Всем привет. Задача такая: нужно сгенерировать структуру кристалла дигидрида кислорода, он же - лёд Ih. Как известно, атомы кислорода в нём находятся на своих кристаллографических позициях, а протоны расположены хаотично - так, что суммарный дипольный момент нулевой.
Во всех статьях по теме пишут, что "структуры были сгенерированы согласно правилам Бернала-Фаулера(-Полинга)", но руками это делать долго. Спрашивается, как это можно сделать автоматически.
P.S. Особенно приветствуются решения для случая TIP5P и GROMACS
Заголовок исправлен. Darth Vasya, 
amik Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.