пептидные связи с длинными хвостами

[Zord]

Попробуйте, забавная штука, быстро и чисто работает, вдруг получится!

[Upstream]

>Замешиваете все вместе-кислоту, амин, затем сыпете CDI и в общем то все, выделяете продукт...
>Попробуйте, забавная штука, быстро и чисто работает, вдруг получится!

Думаю, что иммунологи-биохимики именно так и делают. И спят спокойно, пребывая в полной уверенности, что эта вешч чисто работает. Но, согласитесь, коллега Zord, нам, химикам-ортодоксам, так думать не пристало!
Для чистого протекания конденсации с in situ активацией в одном корыте должно выполняться как минимум 1 условие: активатор не должен проявлять интерес к аминокомпоненте. Считают, что такими свойствами обладают DEPC, DPPA, карбодиимиды (с оговорками). Долгое время таковыми считали BOP (Castro' reagent) & PyBOP, пока недавно не засекли побочные иминофосфораны. Кто б сомневался - я вообще не верю, что такой активатор-однолюб существует. Все они бисексуалы. А эта зараза CDI окучит всё что шевелится, он даже используется для генерирования изоцианатов, а уж дать мочевину с двумя молями...
Короче: моё кредо - активировать in situ только когда альтернатива невозможна, что бывает крайне редко. Ещё я хорошо знаю одну старую работу в JACS (или JOC), где CDI использовали для активации бокового карбоксила глутаминовой к-ты для циклизации во внутренний остаток пироглутаминой к-ты (N-ациллактам). Из этого несожно заключить, что у Макса будет доминировать кинетически контролируемый аспартимид.
И наконец я осознал, что напрасно пытаюсь придумать как его избежать. Это ведь удобный активированный интермедиат на пути к целевому термодинамичеки контролируемому диамиду (это только для пептидного синтеза он смерти подобен!).

Окончательный план, Макс, таков:
Boc-Asp(OH)-OH + 1eq DCC-->Boc-Asp-anhydrid + 1(!) R-NH2--> [Boc-Asp(NHR)-OH + Boc-Asp(OH)-NHR] + 1 eq DCC --> Boc-Asu(R)
Последний аспартимид или аминосукцинимид (поэтому - Asu) выделяешь в максимально чистом виде и греешь его слегка со вторым эквивалентом амина, который раскрывает цикл с образованием чистого целевого продукта!
Аминь!

[maks]

попробую и так
и вообще по всякому, тут уж дело пошло на принцип, для биологов это один вариант из, но я заинтересовался однако
и никто не поверит но уже в час дня первого числа замешал это дело с HOBT
завтра планирую попробовать и с замыканием в ангидрид
очистить от мочевины фильтрованием , что нибудь еще хитрое имеется ввиду перед добавлением второго эквивалента амина ?
а почему греть слегка ,вроде все подводние камни уходят? рацемизация не волнует, я могу и посильнее если что

[А.Мюллер]

Макс, у меня была похожая хня. У меня был официальный шеф аспирантуры, а ещё был и фактический. И каждый, чертя свои каракули на промокашке, приговаривал:

-Только не слушай этого дурака (дуру).


В конце-концов выжил, забив болт на обоих ( но, при этом, сохранив к ним обоим безграничное уважение. Так бывает).

[Upstream]

>что нибудь еще хитрое имеется ввиду перед добавлением второго эквивалента амина ?
а почему греть слегка ,вроде все подводние камни уходят? рацемизация не волнует, я могу и посильнее если что
Макс: Там ещё обязано быть некоторое количество N-ацилмочевины, в которую частично изомеризуется её О-изомер, когда не находит отзывчивого партнёра.
А сильно греть просто нет необходимости. С пиперидином раскрытие цикла идёт при комнатной.

2Muller: Коллега, возьмите на вооружение:
Wise men learn more from fools than fools from the wise. /Cato the Elder/
I had never meet a man who is so ignorant from whom I can't learn something in my life. /Galileo/

[maks]

I had never meet a man who is so ignorant from whom I can't learn something in my life. /Galileo/

забавно , такое есть на иврите в виде рифмованной поговорки

получил продукт (по Мюллеру , аморфный , но паршиво растворимый во всем) ни спектр снять , а если оно плохо ионизируется - то это обьяняет что в Масс ,который мне более доступен ничего не видать практически, кроме следов амина
бухну ка я кусочек этого дела в трифторуксусную , биологам BOC ни к чему , а он может растворимый станет в воде - что им и надо

[maks]

но, при этом, сохранив к ним обоим безграничное уважение. Так бывает

to Muller :
это говорит что оба были людьми дельными и что Вы благодарный человек
оффтопп у меня тоже было 2 шефа , один сегодня приснился ,бывает же такое

[nikkochem]

Когда начинал работу на поприще пептидов мне был интересен механизм реакции с DCC. Нашел такое описание - на "первом этапе двойная связь в R-C=N=C-R атакуется протоном " т.е атакуется кислотой.

ага , тогда вопрос пептидоделитанта
а почему этот продукт не получается всегда припептидном синтезе когда встречаются ДЦК и амин ?
гидрохлоридов не было

В гидрохлоридах аминов азот заряжен положительно и является слабой кислотой, он способен атаковать ДЦК.
В случае пептидного синтеза кроме амина и ДЦК применяют основание (например триэтиламин) и поэтому на азоте первичного амина нет заряда.

[Upstream]

>получил продукт (по Мюллеру , аморфный , но паршиво растворимый во всем) ни спектр снять , а если оно плохо ионизируется - то это обьяняет что в Масс ,который мне более доступен ничего не видать практически, кроме следов амина
Такие штуки имеет смысл анализировать только после Вос-деблокирования. А растворять их и до и после нужно в 20-30% трифторэтаноле-ДХМ или метанол-хлороформ (1:1) + 1-5% уксусной. И в этом же растворе непосредственно впрыскивать в камеруESI MS! На обращенной фазе они могут засесть намертво, часто липопетидные химеры удаётся смыть только системой метанол-хлороформ-вода (2:2:1) + 1-5% уксусной. В этой же системе их можно гонять на сефадексе LH-20.

>В случае пептидного синтеза кроме амина и ДЦК применяют основание (например триэтиламин) и поэтому на азоте первичного амина нет заряда.
Просто создаётся равновесная система, которая в норме необратимо скатывается к целевому продукту и протонированному третичному амину. Метилморфолин как минимум на порядок слабее аминокомпоненты, но работает.

[maks]

Eсть, получился ,однако , собака !!!, в метанол-хлороформе подкисленном все как коллега Upstream прописал ,MW= 736 пока еще с BOC
Upstream , Muller и всем помогавшим советaми огромное спасибо, поиду сгонять BOC