Tinker MD.Куб с растворителем
Tinker MD.Куб с растворителем
Коллеги, у меня вопрос к знатокам МД и в частности к пользователям Tinker.
Я делаю короткую симуляцию вандерваальсово комплекса в растворителе, в периодических условиях. Для этого понятно задаю куб некоего размера (заметно больше размеров комплеска). Однако в процессе симуляции комплекс наровит прижаться к стенке куба.
Может кто из уважаемых коллег подскажет как с этим феноменом бороться?
Заранее спасибо за помощь
Я делаю короткую симуляцию вандерваальсово комплекса в растворителе, в периодических условиях. Для этого понятно задаю куб некоего размера (заметно больше размеров комплеска). Однако в процессе симуляции комплекс наровит прижаться к стенке куба.
Может кто из уважаемых коллег подскажет как с этим феноменом бороться?
Заранее спасибо за помощь
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
-
- Сообщения: 1157
- Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am
Re: Tinker MD.Куб с растворителем
Конкретно про Tinker сказать ничего не могу, но скорее всего от этого можно избавиться поигравшись с параметрами симуляции. Какой у вас шаг, например, ребро куба, точность интегрирования?
Re: Tinker MD.Куб с растворителем
То есть проблема "некрасивенько"?
После симуляции перецентрировать куб-молекулу по центру масс системы.
После симуляции перецентрировать куб-молекулу по центру масс системы.
-
- Сообщения: 1157
- Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am
Re: Tinker MD.Куб с растворителем
По вопросу не понятно, оно сидит весь трек на стенке или проблема на самом деле в том что комплекс режется ПГУ временами
Re: Tinker MD.Куб с растворителем
Прошу прощения за долгое молчание. Действительно, опсание проблемы немного сумбурное, сейчас постараюсь подробнее объяснить.
Симуляция идет в тинкере в периодических условиях. Т.е. очевидно что никакой границы куба нет. Однако в визуализации молекула прижимается к границе визуализации и получается "некрасивенько". Таким образом вопрос можно свести к следующему: Как заставить молекулу находиться в центре кубa, а смещать только куб с ратсворителем? Может у кого есть готовый скрипт?
Надеюсь теперь лучше получилось объяснить проблему. Спасибо
Симуляция идет в тинкере в периодических условиях. Т.е. очевидно что никакой границы куба нет. Однако в визуализации молекула прижимается к границе визуализации и получается "некрасивенько". Таким образом вопрос можно свести к следующему: Как заставить молекулу находиться в центре кубa, а смещать только куб с ратсворителем? Может у кого есть готовый скрипт?
Надеюсь теперь лучше получилось объяснить проблему. Спасибо
"Bite my shiny metal ass"
Bender
Bender
Re: Tinker MD.Куб с растворителем
Готового скрипта у меня нет, но я точно помню такие команды в громаксе для постобработки траекторий. Они сводились к тому что центр условного куба перемещался на центр масс solute.
-
- Сообщения: 1157
- Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am
Re: Tinker MD.Куб с растворителем
Да Можно сконвертировать в громаксовскую траекторию и что-то вроде
trjconv -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -pbc mol -ur compact -center
слелать
MDTraj умеет читать Tinker-овские траектории А дальше make_molecules_whole https://mdtraj.org/1.9.4/api/generated/ ... ctory.html
VMD тоже умеет с плагином
https://www.youtube.com/watch?v=IeBpVabqzy0
trjconv -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -pbc mol -ur compact -center
слелать
MDTraj умеет читать Tinker-овские траектории А дальше make_molecules_whole https://mdtraj.org/1.9.4/api/generated/ ... ctory.html
VMD тоже умеет с плагином
https://www.youtube.com/watch?v=IeBpVabqzy0
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 24 гостя