Соединение двух геометрий в одну

[Rusia]

Надо из двух pdb сделать один, при этом много различных вариантов, не подскажите, чем это можно делать конвеерно?

Надо в бислой засунуть молекулу в разные места и по-разному

[Marxist]

Надо из двух pdb сделать один, при этом много различных вариантов, не подскажите, чем это можно делать конвеерно?

В такой формулировке можно и шелл-скриптом

Надо в бислой засунуть молекулу в разные места и по-разному

В один и тот же бислой? вроде бы есть программы, которые как раз для этого и написаны. Поскольку бислои обычно считают NAMD'ом, можно у них порыться. Или в AmberTools

[Darth Vasya]

Для громакса тоже есть специальная тулза - на Перле, если не ошибаюсь. А вообще - хоть в ГиперКеме открывай да двигай туда-сюда

[Rusia]

Для громакса тоже есть специальная тулза - на Перле, если не ошибаюсь. А вообще - хоть в ГиперКеме открывай да двигай туда-сюда

тыщу раз ручками двигать как-то накладно...
Такс... Надо будет ставить громакс...

[Darth Vasya]

Тулза - в смысле, для вставки молекулы в бислой.
http://www.google.ru/search?q=make_hole.pl

Что касается соединения pdb в один, то тут всё зависит от конкретной задачи. Действительно, можно хоть баш-скриптом сделать.

[Darth Vasya]

Вот, нагуглился скрипт для VMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/scr ... mergepdbs/

[Rusia]

Буду действовать проще - руками вставлю в бислой молекулу и буду менять скриптами pdb файл. (поворачивать и/или двигать)