Rule of Five properties & ADMET properties calculation s

[chemist]

Интересно какими программами по структурной формуле молекулы вычисляют физические свойства, определяющие ее биологическую активность:
Rule of Five properties (cLogP, ROTBONDS, HACCEPTORS, HDONORS, N_O)
и
ADMET properties:
CNS - The predicted central nervous system activity on a -2 (inactive) to +2 (active) scale
LogSw - The predicted logarithm of the aqueous solubility (mol/l)
SW - Solubility in water (mg/l)
Caco-2 - The predicted apparent Caco-2 cell permeability in nm/sec - Boehringer-Ingelheim scale
LogBB - The predicted logarithm of the brain/blood partition coefficient
FA - Fraction Absorbed
tPSA - Topological Polar Surface Area
pKa - Acid-base ionization constant
FSOB - Fraction of Single Bonds

[eukar]

Именно программами? Или алгоритмами?
ACDшные программы позволяют прилично рассчитывать физхимические свойства - pKa, logP, растворимость. ChemOffice имеет в своем составе утилиту для расчета плотности, температуры и энтальпии испарения, что-то еще, не помню точно, что. Не ради агитации, а ради справедливости - точности офиса никогда не доверял и не доверяю. А вот ACD (проверено и практикой) дает адекватные результаты.
А алгоритмы - больше, чем в хелпе написано, вряд ли кто-то расскажет. Даже если я программистов начну расспрашивать...

[chemist]

Именно программами? Или алгоритмами?
ACDшные программы позволяют прилично рассчитывать физхимические свойства - pKa, logP, растворимость. ChemOffice имеет в своем составе утилиту для расчета плотности, температуры и энтальпии испарения, что-то еще, не помню точно, что. Не ради агитации, а ради справедливости - точности офиса никогда не доверял и не доверяю. А вот ACD (проверено и практикой) дает адекватные результаты.
А алгоритмы - больше, чем в хелпе написано, вряд ли кто-то расскажет. Даже если я программистов начну расспрашивать...

Вообще-то этот вопрос (о расчете биоактивности по структурной формуле) так или иначе неоднократно поднимался на форуме, см., например:
http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?t=673
http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?t=970
http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?t=909

То, что вычисляют АСД и ХемОффис - маловато будет ;-(.

Я обращал внимание общественности на FILTER:
http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?t=2525
Но они хотят $10K, причем отмалчиваются насчет триала.
Конечно, можно нечаянно позаимствовать у них расчетные процедуры, тем более (сами же говорят), что они описаны в статьях:
#Rule of 5:
Lipinski, C, et al., Adv.Drug Deliv. Rev., 23:3, 1997.
#General Filtering:
Oprea, T., JCAMD 14:251-264, 2000.
#XLogP:
Wang, R, Ying, Fu, & Lai, Luhua, J.Chem. Inf. Comput. Sci., 37:615-621, 1997.
#Polar Surface Area
Peter Ertl, Bernhard Rohde, & Paul Slzer, J. Med. Chem. 43:3714-3717, 2000.
David E. Clark, Journal of Pharmaceutical Sciences, 88(8):807-814, 1999.

Но м.б. все-таки появилось что-нибудь похожее у достопочтенной публики, а то так не хочется заниматься маразмом в расцвете сил

[Cherep]

ACD и Chemoffice идут лесом.

SYBYL имеет много полезных функций. К сожалению, я его не щупал, а достать не так просто.

[Marxist]

А зачем нужны программы для вычисления Rule of Five? По-моему, это правило для того и придумано, чтоб не пользоваться никакими сложными программами... К тому же, рисуя молекулу в том же ACD или Sybyl'е, можно в процессе оценить все эти параметры.
Вот со всем остальным сложнее...

[Cherep]

А у вас Sybyl есть?
Наверное для баз в несколько сотен тысяч структур лучше напрячь компьютер...

[Marxist]

Насколько мне известно (шеф как-то говорил), Tripos предоставляет бесплатную лицензию на Sybyl на месяц (типа попробовать, пощупать...). Но надо с Tripos контачить.
Сам я такими его возможностями не пользовался, поэтому не знаю, есть ли они у нас (что маловероятно) и есть ли они в природе (что, скорее всего, так -- спектр возможностей Sybyl'а почти безграничен, плати -- и будет тебе счастье). Возможно, на просторах интернета лежат бесплатные программы, которые могут то же самое. Но пока я не занимался скринингом баз и не могу рассуждать достаточно компетентно.