Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 27, 2008 2:07 pm

Собственно, сталкивался с этой проблемой и раньше, но всегда решалась она подбором подходящего Guess.

Но вот считаю [ReH9]2-, и гауссиан выдаёт такую ошибку при попытке использовать DFT. Проблема, я так понимаю, из-за того, что для рения - слишком уж он большой - нету оптимизированной сетки:
Defaulting to unpruned grid for atomic number 75.
Spurious integrated density or basis function:
NE= 86 NElCor= 0 El error=4.55D-05 rel=5.30D-07 Tolerance=1.00D-03
Shell 3 absolute error=8.68D-01 Tolerance=1.20D-02
Shell 3 signed error=8.68D-01 Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
В то же самое время HF считает нормально: http://www.primefan.ru/stuff/chem/reh9.rar

Хотелось бы разобраться...
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение Yu/2 » Сб сен 27, 2008 2:14 pm

Может быть поможет Integral(Grid=UltraFine) ?

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 27, 2008 2:16 pm

UltraFine там, конечно же, указан.

Вот входной файл расчёта HF (в архиве по ссылке в первом посте он тоже есть, вместе с .out и .chk):

%Mem=256MB
%Chk=ReH9.chk

#p HF/Gen Opt(VeryTight,GDIIS) Integral(UltraFine) SCF(MaxCyc=250) Guess=Read
IOp(1/6=300) IOp(1/8=1) IOp(5/14=2) Freq

ReH9

-2 1
Re 0 0.0 0.0 0.0
H 0 1.7 0.2 0.2
H 0 0.2 1.7 0.2
H 0 0.2 0.2 1.7
H 0 0.7 0.7 -1.4
H 0 0.7 -1.4 0.7
H 0 -1.4 0.7 0.7
H 0 0.3 -1.2 -1.2
H 0 -1.2 0.3 -1.2
H 0 -1.2 -1.2 0.3

Re 0
UGBS
****
H 0
6-311+G**
****
2^74207281-1 is prime!

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение VTur » Сб сен 27, 2008 2:35 pm

На самом деле DFT считается не по всем точкам m*n. pruned grid говорит, что, чем дальше от ядра, тем точек берут меньше - плотность меняется слабо и число точек в дальних областях уменьшают. У Вас unpruned grid, т.е. используются все m*n точки. В некоторых случаях они не влезают в память. Может это?
В Х.-Ф. сетка не используется.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение Droog_Andrey » Сб сен 27, 2008 3:17 pm

Памяти 320 Mb - ИМХО более чем достаточно для 333 базисных функций, тем более в D3h.
2^74207281-1 is prime!

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение VTur » Сб сен 27, 2008 5:19 pm

В DFT есть шаг, когда электронная плотность моделируется сеткой точек. По ней и вычисляется функционал. Предварительно идет расчет Х.Ф., там используются орбитали.
После отстоя требуйте долива

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение o-oxhem » Сб сен 27, 2008 10:47 pm

Droog_Andrey писал(а):Собственно, сталкивался с этой проблемой и раньше, но всегда решалась она подбором подходящего Guess.

Но вот считаю [ReH9]2-, и гауссиан выдаёт такую ошибку при попытке использовать DFT. Проблема, я так понимаю, из-за того, что для рения - слишком уж он большой - нету оптимизированной сетки:
Defaulting to unpruned grid for atomic number 75.
Spurious integrated density or basis function:
NE= 86 NElCor= 0 El error=4.55D-05 rel=5.30D-07 Tolerance=1.00D-03
Shell 3 absolute error=8.68D-01 Tolerance=1.20D-02
Shell 3 signed error=8.68D-01 Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
В то же самое время HF считает нормально: http://www.primefan.ru/stuff/chem/reh9.rar

Хотелось бы разобраться...
Мне, впрочем как и Gaussian, не нравится базисный набор UGBS.
Наверное, необходимо добавить поляризационных функций.
Кроме того, для Н атома 6-311G** или 6-311++G**. Чего именно Вы ожидали при применении 6-311+G**? 6-311G** или 6-311++G**?

Итак, Вашу проблему можно обойти.

Я добавил в скрипт: 6D 10F IOP(3/47=28)
Условия тестирования: функционал bpw91. Стартовал с Вашего .chk-файла
При тестировании дождался 2 шага оптимизации геометрии

Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000671 0.000450 NO
RMS Force 0.000248 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.004338 0.001800 NO
RMS Displacement 0.002013 0.001200 NO


Spurious integrated density or basis function: появлялось, но процесс не обрывался.

ps Наверное, имеет смысл не забыть сделать релятивистскую коррекцию.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2700
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение Droog_Andrey » Ср окт 01, 2008 4:08 pm

o-oxhem писал(а):Мне, впрочем как и Gaussian, не нравится базисный набор UGBS.
Наверное, необходимо добавить поляризационных функций.
Собственно, для рения не так уж и велик выбор. Можно, впрочем, поставить UGBS1P.
o-oxhem писал(а):Кроме того, для Н атома 6-311G** или 6-311++G**. Чего именно Вы ожидали при применении 6-311+G**? 6-311G** или 6-311++G**?
Упс, два плюса надо было ставить, конечно. Проглядел.
o-oxhem писал(а):Итак, Вашу проблему можно обойти.

Я добавил в скрипт: 6D 10F IOP(3/47=28)
Вот, теперь понятно. Иопы - хорошая штука.

Пробую...
o-oxhem писал(а):ps Наверное, имеет смысл не забыть сделать релятивистскую коррекцию.
Попробую так и так.

Спасибо за помощь!
2^74207281-1 is prime!

PWRD
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Сб апр 05, 2008 5:20 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение PWRD » Пт ноя 28, 2008 11:26 am

для оптимизации (pbe1) комплекса с W и Sn мне помогло добавление 6d 10f и IOP
но частоты колебаний вообще не считает
запустил отдельно freq в результате выдет форму интенсивность, но нет самой частоты, вместо нее *****
кто знает, в чем трабл?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение VTur » Пт ноя 28, 2008 1:06 pm

Ну выложите *.out файл.
После отстоя требуйте долива

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение o-oxhem » Пт ноя 28, 2008 1:12 pm

PWRD писал(а):для оптимизации (pbe1) комплекса с W и Sn мне помогло добавление 6d 10f и IOP
но частоты колебаний вообще не считает
запустил отдельно freq в результате выдет форму интенсивность, но нет самой частоты, вместо нее *****
кто знает, в чем трабл?
Вообще появление ***** значит, что частота за пределами пятизначной величины.
причины бывают разные: например, очень "плохой" базисный набор и тд

но нужны поснения:
1) уточните : оптимизация сошлась?
2) пытались ли начать оптимизацию с обнаруженной стационарной точки без IOP ?
3) какой именно IOP добавляли ? Тот что указан выше ?

PWRD
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Сб апр 05, 2008 5:20 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение PWRD » Пт ноя 28, 2008 6:16 pm

o-oxhem писал(а): но нужны поснения:
1) уточните : оптимизация сошлась?
2) пытались ли начать оптимизацию с обнаруженной стационарной точки без IOP ?
3) какой именно IOP добавляли ? Тот что указан выше ?
выкладываю файл с расчетом частот молекулы Sn4Me10,
в этом расчете проблема один в один что и с W+Sn, и те же параметры были использованы

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение o-oxhem » Пт ноя 28, 2008 6:24 pm

PWRD писал(а): выкладываю файл с расчетом частот молекулы Sn4Me10,
в этом расчете проблема один в один что и с W+Sn, и те же параметры были использованы
где он (файл) ?

PWRD
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Сб апр 05, 2008 5:20 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение PWRD » Вт дек 02, 2008 12:01 pm

o-oxhem писал(а):
PWRD писал(а): выкладываю файл с расчетом частот молекулы Sn4Me10,
в этом расчете проблема один в один что и с W+Sn, и те же параметры были использованы
где он (файл) ?
собственно http://ifolder.ru/9347226
у меня глюк с форумом не аттачит файл (IE7)

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение o-oxhem » Вт дек 02, 2008 2:09 pm

PWRD писал(а): где он (файл) ?
собственно http://ifolder.ru/9347226
у меня глюк с форумом не аттачит файл (IE7)[/quote]

Это не глюк форума - это его настройка. Для обмена файлами с расширением, отличающимся от .txt pdf, существует

Код: Выделить всё

_hBBp://exchange.chemport.ru/
Рекомендую в rar (туда же job-file)

Первое, что хотелось бы сказать (вернее повторить) - не забываем поляризационные функции ("скупой платит дважды" и тех. возможности Вам позволяют это сделать) - без них силовые постоянные будут иметь завышенные зачения (может быть выйдут из интервала значений)

Итак, UGBS1P - оптимизируем + частоты, после этого UGBS2P - оптимизируем + частоты.
Сначала с IOP, потом без него.

Что получится - расскажете.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение VTur » Вт дек 02, 2008 11:46 pm

Для дважды ионизированного ReH9 метод/базис HF/UGBS работает нормально, всего 43 орбитали
Точность расчета энергии: -6.719567D-15
Среднеквадратичная ошибка в элементах матрицы плотности равна 4.218e-009 а.е.
Среднеквадратичная ошибка градиента (сил) равна 7.490e-009 а.е./бор

Для нейтрального Sn4Me10 метод/базис pbe1pbe/UGBS расчет не сходится по энергии, 145 орбиталей
Точность расчета энергии: -3.176464D-03
Среднеквадратичная ошибка в элементах матрицы плотности равна 1.480e-09 а.е.
Среднеквадратичная ошибка градиента (сил) равна 2.887e-06 а.е./бор

Базис нужно увеличивать в разы! Для такого количества занятых орбиталей и получения отдаленно похожих частот должны быть взяты g и h функции. Ну и см. совет o-oxhem - обязательно включение поляризационных и диффузных.
После отстоя требуйте долива

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение o-oxhem » Ср дек 03, 2008 12:11 am

Иначе говоря - scf(xqc,maxcycle=512,tight)

PWRD
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Сб апр 05, 2008 5:20 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение PWRD » Пн дек 15, 2008 10:40 am

спасибо за помощь
расчет у меня просто мрет - не сходится SCF
1700 функций это многова-то для моей машины, базиc увеличивать уже не куда
дело с gaussian безнадежное, а жаль,
на основе гессиана в формате gaussian дальше рассчитывается распределение потенциальной
энергии (PED) по естественным колебательным координатам

похоже частоты для Sn4Me10 может только Priroda посчитать

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение o-oxhem » Пн дек 15, 2008 1:46 pm

PWRD писал(а):спасибо за помощь
расчет у меня просто мрет - не сходится SCF
1700 функций это многова-то для моей машины, базиc увеличивать уже не куда
дело с gaussian безнадежное, а жаль,
на основе гессиана в формате gaussian дальше рассчитывается распределение потенциальной
энергии (PED) по естественным колебательным координатам

похоже частоты для Sn4Me10 может только Priroda посчитать

Вообще в нормальных кв.-хим. лаб. на PC устанавливают 8Гб оперативной памяти.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Гауссиан: Spurious integrated density or basis function

Сообщение VTur » Пн дек 15, 2008 7:38 pm

Тогда для Me10 хороший большой потенциал, а для Sn4 подбирайте ЕСР.
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей