В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 13, 2022 1:48 pm

Я когда делаю научную работу, провожу расчёты на доступных компьютерах под Windows. Правильно ли я понимаю, что у серьёзных химиков такой подход считается немного профанацией, а считать надо на удалённых вычислительных центрах, работающих под Linux?
Вопрос связан с тем, что я обдумываю - не купить ли ноутбук на Linux. Сейчас я снова начал работать над портированием моей программы Chemcraft под Linux, и если я буду пользоваться Linux-ноутбуком, это мне подскажет, какие возможности добавить в Chemcraft. Для Windows я давно реализовал разные мелкие утилиты вроде генерации скриптовых файлов, может и под Linux надо это всё сделать?
Ещё я планирую портировать Chemcraft под Mac и могу купить макбук. Насколько это окупится, на ваш взгляд?

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Sartorius84 » Пн июн 13, 2022 3:01 pm

Если для ваших расчетов хватает ПК, зачем вам удаленный кластер? Зачем что -то покупать, если вы можете заменить систему, на том железе, которое у вас сейчас есть или поставить вторую (использовать виртуалку, LoW, Docker и тд). Используйте средства кроссплатформенной разработки, а то потом еще на Mac/Android захотите попробовать (каждый раз будете все переписывать и железо под это покупать специально?).
В целом под вашу задачку портирования LoW (Linux on Windows) за глаза.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Vit Nhoc » Пн июн 13, 2022 4:08 pm

Если для ваших расчетов хватает ПК, зачем вам удаленный кластер?
Речь не о моих расчётах, а о том что если много людей считают на Линуксе - мне надо тоже этим озаботиться, чтобы развивать Chemcraft в правильном направлении.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Sartorius84 » Пн июн 13, 2022 4:48 pm

Ok Вам не важно тогда на чем они считают, а важно что на рабочей станции стоит.Я же наскольеко помню у вас десктопно gui овое приложнгие ваше В рф это win и nix, а например в usa доля mac приличная.

ximi
Сообщения: 3770
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение ximi » Пн июн 13, 2022 6:53 pm

Я когда делаю научную работу, провожу расчёты на доступных компьютерах под Windows. Правильно ли я понимаю, что у серьёзных химиков такой подход считается немного профанацией,
нет не правильно !
Вопрос связан с тем, что я обдумываю - не купить ли ноутбук на Linux
А что есть какие то особенные ноутбуки под Linux ?

Linux можно поставить почти на любой ноут !

Благо он бесплатный !

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3627
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Ahha » Вт июн 14, 2022 12:04 am

Vit Nhoc писал(а):
Пн июн 13, 2022 4:08 pm
Речь не о моих расчётах, а о том что если много людей считают на Линуксе - мне надо тоже этим озаботиться, чтобы развивать Chemcraft в правильном направлении.
Вы знаете, я целиком и полностью согласен с Sartorius84: если вы хотите всё-таки доработать Кемкрафт для линукса (что лично я всеми руками и ногами приветствую), непонятно, почему вы увязываете этот вопрос с тем, кто под какой ОСью считает. Для вас первоочередное значение имеет, кто под какой ОСью визуализирует.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12590
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Гесс » Вт июн 14, 2022 1:28 am

И тут распределение вин-линь-мак будет имхо довольно равномерное. Возможно даже с проиграшем линя.
С другой стороны если планируется "накластерное" интерактивное приложение чтобы через иксы выходило картинкой на монитор любой оси (у нас так счас асе стоит, видел вмд и молден), то конечно только никсово-линуксовое.
С моего текущего шестка - я буду яростно приветствовать появление мако-версии, но гарантий когда и сколько купим я не дам. Я знаю что кемкрафт ставили на вайн в маке, но для меня это большее извращение чем таскать 2 ноута...

ximi
Сообщения: 3770
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение ximi » Вт июн 14, 2022 3:32 am

GRUB и можно на ноут ставить 2 операционки

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12590
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Гесс » Вт июн 14, 2022 6:42 am

ximi писал(а):
Вт июн 14, 2022 3:32 am
GRUB и можно на ноут ставить 2 операционки
Ага, и по десять раз надень перегружаться из системы в систему. :clap:

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Vit Nhoc » Вт июн 14, 2022 10:04 am

Ahha писал(а):
Вт июн 14, 2022 12:04 am
Вы знаете, я целиком и полностью согласен с Sartorius84: если вы хотите всё-таки доработать Кемкрафт для линукса (что лично я всеми руками и ногами приветствую), непонятно, почему вы увязываете этот вопрос с тем, кто под какой ОСью считает. Для вас первоочередное значение имеет, кто под какой ОСью визуализирует.
Я говорил собственно не про визуализацию, а про вспомогательные утилиты вроде генерации скриптов для обсчёта большого количества файлов в очереди.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Sartorius84 » Вт июн 14, 2022 11:51 am

Vit Nhoc писал(а):
Вт июн 14, 2022 10:04 am
Ahha писал(а):
Вт июн 14, 2022 12:04 am
Вы знаете, я целиком и полностью согласен с Sartorius84: если вы хотите всё-таки доработать Кемкрафт для линукса (что лично я всеми руками и ногами приветствую), непонятно, почему вы увязываете этот вопрос с тем, кто под какой ОСью считает. Для вас первоочередное значение имеет, кто под какой ОСью визуализирует.
Я говорил собственно не про визуализацию, а про вспомогательные утилиты вроде генерации скриптов для обсчёта большого количества файлов в очереди.
Из вашего первого поста это мало понятно. Т.е вы хотите генерировать скрипты в существующие Win версии для расчетов на Linux и портировать свое приложение на Mac OS? Если так, то конечно большинство вычислений выполняются на кластерах работающих под управлением *nix. По поводу портирования на Mac OS проще всего на Delphi.NET переписать видимо, Mono на Mac OS есть. Мак для начала можно и не покупать, а запустить Mac OS в виртуалке. Там кое-какие пляски с бубном нужны, но хватает подробных описаний.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Vit Nhoc » Вт июн 14, 2022 12:27 pm

Sartorius84 писал(а):
Вт июн 14, 2022 11:51 am
Из вашего первого поста это мало понятно. Т.е вы хотите генерировать скрипты в существующие Win версии для расчетов на Linux и портировать свое приложение на Mac OS? Если так, то конечно большинство вычислений выполняются на кластерах работающих под управлением *nix. По поводу портирования на Mac OS проще всего на Delphi.NET переписать видимо, Mono на Mac OS есть. Мак для начала можно и не покупать, а запустить Mac OS в виртуалке. Там кое-какие пляски с бубном нужны, но хватает подробных описаний.
Я не понял ваш вопрос. Вот сейчас в Chemcraft есть опция Tools/Scripts/Generate bat file... Если у вас есть много файлов и вы хотите запустить очередь расчётов, вы выбираете эти файлы через стандартное диалоговое окно, и сохраняется либо .bat файл (например для орки), либо .bcf файл для гауссиана. Есть ли потребность в аналогичных утилитах для Linux и Mac?
Может удастся придумать и ещё что-нибудь. Например меня попросили написать скрипт, который открывает множество выходных файлов и для каждого генерирует либо .xyz файл с координатами, либо файл с изображением молекулы.
Мне сказали, что для портирования Delphi-программы на Linux и Mac лучше всего использовать Lazarus, эта IDE очень выросла за последнее время.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Sartorius84 » Вт июн 14, 2022 1:59 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт июн 14, 2022 12:27 pm
Мне сказали, что для портирования Delphi-программы на Linux и Mac лучше всего использовать Lazarus, эта IDE очень выросла за последнее время.
Да, глянул Lazarus, подтверждаю - кроссплатформенность на уровне). Может придется немного с переносом VCL->LCL покопаться, но в любом случае быстрее, чем на .NET переходить получится.

ximi
Сообщения: 3770
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение ximi » Вт июн 14, 2022 2:12 pm

, а про вспомогательные утилиты вроде генерации скриптов для обсчёта большого количества файлов в очереди.
Ту тогда проще на модном Python писать.
Он есть под все ОС и сам язык не очень сложный и понятный.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Vit Nhoc » Вт июн 14, 2022 2:19 pm

ximi писал(а):
Вт июн 14, 2022 2:12 pm
, а про вспомогательные утилиты вроде генерации скриптов для обсчёта большого количества файлов в очереди.
Ту тогда проще на модном Python писать.
Он есть под все ОС и сам язык не очень сложный и понятный.
Вы имеете в виду, что рядовой юзер будет писать скрипт на питоне? Полагаю всё-таки далеко не каждый химик умеет программировать, тем более что моя утилита - это также GUI, возможность быстро выбрать нужные файлы в диалоговом окне. Я слабо знаю питон и не очень осведомлён, насколько легко на нём писать GUI-приложения.

Sartorius84
Сообщения: 1073
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Sartorius84 » Вт июн 14, 2022 2:34 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вт июн 14, 2022 2:19 pm
Я слабо знаю питон и не очень осведомлён, насколько легко на нём писать GUI-приложения.
Да не сложно Со всякими PyQt, PyGTK и тд. Но что-то смысла вам переписывать на Py не видно, и кстати с защитой от копирования будут проблемы - причины очевидны.

ximi
Сообщения: 3770
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение ximi » Вт июн 14, 2022 5:49 pm

Я слабо знаю питон и не очень осведомлён, насколько легко на нём писать GUI-приложения.
PyQt относительно прост.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3627
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Ahha » Ср июн 15, 2022 1:43 am

Vit Nhoc писал(а):
Вт июн 14, 2022 12:27 pm
Вот сейчас в Chemcraft есть опция Tools/Scripts/Generate bat file... Если у вас есть много файлов и вы хотите запустить очередь расчётов, вы выбираете эти файлы через стандартное диалоговое окно, и сохраняется либо .bat файл (например для орки), либо .bcf файл для гауссиана. Есть ли потребность в аналогичных утилитах для Linux и Mac?
А! Вы имеете в виду ту опцию, которая сейчас в линуховой версии присутствует в виде заглушки (по крайней мере, в той версии, что у меня)? Или я снова не угадал? :)
Если так, как я говорю, то - мне опять же, чисто лично, всё равно. Я до сих пор как-то обходился без этой функции и запускал серии расчетов в орке и в гауссиане. Сделаете - хорошо, нет - тоже обиды держать не буду. :lol:
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение amge » Ср июн 15, 2022 6:22 am

Гесс писал(а):
Вт июн 14, 2022 1:28 am
С другой стороны если планируется "накластерное" интерактивное приложение чтобы через иксы выходило картинкой на монитор любой оси (у нас так счас асе стоит, видел вмд и молден), то конечно только никсово-линуксовое.
Любопытствую, а асе что такое? И почему именно он?
Еще интересно, кемкрафт запускается на кластерах?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12590
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: В какой ОС обычно проводятся квантовохимические расчёты?

Сообщение Гесс » Ср июн 15, 2022 12:59 pm

Atomic simulation environment.
Все на свете и топор. Может работать как внешний оптимизатор, обрабатывает файлы, перегоняет между форматами (скажем из васповских поскаров в cif). имеет гуи, хорошо идущее под иксами. Гуи абсолютно уродливо, но позволяет строить (хоть и весьма напряжно) вручную + за счет скриптования там многое периодическое можно построить "автоматически". На мой вкус оценки примерно такие:
Как утилита делающая расчет: 8/10, но я не люблю прокладки.
Как конвертер: 9/10
Как конструктор: 4/10
Как визуализатор: 3/10

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя