Note on PC GAMESS/Firefly related questions

вопросы строения молекул и квантовой химии
Mikhail_Lukanov
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Пн апр 05, 2021 11:16 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Mikhail_Lukanov » Ср апр 14, 2021 12:57 am

Добрый день!
Подскажите, пожалуйста, как мне быть. Недавно начал осваивать КХ-расчёты в программе Гамесс. И первой моей задачей стал конформационный анализ молекул. С z-матрицей не так всё просто и гладко, а циклические молекулы (да ещё, если несколько циклов, ухх...) вообще плохо в ней прописывать. Как быть? Работать в делокализованных координатах? Правда, ничего про них не слышал, встретил только здесь в форуме. И ещё скажите, пожалуйста, что значит уменьшить интегральную сетку. Т.е. сделать меньше шаг? Это тоже можно будет прописать в инпут-файле? Заранее спасибо!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Гесс » Ср апр 14, 2021 2:02 am

Как то всего много и кучно.
1) Конформационный анализ.
Конформеры получаются обычно из какого то генератора конформеров, и это точно не Гамесс. Смотреть например http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/
Если вы делаете конформеры вручную (что для циклических молекул имхо весьма неожиданный подход) то геометрии вы получите из визуализатора.
Гамесс делает квантовую часть. Мне неизвестно ни одного современного квантового софта который бы вел расчет по умолчанию в Z-matrix. Много какой софт поддерживает этот формат координат для задания геометрии, но перед расчетом создает набор внутренних координат (в случае предоставленной матрицы вполне вероятно просто дополняет ее до необходимого уровня).
Z-matrix это очень интересный инструмент когда речь идет о специфичной фиксации геометрии, но в случае глобальной оптимизации это практически всегда бесполезная трата времени. Дефолтным форматом гамесса являются декартовы координаты (по умолчанию уникальных атомов, но можно и PRINAXIS использовать и давать все атомы, либо считать все в C1, мне кажется сомнительным что циклические конформеры в массе своей высокосимметричны).
2) Интегральная сетка
См в мануале раздел "Grid Input". Обычно люди пользуются сетками Лебедева и не ищут приключений. Так что NRAD и NLEB.
Уменьшить тут скорее означает уменьшить количество точек, что приведет к противоположному эффекту - более редкой сетке и более грубой оценке плотности. Имеет смысл иногда в борьбе с проблемами сходимости.
3) А Гамесс - это обязательное условие? 15 лет назад - да, это был редкий бесплатный конкурент Гауссиана, с очень широким функционалом, так что ему можно было многое простить. Сейчас, лично мое мнение, это один из самых недружелюбных и запутанных кодов, а 95% его функционала доступны в намного более простом и быстром софте.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение amge » Ср апр 14, 2021 11:02 am

Mikhail_Lukanov писал(а):
Ср апр 14, 2021 12:57 am
И первой моей задачей стал конформационный анализ молекул.
В случае конформаций циклов Z-матрица мало поможет (и вообще, она по большей части пережиток прошлого). Надо генератор конформеров, их много разных. Правда, если нужны конформации циклов, то выбор резко сужается (имею в виду свободные генераторы, про коммерческие не знаю). Например, среди представленных в статье Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They? Balloon, Confab, Frog2, and RDKit у первых трёх с циклами проблемы, последний - не знаю, не пробовал. Если нужны циклы, то из того, что я сам пробовал могу рекомендовать tinker scan и crest. Tinker на основе ММ (разные силовые поля, но в силу некоторых причин реально только MMFF94, которое, впрочем, очень неплохое), crest - полуэмпирика (gfn2-xtb) или ММ (своё силовое поле). Tinker работает с циклами от семичленного и выше. Это систематический генератор, из известных мне дает наиболее полное конформационное пространство, но с ним много проблем, можно замаяться, прежде чем удастся первый раз запустить расчет. Crest - мол. динамика, поэтому пропустить некоторые конформеры для него естественно (отчасти это можно преодолеть повторными запусками того же инпута с последующим объединением конформационных ансамблей). Поскольку MD, циклы-нециклы ему без разницы. Существенное преимущество - очень легко запустить, достаточно дать в качестве параметра файл в формате XMol xyz (это наиболее распространенный и стандартный в квантовой химии формат).

Reginmaister
Сообщения: 22
Зарегистрирован: Пн дек 15, 2014 2:09 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Reginmaister » Чт сен 08, 2022 2:34 pm

Доброго времени суток!
Пытаюсь запустить FF под Ubuntu 18.04. Установил рекомендованные здесь
http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 807+00.htm
32-битные библиотеки, как советуют здесь
https://askubuntu.com/questions/522372/ ... lts-64-bit
и бинарник ./firefly820 ожил, но при попытке запуска пишет ошибку, начинающуюся с

Код: Выделить всё

Dump of registers follows

eax :: 0x00000004, edx :: 0x00000000
ecx :: 0xbff00000, ebx :: 0x00000006
esi :: 0x00000005, edi :: 0xf182fc4f
ebp :: 0xfffeb7f0, esp :: 0xfffeb5bc
eip :: 0xf0df0fc8, eflags :: 0x00010202
Совет отсюда:
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
с $smp call64=0 $end не решил мою проблему.

Буду очень благодарен, если кто-то сможет подсказать, в чём смысл этой ошибки, и как решить.

UPD.
Протестировал сейчас на разных процессорах. На Intel(R) Core(TM) i5-10600K под Ubuntu 18.04 все запустилось, тестовые файлы посчитались. Ошибка, описанная выше возникла на AMD Ryzen 9 5950X. При этом в разделе downloads на сайте FireFly я не нашел версии именно под процессоры линейки Ryzen. Может быть, у кого-то есть опыт запуска FF именно на AMD Ryzen?

UPD.
Оказалось, что дело в версии ядра Ubuntu 18.04. Помогла переустановка на Ubuntu 22.04 с kernel 5.15.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя