Error termination in NtrErr (in MP2)
Error termination in NtrErr (in MP2)
Доброй ночи дорогие форумчане. Подскажите, пожалуйста, по какой причине может выходить эта ошибка "Error termination in NtrErr"? Еще выскакивает сообщение "... ошибка 2070". Система: нитрат анион в окружении 2-х молекул MSM. Симметрия системы - C2v.
Вот некоторые данные о проведении расчета.
%nprocshared=8
%mem=1GB
# opt freq mp2/6-311g(d,p) scf=qc geom=connectivity
Symbolic Z-matrix:
Charge = -1 Multiplicity = 1
H -1.88302 -0.72175 -1.49422
O -5.12059 0.2871 -0.01998
O -3.89798 -2.13235 0.01588
S -3.76898 -0.54873 -0.00085
C -2.69698 -0.00551 1.42973
C -2.69878 -0.0041 -1.42911
H -2.87664 1.06124 1.55218
H -1.66049 -0.16787 1.12572
H -3.01173 -0.59243 2.29182
H -3.33417 0.00422 -2.31369
H -2.29316 0.97055 -1.15449
O 0.00162 0.15307 0.02106
O -1.11272 2.19197 -0.02419
O 1.19046 2.14635 0.02921
N 0.02967 1.51794 0.00805
H 3.10326 -0.49887 2.31651
O 5.1702 0.1296 -0.01439
O 3.7089 -2.15423 -0.01597
S 3.74169 -0.56556 -0.00631
C 2.7209 0.06729 -1.43533
C 2.74369 0.04998 1.44669
H 3.07921 -0.45564 -2.32144
H 2.87834 1.1418 -1.4812
H 1.67932 -0.1406 -1.1862
H 2.91924 1.12051 1.51549
H 1.69667 -0.13602 1.20287
Выходной файл (формата out) заканчивается следующей информацией.
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 67072 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 20480
End 67072
End1 67072
Wr Pntr 20480
Rd Pntr 20480
Length 46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.
Вот некоторые данные о проведении расчета.
%nprocshared=8
%mem=1GB
# opt freq mp2/6-311g(d,p) scf=qc geom=connectivity
Symbolic Z-matrix:
Charge = -1 Multiplicity = 1
H -1.88302 -0.72175 -1.49422
O -5.12059 0.2871 -0.01998
O -3.89798 -2.13235 0.01588
S -3.76898 -0.54873 -0.00085
C -2.69698 -0.00551 1.42973
C -2.69878 -0.0041 -1.42911
H -2.87664 1.06124 1.55218
H -1.66049 -0.16787 1.12572
H -3.01173 -0.59243 2.29182
H -3.33417 0.00422 -2.31369
H -2.29316 0.97055 -1.15449
O 0.00162 0.15307 0.02106
O -1.11272 2.19197 -0.02419
O 1.19046 2.14635 0.02921
N 0.02967 1.51794 0.00805
H 3.10326 -0.49887 2.31651
O 5.1702 0.1296 -0.01439
O 3.7089 -2.15423 -0.01597
S 3.74169 -0.56556 -0.00631
C 2.7209 0.06729 -1.43533
C 2.74369 0.04998 1.44669
H 3.07921 -0.45564 -2.32144
H 2.87834 1.1418 -1.4812
H 1.67932 -0.1406 -1.1862
H 2.91924 1.12051 1.51549
H 1.69667 -0.13602 1.20287
Выходной файл (формата out) заканчивается следующей информацией.
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 67072 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 20480
End 67072
End1 67072
Wr Pntr 20480
Rd Pntr 20480
Length 46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
А информация о связях для geom=connectivity во входном файле присутствует?
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Лучше прилагать и инпут и аутпут. Пока информации мало а воспроизвести мне сейчас негде.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Приложенные координаты - не C2v, а C1. Для C2v метил С-20 нужно довернуть.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Только метил С-6 и немного С-5
И непонятно при чем там Z-matrix.
Но собственно симметрия в инпуте не анонсирована, так что причиной ошибки это не должно быть.
И зачем там qc?
И непонятно при чем там Z-matrix.
Но собственно симметрия в инпуте не анонсирована, так что причиной ошибки это не должно быть.
И зачем там qc?
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Да, С-6, конечно (и куда я смотрел?)
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Добрый вечер! Не ожидал, что Вы так быстро откликнитесь.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Вложил входной файл в формате .txt
Если не сложно посмотрите, пожалуйста.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Вот эти файлы в формате txt.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Z-matrix
Использовал опцию qc (scf=qc) т.к. без нее в предыдущих расчетах выходила аналогичная ошибка.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Нет. Он пытается (иногда не сильно и пытается) удержать текущую группу симметрии, но гарантированно ее не повышает.
Тут он по всему аутпуту пишет:
Framework group C1[X(C4H12NO7S2)]
Deg. of freedom 72
Full point group C1 NOp 1
Largest Abelian subgroup C1 NOp 1
Largest concise Abelian subgroup C1 NOp 1
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
А, дык все относительно просто:
Ошибка там "Internal consistency error detected in FileIO for unit"...
Что согласно гуглу означает "Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes."
Я не уверен что это можно обойти на 32-битной системе.
Кстати расчет то почти завершился, осталось буквально чуть-чуть.
Ну как минимум есть оптимизированная геометрия, с которой осталось вымучать частоты. Возможно отказ от расчета рамана (Freq=NoRaman) сократит потребности расчета достаточным образом. Плюс сокращение от симметрии. Я бы начал именно с этого.
В списко ключей надо
вместо Freq вписать Freq=Noraman,
вместо # - #P - будет более подробный аутпут. Очень помогает понять что происходит когда результат не соответствует ожиданиям.
вместо qc - xqc - я не вижу причин зачем тут Ньютон-Рафсон, но даже если да - то надо дать шанс нормальному алгоритму. Это будет быстрее.
опция geom=connectivity и список связей в конце инпута бесполезен, используемый метод (MP2) не оперирует понятием связи.
Ошибка там "Internal consistency error detected in FileIO for unit"...
Что согласно гуглу означает "Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes."
Я не уверен что это можно обойти на 32-битной системе.
Кстати расчет то почти завершился, осталось буквально чуть-чуть.
Ну как минимум есть оптимизированная геометрия, с которой осталось вымучать частоты. Возможно отказ от расчета рамана (Freq=NoRaman) сократит потребности расчета достаточным образом. Плюс сокращение от симметрии. Я бы начал именно с этого.
Вот вам симметризованная геометрия, гауссиан должен ее опознать как C2v, и если повезет остаться в ней до конца оптимизации.H 1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
O 5.047650831 0.000000000 0.215120919
O 3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S 3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C 2.846051995 1.398610147 -0.051258130
C 2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
H 2.709757031 1.354677722 1.014278105
H 1.888473214 1.346792988 -0.537342218
H 3.408288680 2.272417096 -0.354969205
H 3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H 2.709757031 -1.354677722 1.014278105
O 0.000000000 0.000000000 0.266356066
O 1.087648503 0.000000000 2.161345052
O -1.087648503 0.000000000 2.161345052
N 0.000000000 0.000000000 1.536813697
H -3.408288680 2.272417096 -0.354969205
O -5.047650831 0.000000000 0.215120919
O -3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S -3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C -2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
C -2.846051995 1.398610147 -0.051258130
H -3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H -2.709757031 -1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
H -2.709757031 1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 1.346792988 -0.537342218
В списко ключей надо
вместо Freq вписать Freq=Noraman,
вместо # - #P - будет более подробный аутпут. Очень помогает понять что происходит когда результат не соответствует ожиданиям.
вместо qc - xqc - я не вижу причин зачем тут Ньютон-Рафсон, но даже если да - то надо дать шанс нормальному алгоритму. Это будет быстрее.
опция geom=connectivity и список связей в конце инпута бесполезен, используемый метод (MP2) не оперирует понятием связи.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
При нехватке памяти советую оптимизацию и частоты считать поэтапно.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Возможно я чего то не понимаю, но "не поэтапно" это как? Сначала заканчивается оптимизация и очень хочется верить что все ее модули полностью выгружаются из памяти, после чего стартуют частоты. Я чего-то не учитываю?
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
--Link1--
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Добрый день!
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Вроде все сделал по вашим рекомендациям, но ошибка все же выходит. Если не затруднит, может быть еще раз загляните в приложенные файлы.Гесс писал(а): ↑Ср май 27, 2020 9:55 pmА, дык все относительно просто:
Ошибка там "Internal consistency error detected in FileIO for unit"...
Что согласно гуглу означает "Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes."
Я не уверен что это можно обойти на 32-битной системе.
Кстати расчет то почти завершился, осталось буквально чуть-чуть.
Ну как минимум есть оптимизированная геометрия, с которой осталось вымучать частоты. Возможно отказ от расчета рамана (Freq=NoRaman) сократит потребности расчета достаточным образом. Плюс сокращение от симметрии. Я бы начал именно с этого.Вот вам симметризованная геометрия, гауссиан должен ее опознать как C2v, и если повезет остаться в ней до конца оптимизации.H 1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
O 5.047650831 0.000000000 0.215120919
O 3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S 3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C 2.846051995 1.398610147 -0.051258130
C 2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
H 2.709757031 1.354677722 1.014278105
H 1.888473214 1.346792988 -0.537342218
H 3.408288680 2.272417096 -0.354969205
H 3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H 2.709757031 -1.354677722 1.014278105
O 0.000000000 0.000000000 0.266356066
O 1.087648503 0.000000000 2.161345052
O -1.087648503 0.000000000 2.161345052
N 0.000000000 0.000000000 1.536813697
H -3.408288680 2.272417096 -0.354969205
O -5.047650831 0.000000000 0.215120919
O -3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S -3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C -2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
C -2.846051995 1.398610147 -0.051258130
H -3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H -2.709757031 -1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
H -2.709757031 1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 1.346792988 -0.537342218
В списко ключей надо
вместо Freq вписать Freq=Noraman,
вместо # - #P - будет более подробный аутпут. Очень помогает понять что происходит когда результат не соответствует ожиданиям.
вместо qc - xqc - я не вижу причин зачем тут Ньютон-Рафсон, но даже если да - то надо дать шанс нормальному алгоритму. Это будет быстрее.
опция geom=connectivity и список связей в конце инпута бесполезен, используемый метод (MP2) не оперирует понятием связи.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Ну ошибка та же что и была. Я по прежнему считаю что это проблема 32битной системы. Использованные ухищрения не уменьшили задачу настолько чтоб она влезла в позволенную память.
Re: Error termination in NtrErr (in MP2)
Указал 16GB (%mem=16GB), неужели это мало?
Так у меня 64битная ОС.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 21 гость