Смещение двойной связи

[chronos377]

Какой оси? И какой опоры? Вы хотите пришить этот циклопентадиен второй оставшейся двойной связью к подложке что ли?

К аминокислоте. Двойную связь при этом необходимо сохранить для равномерного вращения заместителей. Все это будет встроено в белок.

[ChemNavigator]

А почему Вы решили что Ваша молекула будет вращаться, и причём равномерно? И какое отношение имеет к этому двойная связь?

[chronos377]

А почему Вы решили что Ваша молекула будет вращаться, и причём равномерно? И какое отношение имеет к этому двойная связь?

Двойная связь определяет геометрию. Лишь бы была возможность вращения, а крутиться мы её заставим

[ChemNavigator]

Вместе с белком?

[chronos377]

Нет. Именно молекулу.

[ChemNavigator]

К аминокислоте. Двойную связь при этом необходимо сохранить для равномерного вращения заместителей. Все это будет встроено в белок.

Двойная связь к вращению отношения не имеет. Если фрагмент надо пришить к аминокислоте, причём с сохранением двойной связи, то зачем нужна двойная связь? Никакую особую геометрию она не определяет. Вместо циклопентадиена можно присоединить к тетразамещённому диену (если Вы его получите), например, N-замещённый малеимид (с остатком соответствующей аминокислоты).
Т.е. как я понимаю Вам нужен каркас в форме квадратной пирамиды:

В которой к вершине присоединяется остаток аминокислоты, а 4 заместителя в "основаниях" пирамиды можно было бы заменить на остатки азотистых оснований. Кстати, Вы так и не объяснили, почему их нельзя присоединить через азот, так будет проще синтезировать.

[chronos377]

Да. Вы все правильно поняли. Спасибо Вам большое за рекомендации. Структура ДНК-синтетазы в которую будет помещена данная молекула не позволяет использовать геометрию в которой азотистые основания прикреплены через азот. Весь комплекс, который планируется туда засунуть будет перекрывать те самые заветные сайты "считывания". Если крепить основания не по азоту, такого не произойдет.

[ChemNavigator]

В молекулах азотистых оснований несколько атомов азота, одни из которых участвуют в образовании "комплементарных" связей (и должны быть свободны). Другие атомы азота находятся "с другой стороны" молекулы, и в этом не участвуют - через них азотистые основания привязываются к молекулам сахарофосфата. Почему нельзя использовать эти атомы азота для привязки Вашего каркаса?

[chronos377]

В молекулах азотистых оснований несколько атомов азота, одни из которых участвуют в образовании "комплементарных" связей (и должны быть свободны). Другие атомы азота находятся "с другой стороны" молекулы, и в этом не участвуют - через них азотистые основания привязываются к молекулам сахарофосфата. Почему нельзя использовать эти атомы азота для привязки Вашего каркаса?

Если сравнивать с Вашим рисунком, каркас будет расположен на месте сахарофосфатного остова. Он будет заменять и сахар и фосфат(если сравнивать с Вашим рисунком) Его ось будет параллельна самой ДНК направлению 3 - 5 либо 5 - 3. В этом случае основания прикрепленные через азот, по аналогии с их положением в нуклеотидах и ДНК, будут направлены не в ту сторону. Если это сделать через углеродные атомы такого не произойдет.

[chronos377]

Может я конечно что-то не знаю, но 3D структуры этих молекул говорят именно за углеродное крепление

[ChemNavigator]

Они будут смотреть "не в ту сторону" если основание "каркаса" имеет строение аналогичное сахарофосфату на рисунке (тетрагидрофурановый/циклопентановый цикл). Если цикл с 4 заместителями будет полностью плоским (фуран, бензол, циклопентадиен и т.д.), то азотистые основание, даже связанные через азот, развернутся примерно на 50-60 градусов.

[chronos377]

Вся проблема в том, что плоским он не будет. Если взять бензол. Точка фиксации к аминокислоте будет точно по центру кольца. Из-за этого надо брать циклы что-нибудь типа циклогексадиена или дигидропиразина. Их присоединять к пятичленному циклу, этот цикл к аминокислоте. После присоединения к пятичленному циклу молекула цикла с заместителями будет похожа по геометрии на норборнан (если грубо сравнивать). Только вместо мостикового углерода там будет пятичленный цикл. Такая геометрия вроде соответствует гибридизации углеродов в структуре. Или я не прав?