Морокумовская декомпозиция

[N_A_B]

Граждане-товарищи. А кто-либо из вас проводил рассчеты разложения энергии взаимодействия молекул алгоритмом Морокумы в PC GAMESS?
Расскажете про подводные камни сего занятия?

[Rt19]

Подводных камней особенно нет, за исключением достаточно бедного набора методов, для которых она работает. Рекомендую попробовать SAPT - достаточно сильная и современная процедура.

[N_A_B]

Если всё просто, тогда подскажите- где моя ошибка:
$contrl scftyp=rhf exetyp=run runtyp=morokuma icharg=-3 $end
$system timlim=10000 memory=40000000 $end
$BASIS GBASIS=pm3 $END
$morokm iatm(1)=137 ICHM(1)=-3 $END
$DATA

Проверял отдельно- да, 137 атомов- имеют заряд -3, следующая молкула 0.
А при попытке посчитать выдает:
TOTAL NUMBER OF ELECTRONS IN SUPER MOLECULE IS NOT EQUAL TO THE SUM OF THOSE IN MONOMERS

В чем мой косяк?
Если надо- могу привести файл ввода целиком.
Заранее спасибо.

[Nord]

А какие слова Вам непонятны: сказано же, что сумма чисел электронов во фрагментах не совпадает с общим числом электронов в молекуле.

И сразу напоминание о граблях, на которые часто встают: фрагменты не могут быть радикалами (с открытыми оболочками), только с закрытыми.

[N_A_B]

Слова то понятны..
А вот как сделать так, что бы этих слов не было:)
Возможно глаз "замылился", и я что-то простое не вижу..ошибку у себя.
Возможно я не прав, но задание такого рассчета я понимаю так:
Ввел колличество атомов в мономерах, ввел заряды мономеров. Ввел-если нужно- дополнительные условия.

[Rt19]

Покажите весь файл
(чтобы не сорить тут, лучше в обменник)

[N_A_B]

Прикрепил.
Первые 137 атомов- это 3 учатка полипептида. в сумме заряд -3
Остальные 45- углевод.
И еще- можно ли будет еще и ионы в этот рассчет ввести?
Заранее спасибо

[N_A_B]

Хм. еще раз прикрепляю.

[Rt19]

Конкретно Ваша ошибка - следствие того, что в PM3 учитываются
только валентные электроны, и только они суммируются в коде
при вычислении заряда системы.

А в целом - PM3 с Морокумой использовать скорее всего не получится.
Возьмите другой базис.

[N_A_B]

Так.
С колличеством атомов разобрался.
Теперь SCF не сходится( для отдельных частей-сходится).
Вопрос: можно ли объединять несколько молекул в один фрагмент? Или каждый фрагмент должен включать не более одной молекулы?
Заранее спасибо.

[N_A_B]

забыл написать- попробовал базис 3-21G(для начала), для отработки самого процесса...

[Rt19]

Вопрос: можно ли объединять несколько молекул в один фрагмент?

Можно.

[Rt19]

upd: Уточнил у более компетентных коллег.

Морокумовскую декомпозицию для PM3 нельзя делать В ПРИНЦИПЕ!

[N_A_B]

А более компетентные коллеги не знают, как боротся с плохой сходимостью SCF?
Для QMMM подходы ясны- передвигать граничные свяни..а вот для декомпозиции...у меня опыта совсем нет.

[Rt19]

Мало входных данных.

Алгоритм сходимости менять пробовали?
Генерацию стартовых орбиталей менять пробовали?

[N_A_B]

генерация стартовых орбиталей-как понимаю задается ключом:
GUESS = HUCKEL. Какие еще, кроме Хюккелевсокго приближения, лучше использовать?HCORE?
Алгоритм сходимости- как понимаю, в группе $STATPT - следует "поиграться" ключом METHOD?
Или еще какие можно менять?
Спасибо вам за подсказки. Буду пытаться.
Ps- SAPT -Symmetry-Adapted Perturbation Theory? Посмотрю и ее. Спасибо.

[Rt19]

Обычно на хюккелевских орбиталях сходятся лучше,
но иногда приближение голых ядер дает хорошие стартовые орбитали.

$STATPT = STATionary PoinT. И ключи в нем соответственно задают параметры
поиска стационарной точки. А Вам нужно менять ключи сходимости ССП,
то есть $SCF. К примеру
$SCF DIIS=.F. SOSCF=.T. $END

SAPT - да, правильно.

[ypy]

rrrrr.txt

Здравствуйте! У меня возникла проблема с Морокумовской декомпозицией. Взял простую электронейтральную пару основ РНК и запустил декомпозицию в Firefly на уровне теории rhf/6-31g. В результате программа выдает ошибку
MOROKUMA ANALYSIS DOES NOT APPLY SYMMETRY OPERATION

TOTAL NUMBER OF ELECTRONS IN SUPER MOLECULE IS NOT EQUAL TO THE SUM OF THOSE IN MONOMERS

IF YOU HAVE USED SYMMETRY UNIQUE INPUT, USE C1 SYMMETRY INSTEAD

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 135.02%

197442 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED

WARNING! YOU ARE USING OUTDATED VERSION OF THE FIREFLY!
PLEASE CHECK FIREFLY HOMEPAGE FOR INFORMATION ON UPDATES!

EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED ABNORMALLY AT 16:31:08 LT 13-NOV-2011

В приложении - input-файл для Firefly. Буду очень благодарен, если кто-то мне укажет на источник ошибки. И еще вопрос: можно ли использовать разложение Морокумы для DFT и MP2?