Гляделка-крутилка для Gaussian output

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Гляделка-крутилка для Gaussian output

Сообщение pH<7 » Чт янв 31, 2008 1:59 am

Мне приспичило немножко посчитать, но нечем смотреть результаты. Мне нужны углы и электронные плотности. Идеально подходит Chemcraft, но кончился триал. :shuffle:

Добавлю, что есть программа OpenBabel - конвертор между всеми возможными форматами... только по его мнению OUT файл G98/G03 имеет расширение .g98... хотя через неё можно прогонять координаты, переводить в формат который Chem3D понимает, например .mol2.

PyMol якобы открывает .out, но что-то я ничего не увидел там.

Jmol какой-то ущербный.
Carpe diem

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт янв 31, 2008 2:16 am

тебя спасёт ChemCraft Lite
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Чт янв 31, 2008 2:36 am

С трудом... его урезали долго и мучительно...
Carpe diem

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт янв 31, 2008 2:53 am

это да, прям хоть памятник ставь за такой труд
зато под линуксом запускается через wine

опять же, купить ChemCraft не так уж дорого ;)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт янв 31, 2008 2:56 am

ага, 600 р.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Чт янв 31, 2008 7:45 am

Могу дать программульку, с помощью не можно крутить-вертеть, считать расстояния, углы, торс.углы. Вот только плотности нельзя.

Upd. Ээ, хотя ChemCraft Lite наверное все это умеет...

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Сообщение alxyppv » Чт янв 31, 2008 11:43 am

попробуйте molekel, может поможет. А вообще GaussView :)
А.П.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Чт янв 31, 2008 12:33 pm

ViewMol3D бесплатная
По визуализаторам: http://www.qchem.ru/f/index.php?topic=8.0

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Чт янв 31, 2008 5:35 pm

Я так понимаю, что у Вас есть Chem3D. Тогда превратите выходной файл *.chk в *.fck утилитой FormChk (поставляется вместе с Гауссианом) и смотрите в Chem3D. Но электронные плотности и орбитали будут только в виде оболочек. Сечения я рассматриваю в MolDen'е. Он открывает *.out файлы.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Пт фев 01, 2008 7:50 am

VTur писал(а):Сечения я рассматриваю в MolDen'е. Он открывает *.out файлы.
Я тоже пользуюсь молденом. Он очень многое умеет. Оперативно добавляется поддержка свежих версий гауссиана, гамесса и др. К тому же, для меня очень важно, что молден может показывать на картинке расчетные химические сдвиги каждого атома (если его немного хакнуть).

Рекомендовал бы его, если бы не одно но. У молдена жуткий интерфейс. Не интуитивный совершенно. Это не страшно, если постоянно им пользуешься. Привыкаешь. Но если попользовался, а потом забыл, где что, то приходится снова разбираться.

Для запуска молдена под виндами нужно сначала установить и запустить Х-сервер. Например, Xming - бесплатный и беспроблемный.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Пт фев 01, 2008 4:15 pm

amge писал(а):Я тоже пользуюсь молденом. Он очень многое умеет. Оперативно добавляется поддержка свежих версий гауссиана, гамесса и др.
А что там добавлять? Формат вывода что-ли меняется? Да ничего в плане вывода геометрических параметр/энергий не меняется.

А хим.сдвиги можно и по номерам атомов посмотреть.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Пт фев 01, 2008 5:00 pm

EvgeniX писал(а):А что там добавлять? Формат вывода что-ли меняется? Да ничего в плане вывода геометрических параметр/энергий не меняется.
Ну, может, для конкретно этого и не меняется, но вообще - меняется, конечно. Не так давно мне говорили, что старый молден перестал понимать что-то там про орбитали у нового гамесса. В случае Природы (хотя ее то молден не понимает) знаю точно, т.к. сам разбирал форматы выдачи версий 2, 4 и 6.
EvgeniX писал(а):А хим.сдвиги можно и по номерам атомов посмотреть.
Можно, конечно. А еще можно рисовать на миллиметровке проекции молекул по xyz-координатам и таким образом вообще обойтись без вьювера. Только удобно ли это?

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8535
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Сообщение ИСН » Пт фев 01, 2008 5:34 pm

amge писал(а):А еще можно рисовать на миллиметровке
На ангстремовке. :lol:

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Пт фев 01, 2008 7:21 pm

В прошлом году, когда меня студенты достали разговорами про дубовость интерфейсов для гамесса, сказал "Задание такое-то, самим скачать гамесс и рассчитать!" Думал, поленятся сделать и отстанут. Из 15 человек четверо скачали гамесс, дали друзьям и принесли на зачёт. Зачет поставил, но гамессы оказались разными и данные давали различные!

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Сб фев 02, 2008 10:15 pm

VTur писал(а): Зачет поставил, но гамессы оказались разными и данные давали различные!
Одни и те же методы должны давать в разных программах одни и те же значения, до некоторого знака (который обрубается при округлении до экспериментально-значимого значения).

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Сб фев 02, 2008 10:19 pm

amge писал(а):В случае Природы (хотя ее то молден не понимает) знаю точно, т.к. сам разбирал форматы выдачи версий 2, 4 и 6.
Сам разбирал %)
Опять же, вывод геометрии и энергий не меняется (сам писал скрипты для выдёргивания z-матрицы и преобразования, работает на всех версиях; а визуализатор QCC Front-End, написанный ещё для 2-й природы читающий геометрию из декартовых координат также работает и с 6-й версией, правда формат изменился в последней версии).
А то, что стало выводиться больше, так визуализаторы большинство данных не используют и не будут использовать (и для обработки этих данных применять визуализаторы несколько странно).

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Вс фев 03, 2008 9:00 pm

EvgeniX писал(а):
VTur писал(а): Зачет поставил, но гамессы оказались разными и данные давали различные!
Одни и те же методы должны давать в разных программах одни и те же значения, до некоторого знака (который обрубается при округлении до экспериментально-значимого значения).
Раньше сам так думал.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Пн фев 04, 2008 8:41 am

EvgeniX писал(а):Опять же, вывод геометрии и энергий не меняется
С этим я не спорю.
EvgeniX писал(а):... правда формат изменился в последней версии
И рад, что Вы согласны с тем, что изменения формата в следующих версиях программ все же бывают. Мы почти достигли согласия.
EvgeniX писал(а):А то, что стало выводиться больше, так визуализаторы большинство данных не используют и не будут использовать (и для обработки этих данных применять визуализаторы несколько странно).
Попробую убедить Вас в том, что кроме геометрии и графика энергии, есть еще много чего, что стоило бы визуализировать, и что формат представления этого "чего" иногда меняется. Например, возьмет такие необходимые (IMHO) вещи, как анимация колебаний и картинка ИК-спектра. Тот же фронтенд к Природе-2, если бы умел это показывать (может, и умеет, я просто не знаю), возможно, не смог бы работать со следующими версиями Природы, т.к. формат гессиана в последних изменился (по крайней мере, сама Природа-2 не понимает гессиан из Природы-4,6).

Другой пример, иллюстрирующий, что не всегда в более свежих версиях выводится больше, иногда полезные данные исчезают. Например, полный градиент после очередного шага оптимизации геометрии, который перестал печататься в Природе-6. Жаль, по градиенту иногда можно оценить, когда оптимизация закончится. (PS Если здесь я не прав, сообщите, пожалуйста, буду признателен).

Еще одно свойство, которое необходимо визуализировать - это вид орбиталей. В подтверждение того, что это необходимо, кроме моего IMHO, позвольте привести цитату из мануала Гамесса:
The best advice is, before you even start:
"Look at the orbitals."
"Then, look at the orbitals again".
Later, if you have any trouble:
"Look at the orbitals some more".
Few people are able to see the orbital shapes in the LCAO
matrix in a log file, and so need a visualization program
... хотя я таких не встречал
Формат представления орбиталей сложнее формата геометрии, и с ним часто бывают траблы (например, см. выше про Гамесс-молден).

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Вт фев 05, 2008 12:05 pm

amge писал(а):как анимация колебаний
QCC FE для 2-природы умеет колебания всех версий природы показывать. Но иногда несколько странно (приходится рукам удалять ряд строк и всё начинает показывать) %)

Rusia
Сообщения: 190
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm

Сообщение Rusia » Пт фев 08, 2008 12:55 am

Выкладываю СТАРУЮ, не урезанную кемкрафт лайт версию- её ничего не надо, только она как-то уступает новой версии, а вообще, купить её очень дёшево. (за такие возможности+ вы живёте в СНГ)

ещё использую изредка для преобразования геометрией fabio.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя