Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Уже не первый раз сталкиваюсь с тем что Firefly и GAMESS при оптимизации геометрии игнорируют симметрию если расчет идет с учетом растворителя PCM (SMD) при этом в мануале про это я ни слова не нашел (честно искал). Видимо все это настолько общая вещь и она прямо следует из особенностей метода, что упоминать в мануале ее нет смысла. Вопроса собственно два:
1. Можно ли как-то оптимизировать геометрию так чтобы симметрия сохранялась и растворитель учитывался (Firefly, GAMESS(US), Orca)?
2. Если нельзя то в чем реальная проблема сделать симметричные полости и два (или больше) симметричных диполя?
1. Можно ли как-то оптимизировать геометрию так чтобы симметрия сохранялась и растворитель учитывался (Firefly, GAMESS(US), Orca)?
2. Если нельзя то в чем реальная проблема сделать симметричные полости и два (или больше) симметричных диполя?
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Ради любопытсва сделал тест на орке, вроде сохраняет симметрию:
Код: Выделить всё
! opt RI pbe d4 def2-SVP
! KDIIS DAMP SOSCF LSHIFT
! usesym
%cpcm
smd true
SMDsolvent "benzene"
end
* xyz 0 1
C 0.00000000 1.39499962 0.00000000
C 1.20809984 0.69750035 0.00000000
C 1.20809984 -0.69750035 0.00000000
C 0.00000000 -1.39499962 0.00000000
C -1.20809984 -0.69750035 0.00000000
C -1.20809984 0.69750035 0.00000000
H 0.00000000 2.49469948 0.00000000
H 2.16049981 1.24740040 0.00000000
H 2.16049981 -1.24740040 0.00000000
H 0.00000000 -2.49469948 0.00000000
H -2.16049981 -1.24740040 0.00000000
H -2.16049981 1.24740040 0.00000000
*
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Я не то чтобы теоретик, но я не вижу причин почему из метода PCM-нутый расчет не поддерживал бы симметрию. Так что это фишки софта.
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Да действительно, орка даже сама эту симметрию определяет, а вот firefly и gamess я задаю нужную симметрию и только уникальные атомы, а он сразу все переводит в c1 и симметрия медленно съезжает. В firefly это заметно после первого же шага оптимизации, а в gamess, может начиная с 10-го шага.
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
А с оркой так и не удалось проверить.
Приведенный выше тест с бензолом, по моему, не доказывает тезис топикстартера, так начальная симметрия бензола (D6h, абелева D2h) и не должна измениться в результате оптимизации, с usesym или без, с pcm или без.
Попытался найти простой пример, чтобы начальная симметрия заведомо не соответствовала минимуму, чтобы оптимизация могла эту симметрию понизить: типа с usesym не понижает, а с usesym и с pcm - понижает. Проверил плоский аммиак (D3h, абелева C2v), плоскую Н2О2 (C2h), циклогексан-ванна (C2v). И во всех случаях оптимизация, даже без всякой usesym не могла соскочить с изначальной симметрии. Это то бы ладно, во всех программах так бывает, но с оркой, к сожалению, не работает обычный выход из такого положения - подложить предварительно посчитанный гессиан с мнимыми частотами. Оптимизация в орке не желает следовать по модам этих мнимых частот, как будто их и нет. Печалька
Приведенный выше тест с бензолом, по моему, не доказывает тезис топикстартера, так начальная симметрия бензола (D6h, абелева D2h) и не должна измениться в результате оптимизации, с usesym или без, с pcm или без.
Попытался найти простой пример, чтобы начальная симметрия заведомо не соответствовала минимуму, чтобы оптимизация могла эту симметрию понизить: типа с usesym не понижает, а с usesym и с pcm - понижает. Проверил плоский аммиак (D3h, абелева C2v), плоскую Н2О2 (C2h), циклогексан-ванна (C2v). И во всех случаях оптимизация, даже без всякой usesym не могла соскочить с изначальной симметрии. Это то бы ладно, во всех программах так бывает, но с оркой, к сожалению, не работает обычный выход из такого положения - подложить предварительно посчитанный гессиан с мнимыми частотами. Оптимизация в орке не желает следовать по модам этих мнимых частот, как будто их и нет. Печалька
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Ничего не гарантирую, но интуитивно - плоский P(OH)3
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Честно говоря никогда не смотрел в этот файл: ). У меня он называется docs-references.txt . Я бы в основном мануале в разделе $PCM бы это написал. И в разделе $DATA написал бы о всех случаях, когда точечные группы игнорируются, подозреваю, что их не мало.
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Оффтоп на тему орки: в первых релизах она вообще симметрию не поддерживала, потом симметрию внедрили, но она не оказывала влияние на ускорение. Вообщем для орки симметрия всегда была не на первом месте по приоритетам. С другой стороны "типичные для орки ДФТ обьекты" настолько большие что редко имеют симметрию, либо же, когда молекулы малые - для них используются настолько навороченные методы что имплементация туда симметрии была бы очень трудоемкой. Хотите хорошую работу с симметрией - Молпро вам в помощь.
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Попробовал. Действительно, начальная симметрия C3h (в том числе и Cs) при оптимизации без usesym не сохраняется. Но беда в том, что она не сохраняется и с usesym (без PCM). Так что проверять с PCM бессмысленно. Опять засада.
Интересно, какой вообще смысл в симметрии в орке, если она все равно не держится? Было бы хоть как-то оправданно, если бы, пока симметрия еще есть, считалось бы быстрее. Так ведь в мануале пишут, что симметрия не ускоряет расчет.
- Droog_Andrey
- Сообщения: 2670
- Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
- Контактная информация:
Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)
Кстати говоря, Гауссиан в PCM частенько теряет оси нечётного порядка, понижая, например, D3d до C2h, C5v до CS и т.д.
Иногда этого можно избежать добавлением PDens=20 и прочих припарок, но не всегда спасает, т.к. сетка полости растворителя строится без учёта симметрии.
Забавно, что ось третьего порядка сохранялась бы, если бы Гауссиан в стандартной ориентации направлял её вдоль вектора (1,1,1) вместо (0,0,1), за счёт симметричности ошибок сетки.
Иногда этого можно избежать добавлением PDens=20 и прочих припарок, но не всегда спасает, т.к. сетка полости растворителя строится без учёта симметрии.
Забавно, что ось третьего порядка сохранялась бы, если бы Гауссиан в стандартной ориентации направлял её вдоль вектора (1,1,1) вместо (0,0,1), за счёт симметричности ошибок сетки.
2^74207281-1 is prime!
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 24 гостя