Линейные участки в молекулах проблема расчета в PC Gamess

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
SilverWinner
Сообщения: 84
Зарегистрирован: Пт июл 03, 2009 3:32 pm

Линейные участки в молекулах проблема расчета в PC Gamess

Сообщение SilverWinner » Пт авг 14, 2009 12:59 pm

Уважаемые пользователи PC Gamess, выношу серьезный вопрос на обсуждение...
При проведении расчетов может возникнуть необходимость задания линейного участка молекулы, его можно реализовать несколькими способами один из них dummy atom (мне этот вариант не подходит, т.к. надо фиксировать углы), второй вариант использование функции Libe, в примерах к pc gamess в файле exam12, приведен пример использования данной функции к линейной молекуле ацетилена, но ни где нет примера более сложной молекулы с линейным участком.

Собственно это не было проблемой создать входной файл с линейным участком для молекулы (пример взят по аналогии с моей поставленной задачей), проблема в том, что происходит ошибка после первого шага вычислений:

*** ROUNDOFF ERROR IN LIBE - TEST,DOTP= -0.7023395167E-03 -0.1171212479E-01

пример части входного приведен ниже


-базис и другие установки по выбору пользователя-
$CONTRL ICHARG=-1 NZVAR=38 $END
$LIBE APTS(1)=0.0,1.0,0.0, $END
$DATA

Cn 2

NITROGEN 7.0 0.000000000 0.000000000 0.0
CARBON 6.0 1.302701066 0.000000000 0.0
HYDROGEN 1.0 1.855044056 0.835338414 -0.580247225
HYDROGEN 1.0 1.855044056 -0.835338414 -0.580247225
CARBON 6.0 1.611077568 0.000000000 1.654316158
HYDROGEN 1.0 1.323280522 1.004068047 2.146478192
HYDROGEN 1.0 1.323280522 -1.004068047 2.146478192
HYDROGEN 1.0 2.585095940 0.000000000 1.948723210
$END
$ZMAT IZMAT(1)=1,1,2,
1,1,3,
1,2,4,
1,2,6,
1,3,5,
1,3,7,
1,2,8,
1,3,9,
1,10,8,
1,11,9,
1,12,8,
1,13,9,
1,14,8,
1,15,9,
2,5,3,1,
2,4,2,1,
2,6,2,1,
2,8,2,1,
2,9,3,1,
2,7,3,1,
2,12,8,2,
2,14,8,2,
2,11,9,3,
2,13,9,3,
2,10,8,2,
2,15,9,3,
5,2,1,3,
6,9,3,1,2,4,
6,6,2,1,3,9,
6,7,3,1,2,6,
6,5,3,1,2,4,
6,8,2,1,3,7,
3,11,9,3,1,
3,10,8,2,1,
3,13,9,3,1,
3,12,8,2,1,
3,15,9,3,1,
3,14,8,2,1,
$END

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Линейные участки в молекулах проблема расчета в PC Gamess

Сообщение VTur » Пт авг 14, 2009 4:53 pm

С линейными молекулами не работал. Поэтому только из общих соображений. У Вас UNIQUE координаты? Попробуйте переделать под z-матрицу и посмотрите "THE DETERMINANT OF THE G MATRIX". Чем ближе к единице, тем лучше.
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 34 гостя