Пришли мне структуру попробую оптимизировать Природой06 Что нужно еще кроме оптимизации?

[avelon]

могу посчитать в firefly (PC_GAMESS) если предложение еще актуально. все будет лучше чем MOPAC. он хорошо для предварительной оптимизации. как было подмечено выше выдает геометрии не всегда верные и они зачастую отличают от расчитанных ab init

[valentina]

Уважаемые коллеги!
Обращаюсь к Вам за консультацией по интересующим меня вопросам.
По образованию я физик. Моя научная работа связана с получением и исследованием фотоанизотропных сред, в частности на базе органических красителей. В связи с этим хочу спросить:
1) каков физический смысл вкладывается в понятие Total Steric Energy?
2) что определяет величина этой энергии, например при сравнении двух конформаций Транс-цис-
Заранее благодарю за помощь. Валентина.

[amge]

1) каков физический смысл вкладывается в понятие Total Steric Energy?

Это сумма вкладов разнообразных "напряженностей" молекулы, вычисляемых методом молекулярной механики (ММ). "Напряженность" - это отклонение от идеальной ситуации, например, если расстояние между двумя атомами отличается от характерного для них идеального, то на растяжение/сжатие "пружинки" между этими атомами затрачивается энергия, обусловливающая вклад, называемый stretch. В ММ-программах энергии нормируют так, чтобы Total Steric Energy приближалась к теплоте образования молекул.

2) что определяет величина этой энергии, например при сравнении двух конформаций

Стабильность конформаций. Чем меньше энергия, тем стабильней. Можно даже подставлять эти энергии в формулу распределения заселенностей по Больцману.

ЗЫ IMHO, красители - как правило совсем не те объекты, которые можно адекватно считать молекулярной механикой.

[valentina]

Уважаемый amge!
Большое спасибо за Ваш быстрый и квалифицированный ответ.
Если имеются данные о силе электронодонорных заместителей, то как они располагаются в гомологическом ряду моноазокрасителей : N (CH3)2; N(C2H5)2; NH C3H7; NH C7H15; NH-CH2 –C6H5
С уважением Валентина

[Droog_Andrey]

ИМХО в этом ряду донорность убывает.