Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
lmihael
Сообщения: 226
Зарегистрирован: Вт ноя 21, 2006 3:33 pm

Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение lmihael » Чт фев 17, 2022 1:29 pm

Уже не первый раз сталкиваюсь с тем что Firefly и GAMESS при оптимизации геометрии игнорируют симметрию если расчет идет с учетом растворителя PCM (SMD) при этом в мануале про это я ни слова не нашел (честно искал). Видимо все это настолько общая вещь и она прямо следует из особенностей метода, что упоминать в мануале ее нет смысла. Вопроса собственно два:
1. Можно ли как-то оптимизировать геометрию так чтобы симметрия сохранялась и растворитель учитывался (Firefly, GAMESS(US), Orca)?
2. Если нельзя то в чем реальная проблема сделать симметричные полости и два (или больше) симметричных диполя?

dycost
Сообщения: 21
Зарегистрирован: Чт мар 29, 2012 1:15 pm

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение dycost » Чт фев 17, 2022 3:10 pm

Ради любопытсва сделал тест на орке, вроде сохраняет симметрию:

Код: Выделить всё

! opt RI pbe d4 def2-SVP
! KDIIS DAMP SOSCF LSHIFT
! usesym

%cpcm
	smd true
	SMDsolvent "benzene"
end

* xyz 0   1
C      0.00000000     1.39499962     0.00000000
C      1.20809984     0.69750035     0.00000000
C      1.20809984    -0.69750035     0.00000000
C      0.00000000    -1.39499962     0.00000000
C     -1.20809984    -0.69750035     0.00000000
C     -1.20809984     0.69750035     0.00000000
H      0.00000000     2.49469948     0.00000000
H      2.16049981     1.24740040     0.00000000
H      2.16049981    -1.24740040     0.00000000
H      0.00000000    -2.49469948     0.00000000
H     -2.16049981    -1.24740040     0.00000000
H     -2.16049981     1.24740040     0.00000000
*
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение Гесс » Чт фев 17, 2022 3:53 pm

Я не то чтобы теоретик, но я не вижу причин почему из метода PCM-нутый расчет не поддерживал бы симметрию. Так что это фишки софта.

lmihael
Сообщения: 226
Зарегистрирован: Вт ноя 21, 2006 3:33 pm

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение lmihael » Пт фев 18, 2022 9:03 am

dycost писал(а):
Чт фев 17, 2022 3:10 pm
Ради любопытсва сделал тест на орке, вроде сохраняет симметрию:
Да действительно, орка даже сама эту симметрию определяет, а вот firefly и gamess я задаю нужную симметрию и только уникальные атомы, а он сразу все переводит в c1 и симметрия медленно съезжает. В firefly это заметно после первого же шага оптимизации, а в gamess, может начиная с 10-го шага.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение amge » Сб фев 19, 2022 9:15 am

lmihael писал(а):
Чт фев 17, 2022 1:29 pm
GAMESS при оптимизации геометрии игнорируют симметрию если расчет идет с учетом растворителя PCM (SMD) при этом в мануале про это я ни слова не нашел (честно искал)
REFS.DOC: "point group symmetry is switched off internally during PCM"

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение amge » Сб фев 19, 2022 11:04 am

А с оркой так и не удалось проверить.

Приведенный выше тест с бензолом, по моему, не доказывает тезис топикстартера, так начальная симметрия бензола (D6h, абелева D2h) и не должна измениться в результате оптимизации, с usesym или без, с pcm или без.

Попытался найти простой пример, чтобы начальная симметрия заведомо не соответствовала минимуму, чтобы оптимизация могла эту симметрию понизить: типа с usesym не понижает, а с usesym и с pcm - понижает. Проверил плоский аммиак (D3h, абелева C2v), плоскую Н2О2 (C2h), циклогексан-ванна (C2v). И во всех случаях оптимизация, даже без всякой usesym не могла соскочить с изначальной симметрии. Это то бы ладно, во всех программах так бывает, но с оркой, к сожалению, не работает обычный выход из такого положения - подложить предварительно посчитанный гессиан с мнимыми частотами. Оптимизация в орке не желает следовать по модам этих мнимых частот, как будто их и нет. Печалька :(

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение Гесс » Сб фев 19, 2022 2:04 pm

Ничего не гарантирую, но интуитивно - плоский P(OH)3

lmihael
Сообщения: 226
Зарегистрирован: Вт ноя 21, 2006 3:33 pm

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение lmihael » Сб фев 19, 2022 4:29 pm

amge писал(а):
Сб фев 19, 2022 9:15 am
REFS.DOC: "point group symmetry is switched off internally during PCM"
Честно говоря никогда не смотрел в этот файл: ). У меня он называется docs-references.txt . Я бы в основном мануале в разделе $PCM бы это написал. И в разделе $DATA написал бы о всех случаях, когда точечные группы игнорируются, подозреваю, что их не мало.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение Гесс » Сб фев 19, 2022 4:49 pm

Оффтоп на тему орки: в первых релизах она вообще симметрию не поддерживала, потом симметрию внедрили, но она не оказывала влияние на ускорение. Вообщем для орки симметрия всегда была не на первом месте по приоритетам. С другой стороны "типичные для орки ДФТ обьекты" настолько большие что редко имеют симметрию, либо же, когда молекулы малые - для них используются настолько навороченные методы что имплементация туда симметрии была бы очень трудоемкой. Хотите хорошую работу с симметрией - Молпро вам в помощь.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение amge » Пн фев 21, 2022 7:33 am

Гесс писал(а):
Сб фев 19, 2022 2:04 pm
Ничего не гарантирую, но интуитивно - плоский P(OH)3
Попробовал. Действительно, начальная симметрия C3h (в том числе и Cs) при оптимизации без usesym не сохраняется. Но беда в том, что она не сохраняется и с usesym (без PCM). Так что проверять с PCM бессмысленно. Опять засада.

Интересно, какой вообще смысл в симметрии в орке, если она все равно не держится? Было бы хоть как-то оправданно, если бы, пока симметрия еще есть, считалось бы быстрее. Так ведь в мануале пишут, что симметрия не ускоряет расчет.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2669
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Симметрия молекулы и сольватация (PCM и SMD)

Сообщение Droog_Andrey » Пн мар 14, 2022 5:01 pm

Кстати говоря, Гауссиан в PCM частенько теряет оси нечётного порядка, понижая, например, D3d до C2h, C5v до CS и т.д.

Иногда этого можно избежать добавлением PDens=20 и прочих припарок, но не всегда спасает, т.к. сетка полости растворителя строится без учёта симметрии.

Забавно, что ось третьего порядка сохранялась бы, если бы Гауссиан в стандартной ориентации направлял её вдоль вектора (1,1,1) вместо (0,0,1), за счёт симметричности ошибок сетки.
2^74207281-1 is prime!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей