Программка для оптимизации геометрии рядов молекул

[chemist]

Доброго здоровья уважаемые физико-химики, особенно доблестные расчетчики молекул!

Подскажите пожалуйста какую-нибудь незатейливую программку (можно даже школьную на русском языке), с помощью которой можно было бы быстро соптимизировать геометрию двух рядов молекул, типа нарисованных в прикрепленном файле. Задача состоит в том, чтобы проследить зависимость их внутренней энергии от числа n.

_Дифенил_с_мостиками.rar

[VTur]

Афигеть! А внутреннюю энергию Вы откель возьмёте?
Если будите оптимизировать полуэмпирикой, то внутренняя энергия - фигня (хотя не факт, что полуэмпирика даст правильную геометрию для дифенилов с такими мостиками). А квантами - в России мало таких суперкомпьютеров.
Хотя в буржуинских журналах пишут всякое, но публикуют эти странные статьи из-за эксперимента.

[chemist]

Афигеть! А внутреннюю энергию Вы откель возьмёте?
Если будите оптимизировать полуэмпирикой, то внутренняя энергия - фигня (хотя не факт, что полуэмпирика даст правильную геометрию для дифенилов с такими мостиками). А квантами - в России мало таких суперкомпьютеров.
Хотя в буржуинских журналах пишут всякое, но публикуют эти странные статьи из-за эксперимента.

Ну хорошо, пусть не внутренюю, а, например, какую-нибудь MMX Energy, главное чтобы считалось быстро и одним и тем же методом. Вот сижу, "втыкаю" в результаты расчета программкой PCModel 7.0 fore Win, но как-то тяжко все это понять, т.к. опыта - ноль, молекулы все какие-то кривые, термины в менюшках совсем незнакомые... . Вот и подумалось: м.б. вся эта музыка уже существует на нормальном русском языке, расчетчиков-то русскоязычных сейчас много, даже диссертации защищають .
В общем в поклоне прошу - помогите кто чем может .

[EvgeniX]

Геометрия - это наука, а оптимизируются геометрические параметры!

[chemist]

Геометрия - это наука, а оптимизируются геометрические параметры!

Запомнил, спасибо за НАУКУ .
И что делать дальше?

[Marxist]

В общем, да, PCModel-ом, видимо, это оптимально
Вы лучше найдите коллаборатора, будет гораздо эффективнее. Думаю, даже по почте можно будет с кем-нибудь списаться. Возьмите в соавторы и вперёд.

[EvgeniX]

В общем, да, PCModel-ом, видимо, это оптимально
Вы лучше найдите коллаборатора, будет гораздо эффективнее. Думаю, даже по почте можно будет с кем-нибудь списаться. Возьмите в соавторы и вперёд.

Даже готов помочь =)
ПРИРОДА и DFT
нужно?

[chemist]

В общем, да, PCModel-ом, видимо, это оптимально
Вы лучше найдите коллаборатора, будет гораздо эффективнее. Думаю, даже по почте можно будет с кем-нибудь списаться. Возьмите в соавторы и вперёд.

Спасибо за добрый совет, дорогой товарищ Marxist .
Да мне не столько о публикации приходится думать, сколько о том, с каким минимальным n приступать к синтезу, чтобы не получились одни полимеры и как зависит соотношение путей А/В от этого самого n . Хотя публикация тоже возможна, например тут:
http://suprachem.chem.univ.kiev.ua/
Не хотите ли поколлаборатиться? Обещаю вести себя прилично и даже подучить французский чтобы со стариной Ж.-М. Леном погуторить на его родном языке о макромолекулах, содержащихся в аромате цветущих киевских каштанов и о самых экологически чистых украинсках красавицах .

[chemist]

Даже готов помочь =)
ПРИРОДА и DFT
нужно?

Может быть и нужно, откуда мне знать . Ими можно оптимизировать геометрию, а этот оптимум записать какой-нибудь однозначной цифрой? Буду очень признателен если дадите этого добра или ссылки на него с описаниями, почитаю, авось пойму чё нибудь .

[Marxist]

Не хотите ли поколлаборатиться?

Нет, не хочу, и так две коллаборации помимо диссера Кстати, чисто из общих соображений думаю, что путь А будет реализовываться в малых количествах даже для n=6. При больших -- возможно.

[chemist]

Не хотите ли поколлаборатиться?

Нет, не хочу, и так две коллаборации помимо диссера Кстати, чисто из общих соображений думаю, что путь А будет реализовываться в малых количествах даже для n=6. При больших -- возможно.

Спасибо за ясный ответ, уважаемый Marxist, диссер это серьезно - не до киевских каштанов и красавиц, понимаю .
Насчет низкого выхода продуктов А также нутром чую, а они-то как раз и нужны, потому-то и хочу подключить теорию прежде чем начинать пахоту. С большими n объекты не нужны - нужны с минимальными, а вот какие они - эти минимальные, леший их знает .

[Yurii]

Доброго здоровья уважаемые физико-химики, особенно доблестные расчетчики молекул!

Подскажите пожалуйста какую-нибудь незатейливую программку (можно даже школьную на русском языке), с помощью которой можно было бы быстро соптимизировать геометрию двух рядов молекул, типа нарисованных в прикрепленном файле. Задача состоит в том, чтобы проследить зависимость их внутренней энергии от числа n.

Сейчас в инете можно найти Gaussian Ver.E01 (2007 г.) под EM64T for Linux x64. Думаю, это то, что вам нужно.

[chemist]

Сейчас в инете можно найти Gaussian Ver.E01 (2007 г.) под EM64T for Linux x64. Думаю, это то, что вам нужно.

Спасибо, Yurii . Думаю, что если пойду таким путем (переход с ВиндовХР на Линух и освоение Гауссиана), то интересующий меня результат получу не иначе как через полгода-год, при этом в гневе обложу всякими скабрезными словами разработчиков, дистрибьюторов, мерчайдангеров и даже членов некоторых правительств . Мне б что попроще (типа игрушки) на нормальном русском языке, чтоб считало правильно, быстро и желательно пакетами из .DB, .SD- или хотя бы .skc/.mol-файлов, в идеале - примочка типа MDL-овского AutoNom-а под ISISBASE (помечтать-то можно ).

[amge]

А что мешает (кроме. может быть. лицензионных соображений) начать с Chem3D? Рисуем в ChemDraw, copy-paste в Chem3D, далее MM2 и/или полуэмпирика. Час работы.
Потом можно, если хочется больше "научности", полученные структуры в DFT (для Природы, скажем, эти 12 структур -- сутки счета на среднем офисном компьютере). Работы немного, тоже готов помочь.

[Yurii]

Мне б что попроще (типа игрушки) на нормальном русском языке, чтоб считало правильно, быстро и желательно пакетами из .DB, .SD- или хотя бы .skc/.mol-файлов, в идеале - примочка типа MDL-овского AutoNom-а под ISISBASE (помечтать-то можно ).

Если вы хотите получить достоверные результаты, которые не вгонят ваш эксперимент в ступпор, то без более или менее серьезных расчетов не обойтись. А наши народные умельцы и не только только горазды болтать, что впереди планеты всей,- толкового на русском ничего нет. Почему Linux x64? Системы ваши большие, а памяти под x64 можно много поставить. Под Windows из инета тоже можно скачать gaussian для x86, но он значительно медленней gaussian под x64, действуют ограничения по памяти и распараллеливание начинается с Rev E01. Что касается конвертации файлов, то думаю, что это не проблема.

[chemist]

А что мешает (кроме. может быть. лицензионных соображений) начать с Chem3D? Рисуем в ChemDraw, copy-paste в Chem3D, далее MM2 и/или полуэмпирика. Час работы.
Потом можно, если хочется больше "научности", полученные структуры в DFT (для Природы, скажем, эти 12 структур -- сутки счета на среднем офисном компьютере). Работы немного, тоже готов помочь.

Да какие нафикЪ лицензионные соображения и высокия наукообразия, синтез надо начинать, а он долгий (несколько месяцев), дык какой МИНИМАЛЬНЫЙ n прикажите взять, чтобы продукту А было побольше, дабы потом не кусать локти и всех подряд своих подчиненных?
Час работы, говорите? А вот PCModel считает MMX-ом эти каракатицы чуть ли не за секунды или это я вообще не то считаю? .

[Marxist]

Час работы, говорите? А вот PCModel считает MMX-ом эти каракатицы чуть ли не за секунды или это я вообще не то считаю? .

Час работы -- имеется в виду нарисовать, сделать какую-то разумную начальную геометрию и пр. Кстати, там же есть конформационный поиск, вот его стоит поделать. Там тоже не секунды. Одну-то конформацию оптимизировать не очень правильно, можно на всякие артефакты нарваться

[chemist]

Мне б что попроще (типа игрушки) на нормальном русском языке, чтоб считало правильно, быстро и желательно пакетами из .DB, .SD- или хотя бы .skc/.mol-файлов, в идеале - примочка типа MDL-овского AutoNom-а под ISISBASE (помечтать-то можно ).

Если вы хотите получить достоверные результаты, которые не вгонят ваш эксперимент в ступпор, то без более или менее серьезных расчетов не обойтись. А наши народные умельцы и не только только горазды болтать, что впереди планеты всей,- толкового на русском ничего нет. Почему Linux x64? Системы ваши большие, а памяти под x64 можно много поставить. Под Windows из инета тоже можно скачать gaussian для x86, но он значительно медленней gaussian под x64, действуют ограничения по памяти и распараллеливание начинается с Rev E01. Что касается конвертации файлов, то думаю, что это не проблема.

Кашэшна хачу, какой-такой ступор-пупор .
А что, PCModel делает несерьезные расчеты? Тут ведь, ИМХО, не нужна высокая квантовая механика, задача-то чисто из голимой молекулярной механики . Или это как сказать?
Народные умельцы - еще те архаровцы . Один мне насчитал такого, что ароматический цикл оказался изогнутым, это все равно что согнуть ось планеты, ИМХО . Для n=1,2,3 такое еще можно допустить (нЕкак ему выкрутиться, сердешному), но для n=6 такие вещества известны и ничего там так похабно не искорёжено

[chemist]

Час работы, говорите? А вот PCModel считает MMX-ом эти каракатицы чуть ли не за секунды или это я вообще не то считаю? .

Час работы -- имеется в виду нарисовать, сделать какую-то разумную начальную геометрию и пр. Кстати, там же есть конформационный поиск, вот его стоит поделать. Там тоже не секунды. Одну-то конформацию оптимизировать не очень правильно, можно на всякие артефакты нарваться

В точку сказано, на эти артефакты видимо я и нарвался . Дело, значит, следующее. Рисую одну начальную геометрию - получаю один результат, удаляю, рисую другую начальную геметрию ТОЙ ЖЕ МОЛЕКУЛЫ - получаю другие цыфры . Это у программы вальты в голове или или у меня?
А как там сделать конформационный поиск, не подскажите? Буду очень Вам признателен .

[SSR]

Во-первых, с числом возможных изомеров Вы, выше об этом уже писали, явно перестарались. Так, для структур типа B, содержащих метациклофановый фрагмент, относительно стабильными будут соединения с n>2. Причём для n=3 следует ожидать аномальной реакционной способности в связи с практически неизбежным сильным искажением циклической системы. То же самое, полагаю, имеет место и для структур типа A (+ структуры типа A вполне вероятно будут значительно напряжены и при n>3).

Второе и основное. Обсчитать всё это действительно можно, но гарантировать что-либо на основании этих расчётов даже весьма точными методами будет затруднительно. Допустим, Вы будете знать относительные энергии изомеров - что дальше?! Очевидно, возможны различные варианты синтеза этих соединений. В каждом случае будут свои побочные и конкурирующие процессы. Далеко не факт, что Вы будете работать в условиях термодинамического контроля, а если и будете, то ещё не известно не приведёт ли это к накоплению побочного продукта(ов).

Кроме того, могут понадобиться дополнительные данные. Если, например, соединения A6/B6 будут собираться путём метатезиса с последующим восстановлением, то понятно, что нужно в первую очередь будет проводить оценку относительной энергии циклоолефинов, а не самих A6/B6.


P.S.

... Обещаю вести себя прилично и даже подучить французский чтобы со стариной Ж.-М. Леном погуторить на его родном языке о макромолекулах, содержащихся в аромате цветущих киевских каштанов и о самых экологически чистых украинсках красавицах .

Английский у него тоже ничего