Tinker MD.Куб с растворителем

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение surius » Чт май 12, 2022 1:44 pm

Коллеги, у меня вопрос к знатокам МД и в частности к пользователям Tinker.

Я делаю короткую симуляцию вандерваальсово комплекса в растворителе, в периодических условиях. Для этого понятно задаю куб некоего размера (заметно больше размеров комплеска). Однако в процессе симуляции комплекс наровит прижаться к стенке куба.
Может кто из уважаемых коллег подскажет как с этим феноменом бороться?

Заранее спасибо за помощь
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Sartorius84
Сообщения: 1147
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение Sartorius84 » Пт май 13, 2022 6:02 pm

Конкретно про Tinker сказать ничего не могу, но скорее всего от этого можно избавиться поигравшись с параметрами симуляции. Какой у вас шаг, например, ребро куба, точность интегрирования?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение Гесс » Пт май 13, 2022 8:08 pm

То есть проблема "некрасивенько"?
После симуляции перецентрировать куб-молекулу по центру масс системы.

Sartorius84
Сообщения: 1147
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение Sartorius84 » Пт май 13, 2022 9:17 pm

По вопросу не понятно, оно сидит весь трек на стенке или проблема на самом деле в том что комплекс режется ПГУ временами

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение surius » Пн май 16, 2022 4:09 pm

Прошу прощения за долгое молчание. Действительно, опсание проблемы немного сумбурное, сейчас постараюсь подробнее объяснить.

Симуляция идет в тинкере в периодических условиях. Т.е. очевидно что никакой границы куба нет. Однако в визуализации молекула прижимается к границе визуализации и получается "некрасивенько". Таким образом вопрос можно свести к следующему: Как заставить молекулу находиться в центре кубa, а смещать только куб с ратсворителем? Может у кого есть готовый скрипт?

Надеюсь теперь лучше получилось объяснить проблему. Спасибо
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение Гесс » Пн май 16, 2022 6:25 pm

Готового скрипта у меня нет, но я точно помню такие команды в громаксе для постобработки траекторий. Они сводились к тому что центр условного куба перемещался на центр масс solute.

Sartorius84
Сообщения: 1147
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Tinker MD.Куб с растворителем

Сообщение Sartorius84 » Пн май 16, 2022 6:46 pm

Да Можно сконвертировать в громаксовскую траекторию и что-то вроде
trjconv -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -pbc mol -ur compact -center
слелать
MDTraj умеет читать Tinker-овские траектории А дальше make_molecules_whole https://mdtraj.org/1.9.4/api/generated/ ... ctory.html
VMD тоже умеет с плагином
https://www.youtube.com/watch?v=IeBpVabqzy0

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей