IRC: только 21 точка в Gaussian

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение nebeli » Сб апр 09, 2022 9:49 pm

Уважаемые форумчане!
На протяжении нескольких недель не могу решить проблему, связанную с тем, что при расчете спусков координат реакции с рассчитанного переходного состояния в обе стороны (IRC, до продукта и двух исходных реагентов), программа Gaussian выдает только 21 точку, не доводя дело до конца, но выдавая при этом сообщение об успешном завершении расчета. Здесь простая реакция образования пирролидина по реакции [3+2], но точно также (21 точка) программа вела себя при расчете тестовой реакции этилена с бутадиеном.
Прикладываю .out для переходного состояния и незавершенных спусков.
IRC.LOG
QTS.LOG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение Гесс » Сб апр 09, 2022 10:56 pm

https://gaussian.com/irc/
MaxPoints=N
Number of points along the reaction path to examine (in each direction if both are being considered). The default is 10.
Ну вот оно и сделало 10 шагов в сторону исходников, 10 шагов в сторону продуктов + геометрия переходного состояния.
Посмотрите пример например на https://www.cup.uni-muenchen.de/ch/comp ... /irc5.html

nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение nebeli » Вс апр 10, 2022 12:28 am

Спасибо за полезные ссылки, изучаю. Дело продвигается дальше 21 точки, но расчет заканчивается ошибкой с "выколотым" минимумом на графике в районе TS.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение Ahha » Вс апр 10, 2022 12:47 am

А кроме выколотой точки, в чем состоит ошибка? На что жалуется гауссиан?
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение nebeli » Вс апр 10, 2022 1:37 am

Расчет заканчивается ошибкой 2070, значений у которой, я так понимаю, много. Приведенный выше график для тренировочной реакции Д-А. Для тренировки и учебы рассчитываю полуэмпирическими методами, которые имеются в версии 09W (pm3, PM6, AM1). Позже других ошибку выдает метод PM3MM (дает 38 точек) при указанном N=20. Интересно, что при N=40 ошибка возникает раньше - забавно. Другие методы (SE и HF 3-21G) выдают ошибку раньше, не переходя к другому склону. На ночь поставил расчет DFT B3LYP 6-31G.
Вот выходной файл с ошибкой.
IRC-PM3MM-20-err38.LOG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение Ahha » Вс апр 10, 2022 2:04 am

Честно говоря, я не знаю, что такое "ошибка 2070" и не вижу её в вашем логе. Исходя из вашего лога гугление дает примерно следующее:

https://www.researchgate.net/post/How_t ... aussian_09

https://www.researchgate.net/post/My-IR ... input-file

Почитатйте, может, найдете что-нибудь полезное для себя. Ну или завтра/на днях кто-нибудь из знатоков гауссиана конкретнее подскажет. :dontknow:
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение nebeli » Вс апр 10, 2022 2:29 am

Все равно спасибо за отклик!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение Гесс » Вс апр 10, 2022 3:01 am

Так,
1) 20 точек в направлении Forward ему всеравно нехватило, хотя по наклону кривых минимум уже близко.
2) "выколотых" точек не вижу, прилагаю картинку из Кемкрафта.
IRC.JPG
3) почему упало - оно написало в последних строках:
Pt 37 Step number 20 out of a maximum of 20
блаблабла
CORRECTOR INTEGRATION CONVERGENCE:
Recorrection delta-x convergence threshold: 0.010000
Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.
можно попробовать это лечить отключением теста ReCorrect=Never или увеличением MaxCycle=N выше 20. Еще можно попробовать опять матрицу пересчитать, ссылка на ту же страницу гауссиановского мануала.
ReCalc=N
Compute the Hessian analytically every N predictor steps or every |N| corrector steps if N<0. Analytic second derivatives can be requested intermittently during IRCs using IRC=(CalcFC,RecalcFC=(Predictor=N,Corrector=M)), which computes second derivatives at the initial point and then at every Nth predictor step and every Mth corrector step. You must still specify RCFC or CalcFC to provide the initial Hessian. Update is a synonym for ReCalc. Requires a method which has analytic second derivatives.
4) А зачем все это? Данное IRC уже показывает что вы нашли правильное переходное состояние реакции Дильса-Альдера, и барер прямой реакции реалистичный - порядка 24 ккал/моль от 20ой точки, и судя по наклону и имеющейся удаленности компонентов - вряд ли он опустится больше чем на пару ккал/моль (метод слабый но обсуждаемого вопроса это мало касается). Ретро-ДА идти не может ввиду огромности обратного барьера. Если вы хотите иметь ТОЧНЫЕ значения (разумеется в рамках используемого метода) то вам всеравно надо считать минимумы, ибо IRC точно в сами минимумы наверняка не придет (формально должно, практически - нет, но может прийти ну оооочень близко, но это от ППЭ зависит). Наконец если IRC вам нужен для анимации или гладкой кривой - да добейте оставшуюся 2-8 точек оптимизацией.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение Гесс » Вс апр 10, 2022 3:16 am

Ну и из самых общих соображений:
1) используйте #P вместо просто # в строке ключей, будете получать более подробные аутпуты.
2) я понимаю что это виндовый ПК или ноут, но всеравно рекомендую переходить на ДФТ, хотя бы на минималках. Полуэмпирика для таких молекул это ну очень бедно, а для конкретной системы pm3mm даже не имеет преимуществ перед обычным PM3.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение amge » Вс апр 10, 2022 12:23 pm

Например, так:
IRC=(calcfc,recalc=10,maxcycle=40,maxpoints=70,tight,cartesian,lqa,stepsize=10)
Это я слямзил у товарища Rzepa, который собаку съел на гауссиновском IRC. Можно полазить по его блогу за дополнительными примерами, у него там почти все расчеты задепонированы и есть ссылки на их DOI.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение amge » Вс апр 10, 2022 12:33 pm

Гесс писал(а):
Вс апр 10, 2022 3:01 am
Наконец если IRC вам нужен для анимации или гладкой кривой - да добейте оставшуюся 2-8 точек оптимизацией.
О! Я так частенько делаю. Даже скрипт есть, который дорабатывает оптимизацию, чтобы она выглядела, как IRC-траектория.

nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Re: IRC: только 21 точка в Gaussian

Сообщение nebeli » Вс апр 10, 2022 1:44 pm

Расчет успешно завершается, если считать один путь к продукту - циклогексену. Ошибка возникает (уже возникала) в случае одностороннего расчета в сторону двух исходных реагентов или двух путей. Для других модельных превращений ошибка возникала в случае расчета спуска к состоянию с наименьшей из двух энергий или двух путей. Более пологий спуск рассчитывался удачно.

Благодарю Гесса и Ahha за ссылки и советы, сохранил и буду пользоваться. Отвечая на вопрос "зачем", - хочется, еще с университета было просто интересно, поэтому пока низачем. Думал о возможности досчитать незавершенные точки, но на моем этапе это читерство, хочется сделать все гладко, ведь у других (в учебной методичке и в видео по ней https://www.youtube.com/watch?v=PII-0DggSqw) получилось, а у меня опять такая штука.
2022-04-10_132212.png
DFT, конечно, пользуюсь. Видел, возможно, даже ваши, Гесс, советы отходить от B3LYP в сторону более новых и совершенных методов. SE - для предварительных расчетов, чтобы быстро получить картину.

Ошибка исчезла предложенными Amge параметрами:
IRC=(calcfc,recalc=10,maxcycle=40,maxpoints=70,tight,cartesian,lqa,stepsize=10). Считается в любом базисе (SE PM3, например). Пока не ясно, что там за параметры, и что конкретно повлияло, но это легко узнать. Поэтому большое спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей