Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1143
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

Сообщение Vit Nhoc » Сб янв 15, 2022 11:17 am

Мне нужно сделать визуализацию молекулярных орбиталей, содержащих H-функции, в Chemcraft. Чтобы проверять ошибки, мне необходимо сравнивать картинки и кубы, сгенерированные Chemcraft-ом, с аналогичными картинками и кубами, сгенерированными другими программами. Для этого я всегда использовал утилиту cebegen.exe в Gaussian. Но теперь сильное ощущение, что эта утилита неправильно генерирует кубы для орбиталей, содержащих H функции.
Я взял файл formchk (.fch) и стал его править вручную: у первой МО сделал нулевыми все АО, за исключением одной. После этого этот fch файл был запущен в cubegen и построен куб этой орбитали, и нарисована картинка.
Картинка орбитали Fxxx:
fxxx.jpg
Картинка орбитали Gxxxx:
gxxxx.jpg
Картинка орбитали Hxxxxx:
hxxxxx.jpg
Последняя орбиталь определённо выпадает из общей тенденции. Формула для расчёта электронной плотности в кубе, например для орбитали Fxxx – x*x*x*exp(-k*(x*x+y*y+z*z)). Соответственно для орбитали Gxxxx – x*x*x*x*exp(-k*(x*x+y*y+z*z)). Логично, что для орбитали Fxxx картинка должна быть антисимметричная, а для Gxxxx симметричная. Но самое непонятное – для Fxxx и Gxxxx облако расположено вдоль оси X, а на полученной картинке для Hxxxxx вдоль оси Y. Неужели это баг в cubegen.exe?
Я использовал cubegen.exe из дистрибутива Gaussian09. Хочу поставить дистрибутив Gaussian 16: скачал файлы с торрента, и скачался G16-C01-AVX. Наверно это образ диска, а как его запустить?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1143
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

Сообщение Vit Nhoc » Сб янв 15, 2022 12:13 pm

Прошу прощения, кажется это у меня была ошибка (в Chemcraft неправильно читался fch файл, и соответственно я неправильно делал в нём правки). Но вопрос как установить Gaussian 16 так же актуален.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

Сообщение Гесс » Сб янв 15, 2022 12:34 pm

Я предполанаю что вы скачали G16-C01-AVX.tbJ с рутрекера под Линукс.
На Линуксе сначала .tbJ распаковать путем tar xvJf Имя.tbJ
Общий процесс установки прописан на https://www.webmo.net/support/binaries_linux.html

На всякий случай: "ChemPort не поощряет использование нелицензионного софта.".

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 36 гостей