gaussian конформационный поиск

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Гесс » Пт авг 20, 2021 8:16 pm

Я о GMMX в курсе не был, на сервере при загрузке модуля гауссиана не появляется ничего интересного, а при загрузке модуля гаусвью появляется набор связанных с ним скритов типа gv_cubegen.sh gv_cubman.sh gv_formchk.sh gv_freqchk.sh и др, и вот среди них gv_gmmx.sh присутствует, но если gv_cubegen.sh работает как положено кубгену, то gv_gmmx.sh вылетает со старта с "Cannot locate the GMMX utility."
Так что я не уверен является ли он частью гауссвью, но вот то что он не часть гауссиана я достаточно уверен.
Посмотрел видяшку где его используют https://www.youtube.com/watch?v=j2gmw4JCcP8, должен согласиться с
surius писал(а):
Пт янв 20, 2017 3:02 am
GMMX модуль, который ничего особенного не делает (ну то есть будем честными MMFF94 ни разу не рокет сайнс) стоит дополнительно 4К. *****, 4К - у меня слов нет *****

Drg
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Пн дек 18, 2006 2:10 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Drg » Пт авг 20, 2021 8:48 pm

Гесс писал(а):
Пт авг 20, 2021 8:16 pm
Я о GMMX в курсе не был, на сервере при загрузке модуля гауссиана не появляется ничего интересного, а при загрузке модуля гаусвью появляется набор связанных с ним скритов типа gv_cubegen.sh gv_cubman.sh gv_formchk.sh gv_freqchk.sh и др, и вот среди них gv_gmmx.sh присутствует, но если gv_cubegen.sh работает как положено кубгену, то gv_gmmx.sh вылетает со старта с "Cannot locate the GMMX utility."
Так что я не уверен является ли он частью гауссвью, но вот то что он не часть гауссиана я достаточно уверен.
Посмотрел видяшку где его используют https://www.youtube.com/watch?v=j2gmw4JCcP8, должен согласиться с
surius писал(а):
Пт янв 20, 2017 3:02 am
GMMX модуль, который ничего особенного не делает (ну то есть будем честными MMFF94 ни разу не рокет сайнс) стоит дополнительно 4К. *****, 4К - у меня слов нет *****
Насчет прайса на GMMX, то инфа уже устаревшая. Так на сайте годовую подписку (с поддержкой) на GMMX уже барыжат по цене GV6, а точнее за 2500 (а без поддержки таки должно меньше стоить). На сайте GMMX также выделен в отдельный продукт (наравне с G16 и GV6), что полагает его добавление в папку G16 и вызов его оттудова GV6 (ну а это полагает покупку GV6 к G16, ибо примеров команд без GV6 не видел). Касаемо MMFF94 в GMMX, то это метод по умолчанию, а их там несколько в списке. Кроме того (судя по видео) там формируется список из результатов упрощенной оптимизации для дальнейшего запуска оптимизации кандидатов в DFT (число одновременно рассчитываемых кандидатов выбирает пользователь для планирования времени расчета за одну сессию); а затем по результатам (после проверки в автоматическом режиме) отсеиваются совпадающие геометрии. В общем сей модуль таки не такой примитивный как выглядит на вскидку.

Ну и второй вопрос таки интересует. Это лучший бесплатный генератор конформеров на 2021, который настолько признан сообществом, что его можно указывать в статье в журнал - и это не вызовет протестов у рецензентов.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Гесс » Сб авг 21, 2021 1:56 am

Drg писал(а):
Пт авг 20, 2021 8:48 pm
Касаемо MMFF94 в GMMX, то это метод по умолчанию, а их там несколько в списке. Кроме того (судя по видео) там формируется список из результатов упрощенной оптимизации для дальнейшего запуска оптимизации кандидатов в DFT (число одновременно рассчитываемых кандидатов выбирает пользователь для планирования времени расчета за одну сессию); а затем по результатам (после проверки в автоматическом режиме) отсеиваются совпадающие геометрии. В общем сей модуль таки не такой примитивный как выглядит на вскидку.
Их я так понимаю 3 и все старье как у мамонта. У того же МОЕ 2014 около 9 полей! Где AMOEBA, GAFF и OPLS ? Сортировка по энергии и использование пачек конформеров это конечно удобненько, но это не о качестве и полноте поиска.

Balloon, RDKit, Openbabel, Confab, Frog2, Kaplan, CREST
Вообще предлагаю https://macsphere.mcmaster.ca/bitstream ... er_MSc.pdf в районе главы 2.1.2, таблицы 2.3 и всего раздела 2.3

Drg
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Пн дек 18, 2006 2:10 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Drg » Сб авг 21, 2021 12:02 pm

Гесс писал(а):
Сб авг 21, 2021 1:56 am
Drg писал(а):
Пт авг 20, 2021 8:48 pm
Касаемо MMFF94 в GMMX, то это метод по умолчанию, а их там несколько в списке. Кроме того (судя по видео) там формируется список из результатов упрощенной оптимизации для дальнейшего запуска оптимизации кандидатов в DFT (число одновременно рассчитываемых кандидатов выбирает пользователь для планирования времени расчета за одну сессию); а затем по результатам (после проверки в автоматическом режиме) отсеиваются совпадающие геометрии. В общем сей модуль таки не такой примитивный как выглядит на вскидку.
Их я так понимаю 3 и все старье как у мамонта. У того же МОЕ 2014 около 9 полей! Где AMOEBA, GAFF и OPLS ? Сортировка по энергии и использование пачек конформеров это конечно удобненько, но это не о качестве и полноте поиска.

Balloon, RDKit, Openbabel, Confab, Frog2, Kaplan, CREST
Вообще предлагаю https://macsphere.mcmaster.ca/bitstream ... er_MSc.pdf в районе главы 2.1.2, таблицы 2.3 и всего раздела 2.3
Спасибо. Буду изучать. Занятно, что ранее тут упомянутый Avogadro критикуется в пособии аж почти с первых строк. Я так понял, что пакета, который приемлемо может выдать folded варианты конформеров с подозрением на водородную связь между соответствующими атомами разных групп (для последующего уточнения) среди бесплатных хорошего и нет.
Посему интересно, а если среди платных и признанных пакетов достойные варианты с академической лицензией до 1000 ну или 1500 (но чтоб удобно и хорошо) ? Например я нашел платный пакет CORINA, и его даже хвалят. Только вот они как-то даже ценник публично не светят у себя на сайте. Сколько таки стоит CORINA, и есть ли тут его тестировавшие?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 7:20 am

Drg писал(а):
Пт авг 20, 2021 8:48 pm
Ну и второй вопрос таки интересует. Это лучший бесплатный генератор конформеров на 2021, который настолько признан сообществом, что его можно указывать в статье в журнал - и это не вызовет протестов у рецензентов.
"RDKit is generally considered to be the best free tool for conformer searching in the literature." Это цитата из ссылки, которую дал Гесс. Сам я не пользуюсь, поскольку не дружу с питоном, но, возможно, так оно и есть. По крайней мере, RDKit непременный участник всех тестов генераторов конформеров, что говорит о его популярности, и он активно развивается.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 7:27 am

Drg писал(а):
Пт авг 20, 2021 6:27 pm
Господа, прошло достаточно много времени, чтобы многое поменялось; и можно было вновь обсудить тему поиска конформеров с учетом обновок (включая обновления в Gaussian) - однако 6 лет прошло с последнего поста.
Я стараюсь отслеживать ситуацию и пробовать новинки. Они есть, но, по, моему, ничего достойного.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 8:23 am

Drg писал(а):
Сб авг 21, 2021 12:02 pm
Занятно, что ранее тут упомянутый Avogadro критикуется в пособии аж почти с первых строк. Я так понял, что пакета, который приемлемо может выдать folded варианты конформеров с подозрением на водородную связь между соответствующими атомами разных групп (для последующего уточнения) среди бесплатных хорошего и нет.
Ну почему же. Есть. ММ хорошего уровня (тот же MMFF94) вполне адекватно воспроизводит водородную связь. Но это точно не Avogadro, поскольку он пользуется бабелем, о тот не ищет конформеры по водородам. А, например, Tinker scan /MMFF94 нормально работает с водородными связями.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 8:54 am

Drg писал(а):
Сб авг 21, 2021 12:02 pm
Посему интересно, а если среди платных и признанных пакетов достойные варианты
Например, MOE. Благодаря Гессу имел возможность оценить. Очень даже.
Насчет CORINA. Не пробовал, но настораживает отчетливая направленность на биоинформатику - в этой области приветствуется скорость и жертвуется тщательностью. Например, тоже все хвалят OMEGA. Вот ее удалось протестировать - на моей тестовой задачке (12-краун-4) выдала десяток конформеров вместо 100+. Но ОЧЕНЬ быстро.
Это я к тому, что прежде чем покупать коммерческий пакет, желательно его самому попробовать.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 9:50 am

Гесс писал(а):
Сб авг 21, 2021 1:56 am
Вообще предлагаю https://macsphere.mcmaster.ca/bitstream ... er_MSc.pdf в районе главы 2.1.2, таблицы 2.3 и всего раздела 2.3
Спасибо за ссылку!

Кстати, обратил внимание, что в этом сравненении генераторов конформеров, как и во множестве других отсутствует Tinker scan. Это заговор молчания какой-то. Между тем, по моему мнению и объективно, Tinker один из лучших, если не самый лучший из свободных.

Drg
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Пн дек 18, 2006 2:10 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Drg » Пн авг 23, 2021 11:15 am

amge писал(а):
Пн авг 23, 2021 8:54 am
Drg писал(а):
Сб авг 21, 2021 12:02 pm
Посему интересно, а если среди платных и признанных пакетов достойные варианты
Например, MOE. Благодаря Гессу имел возможность оценить. Очень даже.
Насчет CORINA. Не пробовал, но настораживает отчетливая направленность на биоинформатику - в этой области приветствуется скорость и жертвуется тщательностью. Например, тоже все хвалят OMEGA. Вот ее удалось протестировать - на моей тестовой задачке (12-краун-4) выдала десяток конформеров вместо 100+. Но ОЧЕНЬ быстро.
Это я к тому, что прежде чем покупать коммерческий пакет, желательно его самому попробовать.
Вчера поэкспериментировал с Balloon. Не большие изменения в настройках приводят к увеличению числа найденных конформеров в два раза. Причем повтор вычислений при одних и тех же настройках может выдавать число найденных конформеров с отличием в 30% (впрочем это понятно при его алгоритме). Один раз даже умудрился "продеть хвост" сквозь кольцо. Вариаций с водородными связями нашел в три раза меньше, чем я ручками (хотя наплодил Balloon более 1000 вариантов). В общем я к тому, что может настройки позволяют менять тщательность и в платных пакетах.
Кстати, при прочтении форума на тему конформеров увидел утверждения типа: "... затем берем первые 20 с наименьшей энергией". Господа, для растворов это ни о чем. Там нужна не просто энергия, а энергия Гиббса. Таким образом, порядок следования по энергии в случае Гиббса может, да еще и после к-м оптимизации (как правило) вообще изменится; и в число с меньшей энергией Гиббса могут попасть варианты, которые находятся в 1000 вариантов просто по энергии. Это особенно проявляется для folded конфигураций с водородной связью и значительной дисперсионной составляющей. В частности, практически все динамические расчеты сегодня по упрощенным потенциалам (модельным, на лету и т.д.) в растворах дают практически полное не согласие с экспериментом по доли folded конформеров от общего числа.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 1:53 pm

Drg писал(а):
Пн авг 23, 2021 11:15 am
В общем я к тому, что может настройки позволяют менять тщательность и в платных пакетах.
Наверное так (в какой-то мере). Хотя в случае с OMEGA мне не удалось достичь результата Tinker'a. И с Balloon'ом тоже. Последний мне не понравился еще и тем, что он ни в каком виде не выдает энергии, допускает дубли и не оптимизирует геометрии конформеров (при оптимизации дублей становится больше).
Drg писал(а):
Пн авг 23, 2021 11:15 am
Кстати, при прочтении форума на тему конформеров увидел утверждения типа: "... затем берем первые 20 с наименьшей энергией". Господа, для растворов это ни о чем. Там нужна не просто энергия, а энергия Гиббса. Таким образом, порядок следования по энергии в случае Гиббса может, да еще и после к-м оптимизации (как правило) вообще изменится; и в число с меньшей энергией Гиббса могут попасть варианты, которые находятся в 1000 вариантов просто по энергии. Это особенно проявляется для folded конфигураций с водородной связью и значительной дисперсионной составляющей. В частности, практически все динамические расчеты сегодня по упрощенным потенциалам (модельным, на лету и т.д.) в растворах дают практически полное не согласие с экспериментом по доли folded конформеров от общего числа.
Всё верно вы говорите. Но куда деваться, если генератор сгенерировал слишком много конформеров, чтобы все их считать на высоком уровне? (1000 - это еще по божески, а если 10-100 тыс.?) Поневоле нужно какие-то отсечки ставить. Кстати, отсечки (по energy window или по числу конформеров) в любом генераторе присутствуют изначально.

Drg
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Пн дек 18, 2006 2:10 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Drg » Пн авг 23, 2021 2:26 pm

amge писал(а):
Пн авг 23, 2021 1:53 pm
И с Balloon'ом тоже. Последний мне не понравился еще и тем, что он ни в каком виде не выдает энергии, допускает дубли и не оптимизирует геометрии конформеров (при оптимизации дублей становится больше).
Ну в той версии, что я скачал вчера Balloon пишет энергии в sdf файл под тэгом ( <energy> ) (в mol2 не пишет). Для меня не проблема - я привык писать свои парсеры и обработчики данных для всего на свете.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Пн авг 23, 2021 3:24 pm

Drg писал(а):
Пн авг 23, 2021 2:26 pm
Ну в той версии, что я скачал вчера Balloon пишет энергии в sdf файл под тэгом ( <energy> ) (в mol2 не пишет).
О! Спасибо за эту информацию. Сам я не подумал туда глянуть.

Попробовал сейчас еще Balloon --noGA. Совсем швах: он выдал запрошенные 200 конформеров 12-краун-4, но из них уникальных оказалось только 92, а после оптимизации MMFF94 - лишь 28. Но надо отдать Balloon'у должное - наиболее стабильный конформер этого крауна он всегда находит (это получается отнюдь не у всех генераторов).

Drg
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Пн дек 18, 2006 2:10 pm

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение Drg » Чт авг 26, 2021 10:34 am

amge писал(а):
Пн авг 23, 2021 8:23 am
А, например, Tinker scan /MMFF94 нормально работает с водородными связями.
А в каком из обсуждаемых бесплатных пакетов хорошо реализован настраиваемый поиск только по указанным пользователям связям? Например, в осуждаемом тут платном GMMX можно прямо в GV6 ткнуть мышкой на нужные связи - и вариации конформеров будут рассматриваться только с варьированием этих связей. Это важно. Например, я нашел к-м расчетом водородные связи в одной части молекулы, а теперь хочу посмотреть вариативность в удаленной от этого места цепи. В общем случае поиска (при не к-м точности) и водородная связь потеряется скорей всего и порядок выдачи результатов будет не удобным. В Balloon я пока таких подробных настроек не обнаружил. Стоит ли в этом смысле изучать RDKit, есть ли в нем возможность в скрипте подробно описывать задачу и участки молекулы для поиска? Ну или другой пакет.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: gaussian конформационный поиск

Сообщение amge » Чт авг 26, 2021 11:22 am

Drg писал(а):
Чт авг 26, 2021 10:34 am
А в каком из обсуждаемых бесплатных пакетов хорошо реализован настраиваемый поиск только по указанным пользователям связям?
В Tinker scan можно разрешить или наоборот, запретить для вращения выбранные связи. Но не мышкой, конечно :). Про другие пакеты не знаю.

Вообще, Tinker scan ОЧЕНЬ хорош в смысле полноты и адекватности поиска конформеров. Я бы рекомендовал его, но он ОЧЕНЬ заморочный, без скриптовой обертки практически неюзабельный.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Metalian и 10 гостей