Заместители в бензольном кольце с точки зрения медхимии

[Cherep]

Но допустим мы вообще ничего не знаем про мишень - это для нас черный ящик.

Не знают они либо вообще трёхмерной структуры.
Либо даже механизм действия, то есть саму мишень.

[Marxist]

Коллеги, я правильно понял, что вы предполагаете, что между лигандом и рецептором обязательно должна произойти какая-то реакция?

Как раз реакции-то предсказать обычно легко, а вот нековалентное связывание -- тяжелее.

Если знаем активный центр исходной молекулы, на котором пойдет реакция, можно прикинуть области распределения заряда на гипотетическом реагенте в месте реакции.

Повторяю особо. Не знаем. Какая ещё реакция там должна пойти?

На счет стерических затруднений. Из В.д.В. радиусов для радикалов часто следует обратное.

Пример?

А как Вы быстро оцениваете области распределения заряда?

Из атомных зарядов. Большего там не требуется.

[VTur]

На счет стерических затруднений. Из В.д.В. радиусов для радикалов часто следует обратное.

Пример?

Объемы атомов с радикальным центром (например, С с отщеплённым водородом) больше, чем объемы атома с вместе с водородом. (Объём H2С(рад)>H3C)

А как Вы быстро оцениваете области распределения заряда?

Из атомных зарядов. Большего там не требуется.

Каких зарядов? как посчитанных? Точечных на ядрах?

[Marxist]

Объемы атомов с радикальным центром (например, С с отщеплённым водородом) больше, чем объемы атома с вместе с водородом. (Объём H2С(рад)>H3C)

В задачах медицинской химии не встречаются углеродные радикалы.

Каких зарядов? как посчитанных? Точечных на ядрах?

Разумеется. Вот вам пример

[VTur]

Объемы атомов с радикальным центром (например, С с отщеплённым водородом) больше, чем объемы атома с вместе с водородом. (Объём H2С(рад)>H3C)

В задачах медицинской химии не встречаются углеродные радикалы.

Каких зарядов? как посчитанных? Точечных на ядрах?

Разумеется. Вот вам пример

Картинка красивая, однако помните, зарядов на атомах по Малликену, Лёвдину и натуральных зарядов в природе не существует. Это обманка. Артефакты теории Хартри-Фока.

[Marxist]

Картинка красивая, однако помните, зарядов на атомах по Малликену, Лёвдину и натуральных зарядов в природе не существует. Это обманка. Артефакты теории Хартри-Фока.

Да уж плавали, знаем сами разрабатываем зарядовые схемы хотя и от использования чужих не отказываемся

[Ahha]

Картинка красивая, однако помните, зарядов на атомах по Малликену, Лёвдину и натуральных зарядов в природе не существует. Это обманка. Артефакты теории Хартри-Фока.

Это так. Но в данном это не очень важно. Главное знать, где больше, где меньше, хотя бы грубое распределение +/-. Количественная оценка энергий взаимодействия все равно вычисляется по эмпирически калиброванным потенциалам. Так что, если "заряды" на лиганде и рецепторе вычислены в одинаковом приближении, этого уже достаточно.

[Marxist]

Так что, если "заряды" на лиганде и рецепторе вычислены в одинаковом приближении, этого уже достаточно.

Кстати, это не обязательно. Оценочную функцию можно параметризовать как угодно.

[VTur]

Картинка красивая, однако помните, зарядов на атомах по Малликену, Лёвдину и натуральных зарядов в природе не существует. Это обманка. Артефакты теории Хартри-Фока.

Это так. Но в данном это не очень важно. Главное знать, где больше, где меньше, хотя бы грубое распределение +/-. Количественная оценка энергий взаимодействия все равно вычисляется по эмпирически калиброванным потенциалам. Так что, если "заряды" на лиганде и рецепторе вычислены в одинаковом приближении, этого уже достаточно.

Изменение базиса в Малликене, может привести к смене знака заряда (и дипольного момента). Для натуральных орбиталей есть целая куча заморочек (физическая несостоятельность). Для меня существуют только два вида зарядов: по Бейдеру и по Чиословскому.