Кэпирование аминогрупп

[Polychemist]

Тема слегка молекулярно-биологическая, но это чистая органика. Проблема: кэпировать, то есть задавить до потери основности, первичные аминогруппы на поверхности, к которой за часть этих аминогрупп пришиты олигонуклеотиды. Ограничение: реакции должны проводится в водной или преимущественно водной среде (ангидрид в пиридине не пойдет, подложка крякнет), рН 4-10 (лучше 5-9), при этом не должны развалиться олигонуклеотиды и на них ничего не должно сесть. Вариант с кислотами и растворимым карбодиимидом делается, но м.б. возможно что-то еще?

[Andrei]

Полагаю, что нужно не только лишить основности аминогуппы, но и гидрофильность поверхности сохранить. Пожалуйста, вот простая и гениальная идея: в сухом аценитриле смешиваете карбонилдиимидазол с небольшим избытком целлозольва, выдерживаете несколько часов (а лучше на ночь), потом разбавляете всё это водой и наливаете на поверхность с алифатическими аминогруппами и олигонуклеотидами, снова выдерживаете и промываете водой. Аминогруппы удавятся.

[Polychemist]

Полагаю, что нужно не только лишить основности аминогуппы, но и гидрофильность поверхности сохранить. Пожалуйста, вот простая и гениальная идея: в сухом аценитриле смешиваете карбонилдиимидазол с небольшим избытком целлозольва, выдерживаете несколько часов (а лучше на ночь), потом разбавляете всё это водой и наливаете на поверхность с алифатическими аминогруппами и олигонуклеотидами, снова выдерживаете и промываете водой. Аминогруппы удавятся.

Огромное спасибо за быструю реакцию и ценную идею! В принципе на свойства поверхности по большому счету плевать, лишь бы олиги не перекрылись. Как я понимаю, вместо целлозольва пойдет и первичный алкиламин?

[Andrei]

... Как я понимаю, вместо целлозольва пойдет и первичный алкиламин?

Амин не подойдёт, он скорее сам в мочевину преватится. И если и получится из него имидозольное производное, то его активность будет не ахти. Подойдёт любой первичный спирт. Или вторичный, только его дольше нужно будет "активировать".

[Polychemist]

Ясно. Спасибо.

[Andrei]

И ещё, если спирт будет гидрофобный, то ImCO2R не будет растворяться в воде. А реакцию лучше вести в воде, иначе гидрофильные олиги сами слипнутся с поверхностью и воспрепятствуют проникновению реагентов к аминогруппам. Вот почему я подумал о каком-нибудь целлозольве - как-никак гидрофильный спирт.

[Polychemist]

Вода однозначно, собственно обычно эти вещи делают укс. ангидридом в органике, но органика нам никак. В общем, будем пробовать, наверное и метанол/этанол пойдут, растворим же этилимидазол в воде без проблем.

[Максим]

Будете удивлены, но уксусный ангидрид живет заметное время в виде водного раствора. У нас в институте занимались ацетилированием аминокислот в воде - и получалось ведь! Поэтому можно по-быстрому замешать уксусный ангидрид в воде и насыпать туда носителя с амино-группами.
С другой стороны, можно еще утварить какую-нибудь дорогую химию - взять водный раствор сульфо-N-гидроксисукцинимидилацетата и смешать с носителем. Поскольку это активированный эфир, то он конечно же должен закэпировать амино-группы.