Мне нужно сделать визуализацию молекулярных орбиталей, содержащих H-функции, в Chemcraft. Чтобы проверять ошибки, мне необходимо сравнивать картинки и кубы, сгенерированные Chemcraft-ом, с аналогичными картинками и кубами, сгенерированными другими программами. Для этого я всегда использовал утилиту cebegen.exe в Gaussian. Но теперь сильное ощущение, что эта утилита неправильно генерирует кубы для орбиталей, содержащих H функции.
Я взял файл formchk (.fch) и стал его править вручную: у первой МО сделал нулевыми все АО, за исключением одной. После этого этот fch файл был запущен в cubegen и построен куб этой орбитали, и нарисована картинка.
Картинка орбитали Fxxx:
Картинка орбитали Gxxxx:
Картинка орбитали Hxxxxx:
Последняя орбиталь определённо выпадает из общей тенденции. Формула для расчёта электронной плотности в кубе, например для орбитали Fxxx – x*x*x*exp(-k*(x*x+y*y+z*z)). Соответственно для орбитали Gxxxx – x*x*x*x*exp(-k*(x*x+y*y+z*z)). Логично, что для орбитали Fxxx картинка должна быть антисимметричная, а для Gxxxx симметричная. Но самое непонятное – для Fxxx и Gxxxx облако расположено вдоль оси X, а на полученной картинке для Hxxxxx вдоль оси Y. Неужели это баг в cubegen.exe?
Я использовал cubegen.exe из дистрибутива Gaussian09. Хочу поставить дистрибутив Gaussian 16: скачал файлы с торрента, и скачался G16-C01-AVX. Наверно это образ диска, а как его запустить?
Баг в cubegen.exe (Gaussian09)
Баг в cubegen.exe (Gaussian09)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Баг в cubegen.exe (Gaussian09)
Прошу прощения, кажется это у меня была ошибка (в Chemcraft неправильно читался fch файл, и соответственно я неправильно делал в нём правки). Но вопрос как установить Gaussian 16 так же актуален.
Re: Баг в cubegen.exe (Gaussian09)
Я предполанаю что вы скачали G16-C01-AVX.tbJ с рутрекера под Линукс.
На Линуксе сначала .tbJ распаковать путем tar xvJf Имя.tbJ
Общий процесс установки прописан на https://www.webmo.net/support/binaries_linux.html
На всякий случай: "ChemPort не поощряет использование нелицензионного софта.".
На Линуксе сначала .tbJ распаковать путем tar xvJf Имя.tbJ
Общий процесс установки прописан на https://www.webmo.net/support/binaries_linux.html
На всякий случай: "ChemPort не поощряет использование нелицензионного софта.".
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 36 гостей