Природа
Природа
Здравствуйте,
Хотелось бы узнать о ограничениях на максимальное количество атомов и базисных функций в программе. Есть ли у кого-нибудь эти данные ?
Также был бы благодарен, если подскажите линк, по которой можно скачать сие чудо.
Хотелось бы узнать о ограничениях на максимальное количество атомов и базисных функций в программе. Есть ли у кого-нибудь эти данные ?
Также был бы благодарен, если подскажите линк, по которой можно скачать сие чудо.
No Pains, No Gains.
Re: Природа
Насколько я знаю, ограничений нет (кроме оперативки и др. hardware, конечно).Вик писал(а):Хотелось бы узнать о ограничениях на максимальное количество атомов и базисных функций в программе. Есть ли у кого-нибудь эти данные ?
Насчет скачать. Хотя программа и выложена автором в свободном доступе, обычно у него спрашивают разрешения, он и скажет, откуда скачать. Почтовый адрес Д. Лайкова laikov@physto.se
Re: Природа
Код: Выделить всё
http://www.physto.se/~laikov/p/
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Природа
А как обстоят дела с симметрией? Учитывается ли симметрия системы в расчётах, как определить симметрии орбиталей и т.д.? В документации по этому поводу ничего не нашёл...
2^74207281-1 is prime!
Re: Природа
К сожалению, нет. Все в С1. По моему, это главный недостаток "Природы". И вовсе не потому, что с учетом симметрии расчет быстрее. Он и так быстр (самое тяжелое, что мне приходилось считать (~70 углеродов, ~1700 базисных фенкций) -- несколько часов для оптимизации геометрии на однопроцессорном компьютере; гессиан таких молекул дольше, но в ночь укладывается, что тоже терпимо, если речь не идет о поиске переходных состояний, где эти гессианы нужно считать много раз. Отсутствие возможности наложить симметрию является недостатком прежде всего потому что эта возможность была бы чрезвычайно полезна для поиска переходных состояний.Droog_Andrey писал(а):А как обстоят дела с симметрией? Учитывается ли симметрия системы в расчётах, как определить симметрии орбиталей и т.д.? В документации по этому поводу ничего не нашёл...
Другой значимый для меня недостаток -- отсутствие многих интересных функционалов.
Базисов тоже немного, но это, как раз, ничего страшного, как мне кажется. Потому что стандартные природовские базисы серии L (аналоги cc-pVnZ) очень немаленькие, и за счет этого покрывается их возможное несовершенство (если оно есть).
Re: Природа
Пробежал глазами диссертацию Лайкова. Он придумал что-то среднее между неэмпирическими расчетами и полуэмпирическим. Часть обменных интегралов не рассчитывается (четырехцентровые), другая часть оценивается рекурентными формулами. Кулоновские и трехцентровые интегралы для удаленных ядер или зануляются или вычисляются с помощью мультипольного разложения. Из-за этого такая быстрота. За это пришлось заплатить перепараметризацией базисов - подгонять гауссовы базисы к своей программе (стандартные не идут). И не всякий функционал подойдет к таким расчетам.
Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Для работы с этой программой надо набивать руку - смотреть какие функционалы подходят и какие молекулы ей можно считать.
Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Для работы с этой программой надо набивать руку - смотреть какие функционалы подходят и какие молекулы ей можно считать.
После отстоя требуйте долива
Re: Природа
Эта программа и MP2 умеет считать. Активно использую.VTur писал(а):Пробежал глазами диссертацию Лайкова. Он придумал что-то среднее между неэмпирическими расчетами и полуэмпирическим. Часть обменных интегралов не рассчитывается (четырехцентровые), другая часть оценивается рекурентными формулами. Кулоновские и трехцентровые интегралы для удаленных ядер или зануляются или вычисляются с помощью мультипольного разложения. Из-за этого такая быстрота. За это пришлось заплатить перепараметризацией базисов - подгонять гауссовы базисы к своей программе (стандартные не идут). И не всякий функционал подойдет к таким расчетам.
Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Для работы с этой программой надо набивать руку - смотреть какие функционалы подходят и какие молекулы ей можно считать.
Правда по времени вроде как от гауссиана сильно не отличается (специально не сравнивал).
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Природа
Гмгмгм. То есть если у меня делокализация на полторы сотни атомов - Природа не покатит?VTur писал(а):Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
2^74207281-1 is prime!
Re: Природа
А какая ей разница, способ расчета интегралов от способа учета поправок не зависит.EvgeniX писал(а):Эта программа и MP2 умеет считать. Активно использую.
Правда по времени вроде как от гауссиана сильно не отличается (специально не сравнивал).
Вот и хотелось бы проверить. Но если делокализация слабая и в межъядерном пространстве нет серьезного накопления электронной плотности, то пройдет. Опять же подбирайте функционалы по похожим молекулам.Гмгмгм писал(а): То есть если у меня делокализация на полторы сотни атомов - Природа не покатит?
После отстоя требуйте долива
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Природа
То-то и оно, что в межъядерном...
Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
2^74207281-1 is prime!
Re: Природа
А могли бы EvgeniX и amge выложить работающие наборы метод/базис и типы молекул, на которых они работают? Возможно, какие-то будут похожи на Ваши.
После отстоя требуйте долива
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Природа
Может, лучше сравнить оба расчета с экспериментом? (Хотя понимаю, что это не путь истинного квантового химика )Droog_Andrey писал(а):Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
Re: Природа
У меня -- функционал PBE, базисы L1, 3z, L2 (в пределах этих базисов результат почти одинаков).VTur писал(а):А могли бы EvgeniX и amge выложить работающие наборы метод/базис и типы молекул, на которых они работают?
Объекты -- углеводороды и карбокатионы (самые разнообразные). Считаются от "отлично" до "хорошо" (геометрия, ППЭ, ЯМР, ИК). На некоторых легких моделях сравнивал с B3LYP/6311++G** и МP2/6311++G**, результат PBE/3z где-то между ними (ППЭ).
Пробовал моделировать полимеризацию этилена на цирконоцене (ППЭ) -- выглядит так же, как и в классических расчетных работах (после этого по крайней мере разобрался, что такое back и front insertion, alpha-agostic H, а то на картинках в журналах ничего не понятно ).
Еще немного считал N-оксиды (ППЭ, ЯМР) -- "удовлетворительно", фторированные карбокатионы (ЯМР) -- "плохо". Коллеги пробовали считать "Природой" фторированные катион и анион-радикалы (ППЭ) -- не понравилось, азотистые гетероциклы (ЯМР) -- довольны. Больше не вспомнил у нас каких-либо систематических проверок на совпадение с экспериментом, хотя отдельных случаев -- не перечислить.
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Природа
В том-то и дело, что экспериментально они не получены пока. По поводу одного из них я контачил с Крисом Ридом (Chris Reed) - он подтвердил отсутствие экспериментальных данных. Два остальных, хоть и больше, должны, по идее, легче сшиваться. Потом подробнее о них расскажуamge писал(а):Может, лучше сравнить оба расчета с экспериментом? (Хотя понимаю, что это не путь истинного квантового химика )Droog_Andrey писал(а):Впрочем, скоро (через недельку) выложу результаты обсчёта Гауссианом... можно будет пересчитать Природой и сравнить...
2^74207281-1 is prime!
Re: Природа
В ПРИРОДе (да и вроде в других программах) все DFT-функционалы занижают энергии мостиковых связей (вроде C-Al-C, H-Al-H, Zr-H-Al, Zr-Cl-Al и подобные). MP2/L2 вроде хорошо воспроизводит экспериментальные значения.VTur писал(а):А могли бы EvgeniX и amge выложить работающие наборы метод/базис и типы молекул, на которых они работают? Возможно, какие-то будут похожи на Ваши.
Расчётные значения ЯМР 13C для циклопентадиенильных колец (и их производных) в металлоценах получается выше на 3-7 м.д. (в среднем, как говорил выше amge, примерно 5 м.д.); ЯМР 1H ~ 0.1 м.д.
Для карбокатионов с бромом DFT-функционалы не смогли оптимизировать кое-какие структуры, зато оптимизировали каких нет (но тут и Gaussian то же самое выдал с B3LYP). MP2/L1 хорошо справился, дал энергетические характеристики практически такие же как MP2/L2
Re: Природа
У меня, кстати, тоже ароматические углероды стабильно на 5-7 м.д. завышены, другие меньше, но тоже завышены (если отсчиваться от ТМС). В конце концов я просто от сигмы ТМС вычел 5 м.д., и стало гораздо лучшеEvgeniX писал(а):Расчётные значения ЯМР 13C для циклопентадиенильных колец (и их производных) в металлоценах получается выше на 3-7 м.д. (в среднем, как говорил выше amge, примерно 5 м.д.); ЯМР 1H ~ 0.1 м.д.
P.S. Кстати, EvgeniX, а что с qchem.ru, не знаете?
Re: Природа
Сайт переезжает с одного хостинга на другой. В ближайшее время заработает.amge писал(а):P.S. Кстати, EvgeniX, а что с qchem.ru, не знаете?
Re: Природа
Здравствуйте!
Подскажите, пожалуйста, а как запускать оптимизацию молекул (только не смейтесь громко )?
p6.exe H2OHOH.df.b1.in H2OHOH.df.b1.out
а в файле .out мне и пишет:
node 0: 'god1'
System options:
Memory: 128 (128) MB
Disk: 1 GB '/tmp'
0: opening file /tmp/tmp2960.0
Что я не так делаю?
Подскажите, пожалуйста, а как запускать оптимизацию молекул (только не смейтесь громко )?
Оттуда все скачал, положил в одну папку (c:/priroda), запустил с командной строки:buraten писал(а):Код:
http://www.physto.se/~laikov/p/
p6.exe H2OHOH.df.b1.in H2OHOH.df.b1.out
а в файле .out мне и пишет:
node 0: 'god1'
System options:
Memory: 128 (128) MB
Disk: 1 GB '/tmp'
0: opening file /tmp/tmp2960.0
Что я не так делаю?
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 26 гостей