Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Гесс » Вт фев 28, 2023 2:25 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт фев 28, 2023 1:43 pm
Гесс писал(а):
Вт фев 28, 2023 1:27 pm
Vit Nhoc писал(а):
Вт фев 28, 2023 1:21 pm
Там например строка 393 - связь между совсем далёкими атомами.
Про какую строку речь?
В файле carb.out, в строке 322 начинается таблица Redundant Internal Coordinates, и в строке 393 параметр N66, явно нефизичный.
или у нас разные файлы, или у нас разная нумерация.

У меня Redundant Internal Coordinates начинаются на 265 строке в строке 393 у меня
123. A(H 27,H 18,H 38) 113.0305 0.097819
я даже сделал grep -n "66" carb.out | head -70 но и так не вижу подобного параметра.

Код: Выделить всё

179:|  9> 1        3.667765000     -0.827002000      0.217440000
182:| 12> 8        1.241866000     -1.219620000      0.884070000
191:| 21> 1        1.447854000      2.464915000     -0.083662000
199:| 29> 8        3.363726000      0.936603000     -3.682621000
202:| 32> 8        2.196676000     -3.609584000     -0.020355000
204:| 34> 1        1.983386000     -2.745774000      0.406672000
206:| 36> 1       -0.308958000      2.546571000      2.668173000
221:| 51> 8       -4.651574000      1.469885000      2.764066000
260:Small eigenvalue found = 2.665e-02
281:     11. B(H  11,O  10)                  0.9894         0.466781   
329:     59. B(O  44,H  32)                  1.7663         0.026885   
336:     66. B(H  49,H  30)                  1.4886         0.015945   
340:     70. A(H   1,C   0,C   4)          108.6647         0.325991   
367:     97. A(H  11,O  10,H  12)          106.6632         0.311059   
385:    115. A(H  17,O  16,H  38)          104.5844         0.199669   
436:    166. A(O  34,H  35,H  39)           46.6686         0.129119   
439:    169. A(H  24,H  35,O  34)          158.1866         0.128681   
453:    183. A(O  16,H  38,O  37)          174.8031         0.199660   
468:    198. A(H  32,H  43,O  44)           49.6066         0.133663   
476:    206. A(H   8,H  48,O  47)          145.9510         0.170667   
478:    208. A(O   6,H  49,H  36)           53.0669         0.129161   
490:    220. D(H  14,O   6,C   4,O   5)    162.5053         0.066279   
491:    221. D(H  30,O   6,C   4,C   0)   -117.0804         0.066279   
492:    222. D(H  14,O   6,C   4,C   0)    -16.4552         0.066279   
493:    223. D(H  36,O   6,C   4,C   0)     74.9093         0.066279   
494:    224. D(H  49,O   6,C   4,O   5)      5.3200         0.066279   
495:    225. D(H  30,O   6,C   4,O   5)     61.8801         0.066279   
496:    226. D(H  36,O   6,C   4,O   5)   -106.1302         0.066279   
497:    227. D(H  49,O   6,C   4,C   0)   -173.6405         0.066279   
525:    255. D(H  21,O  13,O   6,C   4)     52.6647         0.001501   
528:    258. D(H  21,H  14,O   6,H  36)    -45.6636         0.002111   
536:    266. D(H  38,H  17,O  10,H  12)    170.2266         0.001813   
542:    272. D(O  16,H  17,O  10,H  12)   -134.8866         0.001813   
550:    280. D(O  10,H  17,H  11,O   5)   -174.6690         0.001520   
636:    366. D(O  34,H  36,O   6,H  30)   -126.9000         0.001612   
638:    368. D(O  34,H  36,O   6,H  49)    -88.1669         0.001612   
749:  H      3.667765   -0.827002    0.217440

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Гесс » Вт фев 28, 2023 2:26 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт фев 28, 2023 1:21 pm
связь между совсем далёкими атомами.
Чисто на всякий случай - вы учитываете что у орки нумерация атомов начинается с 0 а не с 1 ?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Vit Nhoc » Вт фев 28, 2023 2:43 pm

Гесс

Я что-то совсем не понимаю, может при загрузке файла на Chemport у него поменялся формат, поскольку мне пришлось переименовать его в .txt? Вот эта строка у вас есть?

66. B(H 49,H 30) 1.4886 0.015945
Гесс писал(а):
Вт фев 28, 2023 2:26 pm
Чисто на всякий случай - вы учитываете что у орки нумерация атомов начинается с 0 а не с 1 ?
Да, да, да.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Vit Nhoc » Вт фев 28, 2023 2:43 pm

А, ну вот же, она у вас под номером 336.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Гесс » Вт фев 28, 2023 5:17 pm

Starting.jpg
В первой геометрии (для которой собственно и инициировались внутренние координаты, это близкорасположенные атомы. Кажется самые близкие атомы из тех двух молекул в состав которых они входят.
Да, с химической точки зрения водород-водородная связь это фигня, но в данном случае наличие этой координаты осмысленно хотя бы для того чтобы не дать этим двум молекулам слишком сблизиться.
Да, в ходе 220 шагов оптимизации эта координата удлинилась от 1.48 до 4 с гаком ангстрем и перестала приносить какую то пользу, но коррдинаты то не перетраивались.
Да, возможно создание на каждом шаге нового набора внутренних координат помогло бы для нековалентных комплексов (и возможно это даже можно инициировать (я не смотрел пока в мануал), но мне видятся и некоторые возможные проблемы такого итеративного перестроения. Опять же для ковалентных систем это бесполезно.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Vit Nhoc » Вт фев 28, 2023 5:26 pm

Да, в ходе 220 шагов оптимизации эта координата удлинилась от 1.48 до 4 с гаком ангстрем и перестала приносить какую то пользу, но коррдинаты то не перетраивались.
Да, возможно создание на каждом шаге нового набора внутренних координат помогло бы для нековалентных комплексов (и возможно это даже можно инициировать (я не смотрел пока в мануал), но мне видятся и некоторые возможные проблемы такого итеративного перестроения. Опять же для ковалентных систем это бесполезно.
Вот-вот, интересная тема: не следует ли после оптимизацию завершать расчётом частот не стандартным образом, в одном расчёте (Opt AnFreq), а сначала получить оптимизированную геометрию, и запустить новый файл с расчётом частот? Т.к. в новом файле внутренние координаты будут распознаны более корректно? Или может быть Гауссиан и Орка сами автоматически пересобирают набор координат при переходе от оптимизации к частотам?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Гесс » Вт фев 28, 2023 5:54 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт фев 28, 2023 5:26 pm
Вот-вот, интересная тема: не следует ли после оптимизацию завершать расчётом частот не стандартным образом, в одном расчёте (Opt AnFreq), а сначала получить оптимизированную геометрию, и запустить новый файл с расчётом частот? Т.к. в новом файле внутренние координаты будут распознаны более корректно? Или может быть Гауссиан и Орка сами автоматически пересобирают набор координат при переходе от оптимизации к частотам?
Если численные частоты считаются сдвигами в декартах - то внутренние координаты там не играют. Я поищу дома у меня был где то расчет пропана с численными частотами так что можно просто перебрать сгенерированные геометрии.
Если мне удастся заставить орку использовать внутренние координаты - я более чем уверен (так как это отдельный расчет, пусть и пришитый к хвосту оптимизации) что внутренние координаты будут сгенерированы заново.
Я также сильно-сильно надеюсь что частоты не меняются от используемых координат (хотя я охотно верю что меняется время расчета).
Наконец мы возвращаемся к началу - слабосвязанные комплексы это не лучшее место для внутренних координат, и если их использование как дефолта в оптимизации я понять могу, то зачем заставлять их в частоты?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Проверка наличия седловой точки без расчёта частот

Сообщение Гесс » Вт фев 28, 2023 7:42 pm

8.3.5 Coordinate Systems for Optimizations.jpg
Вот за что я люблю орку - и проблему знают, и решение создали и самое главное ЗАДОКУМЕНТИРОВАЛИ.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей