O(N) DFT

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

O(N) DFT

Сообщение dmitriys » Вт сен 20, 2022 12:49 pm

Здравствуйте!
Прошу помощи.
Необходима программа делающая dft за линейное время.
CONQUEST пробовал, он компилится только на MacOS.
Мне не дали лицензию ONETEP.(может у кого-то есть?)
Какие еще программы есть?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: O(N) DFT

Сообщение amge » Вт сен 20, 2022 1:19 pm

Природу не пробовали? Специально не проверял, но по ощущениям похоже.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: O(N) DFT

Сообщение Гесс » Вт сен 20, 2022 11:00 pm

А линейный скейлинг это обязательное условие или требование чтобы "быстро" или "большие системы".
"Быстро" это действительно Природа, но линейный скейлинг обычно идет подруку с большими системами и массовой параллелизацией, а у Природы за 32-64 ядрами все очень грустно, как и с межнодной параллелизацией.
Хорошо с параллелизацией (по отзывам, сам в них не работаю) у CP2K и NWChem, и очень хорошо у BigDFT (но учтите базисы в вейвлетах).
[Редактировано, смотреть апдейт], но вцелом учитывая никакучую популярность пакетов линейного скейлинга - у меня ощущение что это очень нишевый продукт с очень нехилыми скелетами в шкафах.

Кстати, простите за любопытство а что с лицензией onetep? Как дают и почему не дали?

Апдейт: нет, коллега пробовал конквест и не смог его укомпилировать.

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: O(N) DFT

Сообщение mizuchi » Ср сен 21, 2022 2:49 pm

dmitriys писал(а):
Вт сен 20, 2022 12:49 pm
Здравствуйте!
Прошу помощи.
Необходима программа делающая dft за линейное время.
CONQUEST пробовал, он компилится только на MacOS.
Мне не дали лицензию ONETEP.(может у кого-то есть?)
Какие еще программы есть?
А что там компилировать? Вроде все просто:

Код: Выделить всё

  make \
    BLAS="-lblas" \
    XC_COMPFLAGS="-I/usr/include" \
    COMPFLAGS="-O2 -march=native $XC_COMPFLAGS -fallow-argument-mismatch" \
    XC_LIBRARY=LibXC_v5
  cd ../tools/BasisGeneration
  make XC_LIBRARY=LibXC_v5 BLAS="-lblas"
  cd ../PostProcessing
  make XC_LIBRARY=LibXC_v5 BLAS="-lblas"
Только надо взять девелоперскую ветку, чтобы слинковать со свежей LibXC.

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: O(N) DFT

Сообщение dmitriys » Ср сен 21, 2022 5:55 pm

Да? А у меня ругнулся на veclibfort.
Нужен именно линейный скейлинг и большие системы.
Скомпилился CONQUEST под линух?

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: O(N) DFT

Сообщение dmitriys » Ср сен 21, 2022 6:33 pm

Все, удалось скомпилить CONQUEST под Линух.
Спасибо всем!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 10 гостей