Приветствую! Правильно ли я понимаю, что использование докинга для улучшения лиганда 1 является сомнительной тратой времени, если отсутствует кристаллическая структура мишени с лигандом 1? Кто подстраивается сильнее (конформацией): "Лиганд к мишени или мишень к лиганду?" - в том смысле, что большая ли разница в использовании гибкого или деревянного докинга? В статьях, что читал по structure based drug design всегда приводились картинки с деревянным сайтом связывания (мертвым).
______________________
Актуальна ли разработка программного обеспечения, которое предлагает структуры, имеющие сродство к сайту связывания при условии, что пользователь сам выбирает сайт связывания?
Гипотетически, тяжело ли сделать такое и что брать за основу? - а если сделать, то кому предложить, как реализовать в жизни?
Есть ли на форуме люди, у которых есть конкретная задача (целевой синтез для сродства к мишени) вместе с таким инструментом, как рентген белка и лиганда?
К сожалению ни один человек, занимающийся подобным, не ответил на подобное электронное письмо.
Docking & fragment based drug design
Re: Docking & fragment based drug design
Докингом я всерьез никогда не занимался, но вот пара общих соображений:
Во-первых, мишень на то и мишень, что связывание с ней может вести к глобальной перестройке. Но тогда надо учитывать перестройку всего белка, и это делается в рамках молдинамического моделирования, что сразу исключает быстрый скрининг с перебором кучи лагандов. Литературы по такому моделированию море. Либо же можно решать упрощенную задачу - заморозить мишень, и тогда можно подключать быстрый перебор.
Во-вторых, поиск структур - ну, примерно этим занимаются значительная часть всяких химинформатиков и прочих дата саентистов в RnD почти всех фармгигантов. И там в ход идет все, от традиционных QSAR, молдинамики и машинлернинга (втч на тех самых базах с прорвой рентгеновских структур), до генеративного ИИ и чуть ли не до, прости хосспади, LLM последнее время.
То есть задача есть, занимаются этим с разных сторон десятки (или даже сотни) тысяч ученых. В целом не удивительно, что вам никто не ответил. Ваш замах на то, чтобы революционизировать эту область при отсутствии малейшего представления, что там вообще происходит - это довольно четкий для большинства профессионалов маркер, что лучше не связываться и не терять времени. Не зная вас, я не буду делать никаких предположений о ваших способностях сказать в этой науке новое слово, но, ммм, для начала стоит получше разобраться в матчасти. Сильно получше.
Во-первых, мишень на то и мишень, что связывание с ней может вести к глобальной перестройке. Но тогда надо учитывать перестройку всего белка, и это делается в рамках молдинамического моделирования, что сразу исключает быстрый скрининг с перебором кучи лагандов. Литературы по такому моделированию море. Либо же можно решать упрощенную задачу - заморозить мишень, и тогда можно подключать быстрый перебор.
Во-вторых, поиск структур - ну, примерно этим занимаются значительная часть всяких химинформатиков и прочих дата саентистов в RnD почти всех фармгигантов. И там в ход идет все, от традиционных QSAR, молдинамики и машинлернинга (втч на тех самых базах с прорвой рентгеновских структур), до генеративного ИИ и чуть ли не до, прости хосспади, LLM последнее время.
То есть задача есть, занимаются этим с разных сторон десятки (или даже сотни) тысяч ученых. В целом не удивительно, что вам никто не ответил. Ваш замах на то, чтобы революционизировать эту область при отсутствии малейшего представления, что там вообще происходит - это довольно четкий для большинства профессионалов маркер, что лучше не связываться и не терять времени. Не зная вас, я не буду делать никаких предположений о ваших способностях сказать в этой науке новое слово, но, ммм, для начала стоит получше разобраться в матчасти. Сильно получше.
Make quantum chemistry, not war
Re: Docking & fragment based drug design
да, любое предложение актуально. другое дело, выстрелит ли именно ваше - сомнительно, скорее всего нет. но вдруг вы гений.
вы сами что можете? как вариант, выложите ваше изделие тут. пользователи вам накидают, тогда исправите.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.
Re: Docking & fragment based drug design
Спасибо!Shorku писал(а): ↑Сб фев 10, 2024 12:36 pmВо-вторых, поиск структур - ну, примерно этим занимаются значительная часть всяких химинформатиков и прочих дата саентистов в RnD почти всех фармгигантов. И там в ход идет все, от традиционных QSAR, молдинамики и машинлернинга (втч на тех самых базах с прорвой рентгеновских структур), до генеративного ИИ и чуть ли не до, прости хосспади, LLM последнее время.
Код программного обеспечения разрабатывается программистами конторы по ключевым советам хемоинформатика/физика/структурного биолога?
Если создавать такой продукт или технологию - что лучше? - Веб-прилоение или локальное ПО?
"Голова, тело и ховст",- никто не знает когда они начинаются, когда заканчиваются...
Re: Docking & fragment based drug design
Re: Docking & fragment based drug design
Нашел две ссылки, последняя: 403 forbidden.
1): https://www.boltzmannmaps.com
2): http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/server/ACFIS2
Гипотетически, какие условия должны выполниться, чтобы приложение положительно взлетело? - Совпадения с лидерами (лиганды) по похожести 80-90 %? - это делается исскуственно.
Считаю, что структура на компьютере должна иметь реальный случай EC50, сопоставимый с лидерами. Прав ли я?
"Голова, тело и ховст",- никто не знает когда они начинаются, когда заканчиваются...
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей