Avogadro

как найти книгу или статью? не поделится ли кто-нибудь программой? если у вас такой вопрос - значит, вам сюда!
Ответить
lenka1987
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Ср мар 18, 2009 9:15 am

Avogadro

Сообщение lenka1987 » Вс янв 10, 2010 9:38 pm

Вот сайт http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
программа неплоха для построения молекул и ввода данных для сторонних квантохимических программ, видела только на Макантоше очень впечатлила. Есть версия для Windows и Linux, однако у меня не идет, Если кто знает как установить в винде или линуксе. отпишитесь плиз :!:

Marxist

Re: Avogadro

Сообщение Marxist » Вс янв 10, 2010 11:12 pm

на что ругается под линукс?

Cherep
Сообщения: 23489
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Avogadro

Сообщение Cherep » Вт янв 12, 2010 12:34 am

В OpenSuse GNU/Linux точно был бинарник, я его щупал. Всё поднимется с пол-пинка.
Венда - не наш метод.

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Avogadro

Сообщение suprachemister » Вт янв 12, 2010 12:37 am

у меня Avogadro и на Венде шла без тормозов :very_shuffle:

lenka1987
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Ср мар 18, 2009 9:15 am

Re: Avogadro

Сообщение lenka1987 » Вт янв 12, 2010 1:13 am

Marxist писал(а):на что ругается под линукс?
После того, как выполнила команду cmake , пишет конфигурация done, однако при этом не найдены pythonlibs, соответсвенно последующая команда make ничего не дает (пишет что не найден файл или директория, вообщем надо усиановить эту библиотеку ), сейчас в винде - неохота делать рестарт, завтра еще попробую напишу...
P.S. Только в выходные установила Ubuntu 8.04 (убожество какое то честно говоря, что-то собирала мэйком, так после 30мин не выдержала вышла), до этого никакаго опыта в линуксе не было, поэтому не сильно ругайте за след вопрос, а Suse лучше для хим программ? :very_shuffle:
suprachemister писал(а):у меня Avogadro и на Венде шла без тормозов :very_shuffle:
скачала с офф сайта установила, а когда запускаю программа только в процессах и берет ок 200МБ памяти, а видимых изменений нет :( , может надо Python установить предварительно :?

Cherep
Сообщения: 23489
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Avogadro

Сообщение Cherep » Вт янв 12, 2010 2:55 am

lenka1987
идеология примерно такая.
1. Всякий GNU/Linux (Debian, RedHeat, OpenSuse, Slackware etc) живёт по своим внутренним законам.
2. A priori можно компилировать софтину из исходнегов. Но под каждым линем могут быть свои тонкости. См пункт 1.
3. Софтину можно не компилировать. Тут впринципе есть два подхода. Один для химиков.
4. Тот, что для химиков. В каждом нормальном дистрибутиве (например, в Ubuntu) есть хрень под названием "менеджер пакетов". Поелику ubuntu неннмного ушло от debian полагаю, что менеджер пакетов с GUI (грфический интерфейс пользователя) называется Synaptic Package Manager
5. Вот его и надо выбрать в менюхе (на рабочем столе) с опцией эквивалентной "администрирование".
6. Запустили. Ищем пакт Avogadro
7. Нашли. Пометили для установки. Сказали "установить". Менеджер сказал "Ой, плин. Тут ещё вагон всего надо поставить". ИЧСХ, сам выбирает, чего не хватает.
8. Собственно, ждём, пока всё установится. Обычно 1-2 минуты.

10. Самое главное - указать менеджеру пакетов источнег установки. Либо dvd либо серевер из инета.

Cherep
Сообщения: 23489
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Avogadro

Сообщение Cherep » Вт янв 12, 2010 2:57 am

OpenSuse нормальный дистрибутив. Про него дядько Marxist много чего знает.

ambivalentno
Сообщения: 97
Зарегистрирован: Ср апр 08, 2009 12:36 am

Re: Avogadro

Сообщение ambivalentno » Вт мар 09, 2010 9:49 pm

я думаю так надо:
в убунте аки в дебиане :
sudo apt-get install avogadro
если sudo не работает
su -c 'apt-get install avogadro'

Если не сработает: страница "как инсталлить в убунте" на сайте авогадро:
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/ ... ges#Ubuntu

Marxist

Re: Avogadro

Сообщение Marxist » Вт мар 09, 2010 11:13 pm

lenka1987 писал(а):После того, как выполнила команду cmake , пишет конфигурация done, однако при этом не найдены pythonlibs, соответсвенно последующая команда make ничего не дает (пишет что не найден файл или директория, вообщем надо усиановить эту библиотеку ), сейчас в винде - неохота делать рестарт, завтра еще попробую напишу...
Питон поставьте.

Вообще нормальный менеджер пакетов (тот же яст), если ставить с его помощью, должен был потянуть за собой питон. В репозиториях может лежать уже собранная версия той же авогадры, имеет смысл добавить дополнительные репозитории (есть на офсайте). Ну и ещё один общий совет -- когда ставите систему, не выбирайте дефолтную конфигурацию, а идите в advanced настройки и в дополнение* к дефолтной ставьте все языки программирования и компиляторы, которые доступны.

_____________
* Ибо убирать компоненты имеет смысл только в том случае, если вы точно знаете, что делаете.

Ответить

Вернуться в «обмен книгами, статьями, программами»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 36 гостей