Программное обеспечение для докинга

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Программное обеспечение для докинга

Сообщение dmitriys » Чт июл 07, 2022 4:18 pm

Здравствуйте!
Стоит задача провести докинг молекулы с белком.
Начал делать ее через autodock vina, но молекула каждый раз садиться в разные места. Можно как-то улучшить точность? У меня есть верифицированная структура из статьи, результаты не совпадают. Какой софт самый лучший из бесплатных? Скорость пока стоит на втором месте.
И как учитывать среду с диэлектрической проницаемостью, хотя-бы потом?
С уважением ко всем.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение Ahha » Чт июл 07, 2022 4:44 pm

Я не понял, что означает фраза "молекула каждый раз садится в разные места". Вы с какой-то целью сделали серию докингов и обратили внимание, что результат вдрызг не воспроизводится? Это говорит о том, что, скорее всего, вы делаете что-то совсем неправильно. Или вы проанализировали те несколько структур, которые выдает vina, и увидели, что они все связываются по-разному? Это нормально.

А так, vina - хороший вариант. Если молекула не суперсложная/экзотическая, она должна давать правильный ответ.

Диэлектрическая проницаемость уже учтена. Не помню, можно ли ее менять через конфиг, а мануал посмотреть сейчас не получается.

Upd.: Посмотрел мануал. Есть способ, которым проницаемость изменить можно, но не нужно.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение dmitriys » Пт июл 08, 2022 4:01 pm

Спасибо.
Я сделал серию из трех докингоа для слегка отличающихся размеров ящика. 150 и 170 ангстрем. Мне не удалось воспроизвести результат(пока). И садятся в разные места. В чем может быть ошибка? Координаты центров я задал как среднее от всех. Размеры ящика тоже, больше характерных размеров. Насколько результат зависит от размера ящика? Лучше его делать больше или меньше?

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение dmitriys » Пт июл 08, 2022 4:01 pm

Напишите как задавать диэлектрическую проницаемость, не нашел

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение Ahha » Пт июл 08, 2022 4:46 pm

dmitriys писал(а):
Пт июл 08, 2022 4:01 pm
для слегка отличающихся размеров ящика. 150 и 170 ангстрем
Это о :003: енно много. Умолчательная длина ребра куба, выставляемая prepare_dpf4 - 15 ангстрем. Иногда может быть нужно побольше, но не на порядок же!
dmitriys писал(а):
Пт июл 08, 2022 4:01 pm
Координаты центров я задал как среднее от всех.
От каких "всех"? :issue:
dmitriys писал(а):
Пт июл 08, 2022 4:01 pm
Насколько результат зависит от размера ящика?
Если размер ящика в 10 или более раз превышает линейные размеры вашего лиганда - катастрофически зависит, что вы и наблюдаете.
dmitriys писал(а):
Пт июл 08, 2022 4:01 pm
как задавать диэлектрическую проницаемость
Еще раз: она уже задана. Менять ее имеет смысл, только если вы очень хорошо понимаете, что и зачем вы делаете, иначе результаты могут оказать несопоставимыми с описанными в литературе.

То, что вы, по-видимому, пытаетесь провести (воспроизвести экспериментально известную моду связывания некой молекулы), делается примерно так: берется структура комплекса, оттуда удаляется всё лишнее*, замеряются координаты центра сайта связывания и на основании них делается докинг с человеческими размерами ящика. Если полученная в ходе докинга конформация отличается от экспериментальной по RMSD менее, чем на 2 ангстрема, то считается, что всё ОК. Если нет - надо думать.

*Как минимум лишним является лиганд. Дальше возможны варианты: какие-то молекулы воды или ионы металлов могут быть необходимы для связывания, надо изучать конкретный вопрос.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение dmitriys » Пт июл 08, 2022 6:11 pm

Здравствуйте!
А это ничего, что у меня белок 100 ангстрем?
Я должен вписать в ящик не весь белок?
Или ящик это для лиганда?

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение Ahha » Пт июл 08, 2022 6:12 pm

Для лиганда.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение dmitriys » Пт июл 08, 2022 8:05 pm

И все равно я не понимаю. У меня есть пример для vina, там размеры ящика 50 ангстрем. И характерные размеры белка как раз под этот ящик.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Программное обеспечение для докинга

Сообщение Ahha » Пт июл 08, 2022 8:26 pm

Я не знаю, о каком примере идет речь (может, покажете или ссылку скинете? зуб не дам, но подозреваю, что пример не совсем для vina), но ящик таки нужен для лиганда. Инфа 100%. :) Смысл в чем: белок обычно существенно крупнее лиганда. Поэтому лиганд взаимодействует только с какой-то относительно небольшой его частью. Очень бы хотелось, чтобы расположение этой части (сайта связывания) из каких-то соображений было известно. А дальше программа "заключает этот сайт в ящик", образно говоря. Выйти за пределы этого ящика лиганд не может, это достигается искусственным ограничением - энергия возрастает до условной "бесконечно большой величины" при его попытке это сделать. По крайней мере, так в autodock'e. Полагаю, что в vina то же самое. И вот в этом ящике пытаются найти конформации лиганда, которые, грубо говоря, одновременно и хорошо взаимодействовали бы с рецептором, и имели бы разумное значение собственной потенциальной энергии.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя